TIR (Toll/IL-1 receptor) domena uravnava povezavo med TLR (Tollu podobnimi) receptorji ali IL-1 družino receprotjev in znotrajceličnimi signalnimi posredniki. Nastanek homotipičnega dimera TIR domen aktivira signalizacijo, medtem ko jo mikrobni proteini, ki vsebujejo TIR domene, inhibirajo. V publikaciji je predstavljena vloga dimerizacijske platforme TIR domen za uravnavanje od MyD88 odvisne signalne poti. Dimerizacijska domena na podlagi ovitih vijačnic, prisotna pri bakterijskih TCPjih, učinkovito zavira TLR/IL-1 signalizacijo. Tvorba TIR dimerov preko močno povezanih ovitih vijačnic inhibira TLR signalizacijo in prepreči konstitutivno aktivacijo TLR receptorjev. V predstavljenem molekularnem modelu signalizacije preko MyD88 predvidevamo, da je dimerizacija TIR domen limitirajoči korak.
COBISS.SI-ID: 5026586
V članku v ugledni reviji s področja imunologije smo objavili odkritje mehanizma delovanja antimalarikov, podobnih kvinakrinu. V nasprotju s prevladujočim mnenjem v literature smo odkrili, da ti inhibitorji v terapevtskih koncentracijah ne preprečijo zakisanja endosomov, temveč se direktno vežejo na nukleinske kisline. Na ta način preprečijo, da nukleinske kisline aktivirajo endosomalne TLR kot so TLR3, TLR9 in TLR7. Rezultat je pomemben za izboljšanje terapije avtoimunskih bolezni, za katere je značilna aktivacija TLR9,7 8 in 3. Delo smo predstavili na predavanju JERALA, Roman. Molecular mechanism of activation of Tool-like receptors in infection and chronic inflammation. Annual meeting of the Austrian society for allergology and immunology (ÖGAI), 2010. Vienna, 2010. [4577562]. Dopolnilne publikacije: (1) PANTER, Gabriela, et al. Therapeutic applications of nucleic acids as ligands for toll-like receptors. Curr. opin. mol. ther. (Print), 2009, vol. 11, 133-145. [4121114]. (2) KUŽNIK, Alenka, et al. Recognition of nucleic acids by toll-like receptors and development of immunomodulatory drugs. Curr. med. chem., 2010, vol. 17, 16 [4351258].
COBISS.SI-ID: 2971761
Translokacija Tollu podobnih receptorjev, ki prepoznavajo nukleinske kisline (NAS TLR), v endosome je ključna za odziv na mikrobne nukleinske kisline in preprečevanje avtoimunskega odziva. Pomožni protein UNC93B1 regulira translokacijo NAS TLR v endosome. Opazili smo, da poli (I:C) preko aktivacije TLR3 poveča transkripcijo UNC93B1 in povzroči translokacijo TLR3 na plazemsko membrano pri človeških epitelnih celicah. Pokazali smo, da povečano izražanje UNC93B1 povzroči transport različno glikoziliranih TLR3 na plazmesko membrano, kar pa ne drži za preostale NAS TLRs. Iz naših spoznanj izhaja, da je TLR3 pomemben regulator UNC93B1, ki uravnava odzivnost vseh NAS TLRjev.
COBISS.SI-ID: 5143066
MARCKS je intrinzično nezvit protein z ohranjeno kationsko efektorsko domeno, ki uravnava medsebojno komunikacijo med različnimi signalnimi potmi. Izražanje MARCKSa se poveča v prisotnosti bakterijskega LPS. Pokazali smo, da se LPS veže na efektorski heptapeptid MARCKSa in inhibira LPS inducirano sintezo TNFa v enojedrnih celicah. Po stimulaciji z LPS se MARCKS prestavi iz plazma membrane na endosome, ki so FYVE pozitivni. Mišji embrionalni fibroblasti (MEF), ki ne izražajo MARCKSa se odzivajo na LPS s povečano sintezo IL6 glede na MEF celice divjega tipa. V prisotnosti MARCKSa je bila signalizacija TLR4 zmanjšana, medtem ko MARCKs ni imel učinka na stimulacijo TLR2, TLR3 in TLR5.
COBISS.SI-ID: 4930586
Sintetično ogrodje, ki omogoča prostorsko in časovno postavitev encimov v živih celicah, je obetavna post-translacijska strategija za nadzorovanje pretoka informacij metabolnih in signalnih poti. Opisujemo uporabo plazmidne DNA kot stabilnega, robustnega ogrodja za postavitev biosinteznih encimov v citoplazmi bakterije Escherichia coli. To vključuje pretvorbo posameznih encimov v himerne encime, ki imajo sposobnost vezave na DNA, kar smo dosegli z gensko fuzijo cinkovih prstov, ki se vežejo na specifična zaporedja DNA. Himerni proteini izraženi v celicah v prisotnosti DNA ogrodja, ki vsebuje specifično DNA zaporedje, ki ga cinkovi prsti prepoznavajo, povečajo titer metabolnih produktov, kot so resveratrol, 1,2-propanediol in mevalonat. Rezultati ponazarjajo uporabnost DNA ogrodja za združevanje biosintetskih encimov v funkcionalne metabolne strukture.
COBISS.SI-ID: 4824602