Simuliranje kompleksnih tekočin oziroma v splošnem kompleksnih molekularnih sistemov zahteva modelske pristope, ki pokrivajo širok razpon časovnih in krajevnih skal. Tega ponavadi ne moremo doseči z enim simulacijskim modelom. Preko let so razvili vrsto različnih metod in modelov od dokaj splošnih modelov, ki predvsem opišejo splošne statistične lastnosti npr. polimerov, do vseatomskih modelov ali celo kvantnih pristopov. Medtem ko le-ti dovoljujejo vrsto pomembnih znanstvenih študij, samo kombinacija oziroma bližnja povezava med pristopi na različnih velikostnih skalah dovoljuje resnično kvantitativen opis materialov in procesov. V tem prispevku obravnavamo metodo adaptivne resolucije, v kateri različne krajevne skala obravnavamo v isti simulaciji, pri čemer molekule prosto prehajajo med različnimi domenami, v katerih interagirajo z različnimi interakcijskimi potenciali.
COBISS.SI-ID: 4764186
Opisali smo mrežno orodje ENZO, t.j. grafični vmesnik za izgradnjo kinetičnih modelov encimskih katalitskih reakcij. ENZO avtomatično generira pripadajoče diferencialne enacbe iz encimske reakcijske sheme. Te diferencialne enačbe numerično rešimo in neznane koeficiente določimo s prileganjem k eksperimentalnim podatkom. ENZO dovoljuje hitro ovrednotenje in primerjavo različnih reakcijskih shem. Zato ga lahko uporabljamo za rutinske teste v encimski kinematiki. Prosto dostopen je na http://enzo.cmm.ki.si.
COBISS.SI-ID: 4728090