MisBase (Microsatellite data Base) omogoča hranjenje in obdelavo genetskih podatkov, podatkov o zbranih vzorcih in podatkov o osebkih, ki jim ti vzorci pripadajo, v domišljenih, razdelanih podatkovnih strukturah, ki omogočajo organizacijo velikih količin informacij, zagotavljanje kvalitete in sledljivosti, nekatere analize in izvoz podatkov za nadaljnje analize. Izhodni podatki so primerni za uporabo v populacijsko genetskih programih, programih za metodo "Mark–Recapture" in neposredno povezavo z Geografskimi informacijskimi sistemi (GIS).
F.15 Razvoj novega informacijskega sistema/podatkovnih baz
Zgodba o krivolovu medveda Rožnika je močno izpostavila problem ilegalnega ubijanja zavarovanih vrst ter z veliko medijsko izpostavljenostjo (o primeru in sodnem procesu so poročali vsi najbolj vidni mediji v Sloveniji in Avstriji) problematiko predstavila širši javnosti. Brez naših genetskih analiz bi ta primer ostal nepojasnjen, saj ne bi bilo nobenega drugega načina, s katerim bi lahko trdno povezali najdeno truplo z medvedom, ki je »izginil« v Avstriji.
F.27 Prispevek k ohranjanju/varovanje naravne in kulturne dediščine
Rast populacije volka in z njo povezano povečano plenjenje drobnice veljata v Sloveniji za aktualno problematiko, kar se odraža v motenem upravljanju in ohranjanju teh živali. Ravno tako je zaradi prepovedi usmrtitve v porasti število psov (Canis lupus familiaris), ki občasno tudi zakrivijo škodo na domačih živalih. Določitev krivca je zahtevna, zato je nujna uporaba forenzičnih tehnik. Razvili smo protokol za odvzem sline z ugrizne rane, laboratorijski protokol za ekstrakcijo in pomnoževanje DNA iz vzorcev sline z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) ter preverili uspešnost pomnoževanja in učinkovitost protokolov. Vzorce smo jemali z roba ugriza z bombažnim vatirancem, shranjenim v sušilu in namočenim v 96 % etanol. Uporabljene vatirance smo do analize hranili v plastičnih vrečkah v zamrzovalniku. Rezultati so pokazali, da padavine nimajo pričakovanega vpliva na analizo DNA, medtem ko je vpliv odvzemnega mesta, števila odvzetih vzorcev in hitrosti posredovanja ob škodnih primerih očiten. Iz porazdelitve dobljenih rezultatov glede na mesto odvzema vzorcev sumimo zgolj ubijanje živali samo pri psu, pri volku na plenjenje in hranjenje s plenom ter na mrhovinarski način prehranjevanja pri lisici. Pomembni ugotovitvi naloge sta tudi nezahtevnost učinkovitega vzorčenja sline na mestu uboja brez predhodnih izkušenj in razmeroma visok odstotek pasjih ubojev drobnice.
F.27 Prispevek k ohranjanju/varovanje naravne in kulturne dediščine
COBISS.SI-ID: 2641999Programski paket v okolju R z orodji za simuliranje procesa odlova in ponovnega ulova v virtualnih populacijah s poudarkom na detekciji osebkov in kvantifikaciji robnega učinka.
F.15 Razvoj novega informacijskega sistema/podatkovnih baz
Evrazijski ris (Lynx lynx L.) je v 19. stoletju izumrl v mnogih delih njegovega nekdanjega areala v centralni in severni Evropi. Na začetku 20. stoletja je ris izumrl tudi v Sloveniji. Risjo populacijo so pri nas ponovno vzpostavili leta 1973, ko so naselili tri pare iz Slovaških Karpatov. Novo osnovana populacija se je hitro razširila v sosednjo Hrvaško kot tudi v Bosno in Hercegovino. Reintrodukcija velja za eno izmed najuspešnejših ponovnih naselitev velikega plenilca. Po začetnem trendu rasti, prostorskem širjenju ter obdobju stabilizacije populacije, se v zadnjih 10–15 letih opaža kontinuiran padec številčnosti. Ris trenutno velja za najbolj ogroženega sesalca v naši regiji z oceno velikosti populacije med 15 do 25 odraslih osebkov. Cilji naše raziskave so bili razviti metode neinvazivnega vzorčenja DNA risov iz dlake, urina in iztrebkov, razviti metodo za individualno genotipizacijo risov, raziskati genetsko diverziteto ter raven sokrvja slovenske populacije evrazijskega risa. Raziskali smo genetsko diverziteto 22-ih mikrosatelitskih lokusov jedrne DNA pri 100 invazivnih, zgodovinskih in neinvazivnih vzorcih iz obdobja 1979–2010. Povprečno število alelov na lokus (NA) je bilo 2,789, povprečno efektivno število alelov (ne) je bilo 1,960, povprečna opažena heterozigotnost (Ho) je bila 0,433 in povprečna pričakovana heterozigotnost (He) je bila 0,453. Izvedli smo pregled genske pestrosti slovenske populacije evrazijskega risa skozi čas. Zmanjšanje genetske diverzitete, zmanjšanje populacijskega vidika sokrvja (koeficient sokrvja FIS) ter postopni dvig rodovniškega vidika sokrvja (individualni koeficient sokrvja) risje populacije v Sloveniji od reintrodukcije dalje smo prikazali s simulacijo časovnega okna. Populacija risov v Sloveniji ima najnižjo diverziteto mikrosatelitov izmed vseh do sedaj analiziranih populacij evrazijskega risa v Evropi, primerljivo le z genetsko diverziteto ponovno naseljenih populacij v švicarskih Alpah in Juri. Za nadaljnje upravljanje s populacijo evrazijskega risa v Sloveniji v prihodnosti bo potrebno razmisliti o naselitvi novih osebkov iz velikih populacij.
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 765303