Kinetična analiza alkilacije gvanina z aflatoksin B1 ekso-8,9-epoksidom (reaktivno obliko hepatokarcinogena aflatoksina B1) je pokazala, da je reakcija več kot 2000-krat bolj učinkovita v DNA kot v vodni raztopini – to je s prostim 2′-deoksigvanozinom. Termodinamska analiza je razkrila interkalacijo AFB1 ekso-8,9-epoksida kot glavni vir opaženega DNA katalitičnega efekta. Znano ekso ) endo stereospecifičnost DNA alkilacije pa smo opazili že s prostim deoksigvanozinom (razmerje ) 20:1 določeno z LC-MS in NMR meritvami), kar se sklada z našimi predhodnimi teoretičnimi napovedmi.
COBISS.SI-ID: 4132890
Deoksiinozin in deoksiksantozin (dX) se in vivo tvorita v znatnih količinah pri deaminaciji deoksiadenozina in deoksigvanozina ter povročata kodirne napake. Replikativna DNA polimeraza/eksonukleaza bakteriofaga T7 in popravljalna DNA polimeraza pol IV Sulfolobus solfactariusa sta bili uporabljeni kot modela za pojasnitev mehanizma kodirnih napak DNA polimeraz. Linearni modeli aktivnosti obeh polimeraz razložijo učinek prisotnosti kisika (dX) oziroma halogenov na mestu C2 kot posledico kombinacije steričnih in elektrostatskih efektov, ki povzročajo odboj z O2 atomom sosednjega citozina.
COBISS.SI-ID: 4199450
Izvedli smo simulacije molekulske dinamike neuraminidaze N1 v kompleksu s šestimi inhibitorji – oseltamivirjem, zanamivirjem, peramivirjem in njihovimi fosfonatnimi analogi. Dobljene trajektorije smo pazljivo analizirali, pripoznali pomembne interakcije med encimom in inhibitorji ter izračunali odgovarjajoče proste energije zapiranja fleksibilne 150-zanke.
COBISS.SI-ID: 4257306
Članek predstavlja nadaljevanje naših naporov usmerjenih v dosego kvantitativnega razumevanja mikrovalovnega katalitičnega efekta. Vsebuje izpeljavo analitične rešitve za mikrovalovno katalizo. Dobljeni izraz primerjamo z rezultati Monte Carlo simulacije ter uporabimo za izračun mikrovalovnega katalitičnega efekta, ki so ga eksperimentalno opazili na primeru solvolize polietilen tereftalata. Nekaj prostora namenimo tudi potencialnim škodljivim učinkom mikrovalovnega sevanja na žive organizme v kontekstu vseprisotne mobilne telefonije.
COBISS.SI-ID: 1851882
Vključitev organske baze v Warson-Crick oziroma ohlapni bazni par na koncu dupleksa DNA med njegovim zvijanjem ali podvajanjem predstavlja pomemben biološki korak. Tako smo s kombinacijo kalorimetrije in računalniških simulacij v vodni raztopini obravnavali energetiko tvorbe končnih G·C, G·T oziroma G·A baznih parov. Tekom klasičnih simulacij molekulske dinamike izračunane energije smo analizirali v približku linearnega odziva (LRA) ter dobili relativne proste energije za vključitev organskih baz ter njihove elektrostatske, disperzijske in preorganizirane komponente.
COBISS.SI-ID: 33744645