Standardizacijo merjenja mikroRNA s kvantitativnim RT-PCR sistemom v realnem času smo izvedli na modelu pljučnega raka v sodelovanju s tujim partnerjem iz Medicinske Fakultete v Tuzli v BiH. Naša raziskovalna projektna skupina je postavila in validirala kvantitativno merjenje različnih mikroRNA (let-7b, miR-126, miR-9, and miR-19a) v različnih vzorcih, tuji partner pa je priskrbel za vzorčenje in izbiro bolnikov. Vključili smo 50 bolnikov in 45 kontrol. V primeru pljučnega raka so bile ključne spremembe opažene na nivoju let-7b in miR-126 mikroRNA.
COBISS.SI-ID: 30144729
Pri na novo diagnosticiranih in še nezdravljenih (kortikosteroidno naivnih) bolnikih s sarkoidozo, ki smo si jih izbrali kot model bolezni s povečanim Th1 usmerjenim CD4 T celičnim odzivom, smo ugotavljali frekvenco regulatornih Valpha24 Vbeta11 iNKT. Vključili smo 47 bolnikih in 8 kontrol. Pri vseh bolnikih in kontrolah smo izvedli tudi bronhoskopijo in vključili analizo bronhoalveolarnega izpirka (BAL). Za metodologijo smo uporabili pretočno citometrijo in monoklonska protitelesa proti CD3, CD4, CD8, CD14, CD19, CD45, CD16/56, TCR Valpha24 in Vbeta11. Ugotovili smo močno znižano frekvenco regulatornih iNKT celic v primerjavi s kontrolami. To znižanje je statistično značilno koreliralo s povečano limfocitozo v pljučih in povečanim deležem CD4 Th1 celic.
COBISS.SI-ID: 26317273
V ne-anafilaktičnem modelu smo testirali hipotezo, da genetski faktorji za regulatorne Th1, Th2 in T supresorske celice, pa tudi faktorji, povezani z IgE signalno potjo, lahko vplivajo na vzpostavitev tolerance med imunoterapijo z alergenom pršice. Na tem modelu smo validirali ugotavljanje dinamike genske ekspresije z real-time RT-PCR na standardiziranih PAX gen vzorcih krvi. To smo izvedli v sodelovanju s tujim partnerjem iz Medicinske Fakultete v Zagrebu na Hrvaškem. Vključili smo 43 bolnikih po uspešno zaključeni imunoterapiji (3-5 let terapije), 20 nezdravljenih bolnikov in 25 zdravih kontrol. Kvantificirali smo nivo mRNA za T-BET (Th1), GATA-3 (Th2) in FOXP3 (Tsup) transkripcijske gentske faktorje ter FcεRI, Syk, PI3K in SHIP (IgE pot). Po imunoterapiji smo ugotovili povečanje T-BET in zmanjšanje GATA-3 in FOXP3 ekspresije. Prav tako se je zmanjšala ekspresija Syk ter PI3K kinaze, povečala pa se je ekspresija inhibitorne SHIP kinaze. Osnovni zaključek je, da imunoterapija z aeroalergeni inducira povišan nivo genetskih faktorjev, povezanih z regulatornimi Th1 celicami, ob tem pa zmanjša nivo genetskih faktorjev, povezanih z regulatornimi Th2 celicami.
COBISS.SI-ID: 29977049
Za anafilaktičnem modelu smo si kot tarčo izbrali FcεRI receptor. Na tem modelu smo validirali ugotavljanje dinamike genske ekspresije z real-time RT-PCR na standardiziranih zaporednih parnih PAX gen vzorcih krvi. Anafilaktični model smo izvedli skupaj s Pediatrično Kliniko v Ljubljani. V to študijo smo vključili 60 odraslih in 48 otrok z različno shemo imunoterapije s strupom kožekrilcev. Ekspresijo smo spremljali pred pričetkom imunoterapije in tik pred uvedbo prve vzdrževalne doze. Ugotovili smo, da se pri različnih shemah imunoterapije ekspresija gena za FcεRI receptor različno zmanjša, v razponu od 34 do 100 % vključenih bolnikov. Naši rezultati kažejo na desenzibilizacijo FcεRI poti po kratkotrajni imunoterapiji. Te prvič opisane spremembe so verjetno klinično pomembne za vzpostavitev zgodnjih varovalnih mehanizmov.
COBISS.SI-ID: 30233305
Hereditarni angioedem (HAE) je avtosomno dominantna genetska bolezen. Do HAE pride zaradi mutacij v C1 inhibitorju, genu SERPING1, kar privede do bodisi znižanih koncentracij C1 inhibitorja (HAE tipa I) ali sicer normalnih koncentracij nefunkcionalnega encima (HAE tip II). V Sloveniji smo ugotovili, da ima 9 družin HAE. Od tega smo 17 bolnikov iz osmih družin vključili v genetska analize. Genetska testiranja so vključevala določanje nukleotidnega zaporedja nekodirajočega eksona in 7 kodirajočih eksonov ter določanjem delecij/duplikacij celotnih eksonov z metodo MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification). Mutacijo, odgovorno za nastanek bolezni, smo ugotovili pri vseh bolnikih iz sedmih družin, pri čemer smo ugotovili tri že znane mutacije Gln67Stop (c.265C)T), Arg444Cys (c.1396C)T) in Arg444His (c.1397G)A) ter štiri nove mutacije Ser128Phe (c.449C)T), Glu429Lys (c.1351G)A), c.49delGinsTT in . Pri enem bolniku smo našli samo varianto g.566T)C (c.-21T)C) v homozigotni obliki, ki bi lahko bila odgovorna za nastanek bolezni. V naši raziskavi smo določili štiri nove mutacije v genu SERPING1, kar kaže na veliko heterogenost mutacij.
COBISS.SI-ID: 4586815