Številni pomembni patogeni so prenosljivi na več različnih načinov. V članku preučujemo evolucijsko dinamiko patogenov, ki so prenosljivi tako direktno kot tudi indirektno preko zunanjega okolja. Različni načini prenosa od mikroorganizmov zahtevajo različne adaptacije, kar pogosto vodi do nasprotujočih si selekcijskih pritiskov. V članku preučimo, kako se taki nasprotujoči si pritiski razrešijo v teku evolucije in določimo pogoje pri katerih pričakujemo diverzifikacijo sevov v populaciji. Naša analiza razkrije tako evolucijske točke razvejanja in posledično evolucijo specialistov, kot tudi evolucijsko bistabilnost in evolucijo patogenov generalistov, na potek evolucije pa pomembno vpliva ekologija populacije gostiteljev. Naša analiza tako pojasni sobivanje sevov pri številnih patogenih z več načini prenosa (denimo virusih gripe) in opozori na pomembnost upoštevanja populacijske dinamike gostitelja pri omejevanju virulentnosti patogenih organizmov.
COBISS.SI-ID: 1024420948
Ko virus okuži gostitelja, se znajde v heterogenem in prostorsko strukturiranem okolju, ta raznolikost pa vpliva tako na potek infekcije, kot tudi na evolucijsko dinamiko virusa. V članku s pomočjo matematičnih modelov preučujemo populacijsko in evolucijsko dinamiko virusa znotraj gostitelja. Z uporabo modela na posebnem primeru virusa HIV pokažemo, da naš model kot prvi lahko pojasni vse glavne aspekte menjave koreceptorjev, ki jo opazimo pri nekaterih posameznikih okuženih s HIV. Menjavo koreceptorjev torej lahko razumemo kot posledico adaptacije virusa v heterogenem okolju znotraj gostitelja.
COBISS.SI-ID: 1024287316
V članku preučujemo evolucijsko dinamiko virulentnosti patogenih organizmov, ki so prenosljivi tako z direktnimi stiki med gostitelji, kot tudi preko zunanjega okolja. Model vključuje številne funkcije, ki podajo zvezo med virulentnostjo organizma in ostalimi lastnostmi mikroorganizma (prenosljivostjo itd.) ter dve incidenčni funkciji, ki opisujeta kontakte med gostitelji in kontakte gostitelja s patogeni v okolju. Namesto da bi naredili a priori predpostavke o teh funkcijah, predstavimo konstruktivno metodo, ki nam najprej pove pri katerih pogojih pričakujemo optimizacijski model. V drugem delu konstrukcijsko metodo nadgradimo in izpeljemo pogoje, pri katerih v populaciji pričakujemo evolucijsko razvejanje in sobivanje sevov v populaciji. Predstavljena konstrukcijska metoda je uporabna tudi za številne druge eko-evolucijske modele.
COBISS.SI-ID: 1024441940
V članku razširimo obstoječo klasifikacijo evolucijsko singularnih strategij v Adaptivni Dinamiki
V članku preučujemo dinamiko patogenih organizmov v ekosistemih kjer ena populacija pleni na drugo, okuženi gostitelji pa so bolj izpostavljeni plenjenju.