Domena TIR (Toll/IL1receptor) uravnava povezavo med receptorji TLR (Tollu podobnimi receptorji) ali IL1 družino receptorjev ter znotrajceličnimi signalnimi adapterji. Nastanek homotipskega dimera domen TIR aktivira signalizacijo, medtem ko jo mikrobni proteini, ki vsebujejo domene TIR, inhibirajo. V publikaciji je predstavljena vloga dimerizacijske platforme domen TIR za uravnavanje od MyD88 odvisne signalne poti. Bakterijski TCPji, ki vsebujejo dimerne domene z obvitimi vijačnicami učinkovito zavirajo TLR/IL1 signalizacijo tako pri nizkih kot visokih količinah, medtem ko dimeri človeških domen TIR v visokih količinah povzročijo aktivacijo signalne poti. Po drugi strani pa dimeri človeških domen TIR povezanih z močnimi obvitimi vijačnicami inhibirajo signalizacijo TLR in preprečijo konstitutivno aktivacijo receptorjev TLR. V predstavljenem molekularnem modelu signalizacije preko MyD88 predvidevamo, da je dimerizacija domen TIR omejujoči dejavnik pri nastanku signalnega kompleksa. Rezultate smo objavili v Journal of Biological Chemistry (IF 4,773).
COBISS.SI-ID: 5026586
Elektronskega računalnika vezja, ki vsebujejo veliko število povezanih logičnih vrat istega tipa, kot je NOR stikalo , se lahko enostavno izdeluje in omogoča izvajanje poljubnih logičnih funkcij. V nasprotju z elektroniko pa moramo uporabiti ortogonalne gensko-regulatorne elemente zaradi proste difuzije v celicah. Kombinatorično raznolikost in ortogonalnost lahko zagotovimo z modularnimi DNK-vezalnimi domenami. Uporabili smo represorje na osnovi TAL efektorjev, za gradnjo ortogonalnih funkcijsko polnih NOR vrata za gradnjo logičnih vezij . Pokazali smo izvedbo vseh 16 dvovhodnih logičnih funkcij na osnovi kombinacij istega tipa NOR vrat v človeških HEK293 celicah. Poleg tega smo predstavili genetsko logično vezje, v katerem lahko izberemo izvedbo med AND in OR funkcijo za obdelavo podatkov. Ta dosežek demonstrira potencial modularnih transkripcijskih faktorjev za gradnjo kompleksnih bioloških naprav za obdelavo podatkov.
COBISS.SI-ID: 5408026
Bakterija Helicobacter pylori lahko povzroči gastritis, želodčno razjedo in lahko vodi do raka želodca. Zdravljenje z antibiotiki ne ščiti gostitelja pred ponovne okužbe. H. pylori se izogne aktivaciji imunskega odziva ker tvori flagelin, ki na aktivira receptorja TLR%. Flagelin je poglavitna sestavina bičkov, ki so pomembni za preživetje bakterij v želodcu. TLR5, član Tollu podobnih receptorjev prepoznava flagellin večine bakterij, kot je Escherichia coli, vendar ne flagellina FlaA H. pylori. Sposobnost FlaA za aktivacijo TLR5 smo ustvarili z inženiringom himernega flagellina, v katerem smo oba končna segmenta H. pylori flagellina nadomestili z ustreznimi segmenti iz flagelina E.coli. Rekombinantni himerni flagelin se je pravilno zvil in je aktiviral TLR5. Zaznali smo občutno povečano tvorbo serumskih IgG in IgA protiteles pri miših, cepljenih z himernim flagelinom v primerjavi z mišmi cepljenimi s FlaA. Titri protiteles so ostali visoki še 8 mesecev po zadnjem cepljenju. Protitelesa so vezala flagellin iz lizata H. pylori. Cepljenje z himernim flagelinom iz miši je omogočil zaščito proti kolonizaciji H. pylori. Pristop z uporabo himernega flagelina lahko uporabimo za aktivacijo naravnega in pridobljenega imunskega odziva za izdelavo učinkovitih cepiv proti H. pylori ali drugim bakterijam, ki se izogibajo prepoznavanja s TLR5.
COBISS.SI-ID: 5023770
V članku smo predstavili zasnovo skalabilnega regulatornega omrežja osnovanega na seriji ortogonalnih dizajniranih represorjev. Te represorje smo pripravili na osnovi DNA vezalnih domen narejenih iz cinkovih prstov, ki se vežejo na točno izbrano zaporedje DNA in imajo dodan efektor, ki prepreči ali stimulira transkripcijo. Na tej osnovi lahko pripravimo NOR vrata, ki omogočajo tvorbo katerekoli logične operacije v celicah.
COBISS.SI-ID: 8956756