Povzamemo nekatere vidike elektrostatičnih interakcij v kontekstu virusov. Uporabimo poenostavljen, a znotraj dobro definiranih omejitev, zanesljiv pristop za izračun elektrostatičnih energij in pripadajočih osmotskih tlakov v virusih RNK in bakteriofagih DNK. Ta dva tipa virusov se odločilno razlikujeta po krajevni porazdelitvi naboja. To vodi do bistvenih razlik v prostih energijah glede na velikost kapside in celotnega naboja. Razlike v prostih energijah ovrednotimo v okviru značilnosti in variacij osmotskega tlaka med notranjostjo in zunanjostjo virusa.
COBISS.SI-ID: 25607463
Predstavimo nov 3D večskalni algoritem za simulacije vode mimo fulerena. Uporabimo Schwarzovo izmenjalno metodo, ki sklaplja simulacijo molekulske dinamike (MD) tekoče vode okrog C540 molekule z Lattice-Boltzmann (LB ) opisom Navier-Stokesovih enačb. Predlagana metoda povezuje domene MD in LB z uporabo polnega 3D vmesnega območja in sklopitve gradientov hitrosti. Predstavljena metoda implicitno ohranja toka mase in gibalne količine in premošča algoritme osnovane na ohranitvi tokov in prekrivalne algoritme Schwarzovega tipa. Metodo uporabimo za določitev zdrsne dolžine in hidrodinamskega radija fulerena.
COBISS.SI-ID: 4876826
Raziščemo in ovrednotimo značilnosti porazdelitve naboja na virusnih kapsidah. Naša analiza združuje eksperimentalno določeno geometrijo kapside z enostavnimi modeli za ionizacijo amino kislin. To omogoča podroben opis prostorske porazdelitve za pozitivne in negativne naboje čez kapsidno steno. Iz dobljenih podatkov določimo povprečne radije distribucij, površinske gostote naboja, kot tudi gostote dipolnega momenta. Rezultate ovrednotimo v luči prejšnjih modelov porazdelitev naboja na kapsidah, za katere je znano, da imajo omejitve, ko jih uporabimo na realnih virusih.
COBISS.SI-ID: 2461028