Z metodo Monte Carlo smo preučili stabilnost virusom podobnih nanolupin v eno- in večvalentnih ionskih raztopinah. Določili smo fazne diagrame, ki vsebujejo elektrostatično komponento tlaka, in pokazali, da je ta lahko tako pozitivna kot negativna, kar pojasnjuje visoko občutljivost stabilnosti in samosestavljanja virusnih lupin na ionsko okolje.
COBISS.SI-ID: 2605668
Izpeljemo ohranitveni zakon za nematske polimere v tenzorski obliki, ki je veljaven v primeru kvadrupolnega orientacijskega reda in se razlikuje od ohranitvenega zakona v primeru polarnega reda. Analiziramo razlike med obema ohranitvenima zakonoma, predstavimo nekaj specifičnih orientacijskih polj, ki zadoščajo tenzorski vezi, in osvetlimo vlogo singularnih zavojev (hairpins), ki ne vplivajo na lokalni kvadrupolarni red polimernega nematika, so pa kljub temu povezani z gradienti njegovega direktorskega polja.
COBISS.SI-ID: 2615908
Študiramo kondenzacijo dolgega kiralnega nematskega polimera, ograjenega s sfero, s čimer modeliramo kondenzacijo DNK znotraj kapside virusa. Pri naraščanju kiralnosti opazimo transformacijo toroidnega kondenzata v sklenjeno ploskev z naraščajočim genusom, v nekaterih vidikih podobno nastanku urejenih domen, ki jih opazijo s kriomikroskopijo bakteriofagov.
COBISS.SI-ID: 2523492
Zgradimo makroskopski model rasti in transporta bakterij, ki temelji na dinamični odlikovani smeri - kolektivni hitrosti bakterij. Le-ta je povezana s faznim prehodom iz izotropne v nematsko fazo, s katerim modeliramo transformacijo med negibljivim in gibljivim biološkim stanjem bakterij, ki jo kontrolira gostota. Z dinamično odlikovano smerjo vpeljemo direktno sklopitev med orientacijskim redom in transportom, ki v primeru statične odlikovane smeri ni prisotna. Z dodatkom kiralnosti dobimo kompleksnejšo, a še vedno pulzno dinamiko.
COBISS.SI-ID: 2620260
Opisali smo vpliv elektrostatskih interakcij na prosto energijo in osmotski tlak virusov. Ugotovili smo, da se DNA in RNA virusi med seboj razlikujejo po tem, da imajo prvi velik pozitiven osmotski tlak, drugi pa majhnega in negativnega. Te lastnosti virusov imajo pomembne posledice za njihovo (samo)sestavljanje.
COBISS.SI-ID: 25607463