Članek opisuje pripravo mutantov naravnega in industrijskega visokodonosnega seva Saccharopolyspora erythraea z inaktiviranim oziroma čezmerno izraženim regulatornim genom SACE_5599, ki smo jih pripravili na podlagi rezultatov WP3 in boljšega razumevanja homologne rekombinacije, ki smo ga pridobili v okviru tega projekta. Inaktivacija SACE_5599 v industrijskem sevu je zelo znižala donos eritromicina in intenziteto sporulacije. Nasprotno pa je čezzmerno izražanje gena SACE_5599 v divjem tipu NRRL23338 povzročilo povečanje donosa eritromicina za 32%. Po odkritju regulatorja bldD je SACE_5599 je drugi domnevni regulatorni gen, ki je bil odkrit v S. erythraea in ima pozitiven učinek na donos eritromicina. Podobno kot bldD je tudi SACE_5599 vpleten v morfološki razvoj S. erythraea, kar nakazuje zelo tesno povezavo med biosintezo sekundarnih metabolitov in morfološko diferenciacijo pri tem organizmu.
COBISS.SI-ID: 3005775
V članku je opisana anotacija genskih skupin za biosintezo naravnih spojin, pri katerih sodelujejo modularni biosintezni enicimi poliketid sintaze (PKS) in neribosomske peptid sintetaze (NRPS), v genomu S. tsukubaensis, ki ga je pred kratkim sekvenciral Acies Bio. Analiza teh zelo velikih genov v genomih, pridobljenih s tehniko pirosekvenciranja, je zelo težavna, saj so genske skupine razporejene na več kontigih, napake v sekvenciranju povzročajo navidezne prekinitve bralnih okvirjev, ti geni pa pogosto vsebujejo tudi zelo dolge ponavljajoče regije. Članek opisuje analizo genoma s filogenetskim pristopom in programom ClustScan, ki sta omogočila identifikacijo 4 PKS genskih skupin in 6 NRPS genskih skupin v genomu S. tsukubaensis. Z reakcijo PCR in sekvenciranjem smo popravili navidezne zamike bralnih okvirjev, z RT-PCR pa smo potrdili aktivno transkripcijo ene od identificiranih genskih skupin.
COBISS.SI-ID: 4142456
Sev Streptomyces rapamycinicus NRRL 5491 proizvaja pomembno učinkovino rapamicin in ima 12.7 Mb velik genom, kateri vsebuje čez 3 Mb genskih biosinteznih skupin za 48 sekundarnih metabolitov. Po pregledu glavnega ogrodja genoma smo ugotovili 10425 potencialnih proteinkodirajočih genov. Program ClustScan je našel 25 modularnih genskih skupin za sekundarne metabolite, od tega 13 tip I PKS genskih skupin, 5 NRPS genskih skupin in 7 mešanih PKSNRPS genskih skupin, vključujoč tudi gensko skupino za biosintezo rapamicina. S programom antiSmash smo potrdili teh 25 modularnih skupin in hkrati odkrili še dodatnih 23 genskih skupin drugih tipov za biosintezo sekundarnih metabolitov. Pridobljeno zaporedje genoma je omogočilo bistveno izboljšalo razumevanje rekombinacijskih mehanizmov v sevu Streptomyces rapamycinicus in z njimi povezanih genskih homologov in tako olajšalo izvedbo aktivnosti pri izvedbi projekta.
COBISS.SI-ID: 4278904