Vodja predlaganega projekta je predsedovala znanstvenemu odboru in tudi organizacijskemu odboru 12. mednarodnega kongresa BAGECO (Bacterial genetics and Ecology), ki je potekal letos junija v Ljubljani v hotelu Union. Naslov letošnjega mednarodnega srečanja “Networking and plasticity of microbial communities: the secret to success” kaže na raziskovalne cilje predsednice kongresa, ki so tesno vezani tudi na predlagani projekt. BAGECO je napomembnejši evropski kongres s področja mikrobne ekologije in genetike, ki poteka vsaki dve leti in ki se ga udeleži največ 300 raziskovalcev. Je kongres, ki odpira nove koncepte na področju ekologije mikroorganizmov in povabilo k organizaciji in predsedovanju tega kongresa je izredna čast in kaže na uveljavljenost vodje predlaganega projekta na področju mikrobne ekologije. Kongresa (podrobnosti dostopne na strani http://www.bageco2013.org ) se je letos udeležilo skoraj 300 raziskovalcev iz 50 držav sveta. Svoje dosežke in kritične poglede je predstavilo 13 svetovno priznanih vabljenih predavateljev. Kongres je bil izredno uspešen in je domačim raziskovalcem odprl vrata za številne sodelave s svetovno priznanimi raziskovalnimi skupinami.
B.01 Organizator znanstvenega srečanja
COBISS.SI-ID: 4259448Bioinformatika je razkrila prisotnost domnevnih lakaznih genov v genomih različnih bakterij, med katerimi je striktni anaerob Geobacter metallireducens GS-15. Lakaze (benzendiol:kisik oksidoreduktaze, EC 1.10.3.2) so encimi, ki katalizirajo oksidacijo mnogih fenolnih in nefenolnih substratov in redukcijo molekularnega kisika do vode. Slednje je razlog za dvom v integriteto lakaznih genov pri anaerobih. Naš cilj je bil preveriti, če eden od domnevnih lakaznih genov G. metallireducens GS-15 kodira funkcionalno lakazo, in morebitno lakazo biokemijsko okarakterizirati. S tehnologijo rekombinantne DNA smo v gostitelju Escherichia coli heterologno izrazili Gmet_2154, enega od petih domnevnih lakaznih genov G. metallireducens GS-15, in protein izolirali s pomočjo histidinskega označevalca. Očiščeni encim je oksidiral nekatere tipične lakazne substrate, kot so ABTS, 2,6-DMP in siringaldazin. Njegov temperaturni optimum smo ocenili na 60 °C, pH optimuma za oksidacijo ABTS in 2,6-DMP pa na 5,0 in 8,0. Kot je značilno za druge lakaze, je encimsko aktivnost inhibirala prisotnost halidnih anionov. Možno je, da se Gmet_2154 izraža tudi in vivo, vendar njegova fiziološka vloga v G. metallireducens še ni znana. Gre za prvo znano lakazo pri striktno anaerobnem organizmu. To delo poudarja pomen bioinformatike za iskanje novih lakaznih genov.
D.11 Drugo
COBISS.SI-ID: 7721337Lakaze oksidirajo različne fenolne in nefenolne spojine in pri tem pride do redukcije kisika do vode. So izredno zanimivi encimi za okoljske in industrijske aplikacije. Te encime so večinoma preučevali pri glivah, kjre igrajo ključno vlogo pri razgradnji lignoceluloz a tudi vplivajo na morfološke spremembe gliv. V nasprotju pa je pri bakterijah znano le nekaj lakazam podobnih encimov. Mi smo pred kratkim identificirali 1200 genov za potencilne lakaze v 2200 genomih, ki so dostopni v bazah podatkov; 76% lakaz je nosilo zapis za signalni peptid, kar kaže da jih celice izločajo v okolje ali v periplazmo. Lakazne gene smo našli tudi na plazmidih. Med identificiranimi geni smo izbrali dva, ki smo ju izrazili v E. coli in pridobili aktivne lakazne encoime. Eden the ima visok pH optimum in je stabilen pri visokih temperaturah. To pomeni, da bakterije dejansko predstavljajo še neizkoriščeno zakladnico the zanimivih encimov. Poleg tega smo v kolaboraciji s partnerji projekta FP7-Metaexplore uspeli identificirati v metagenomkih knjižnicah nove gene za bakterijske lakaze.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 4298616