S pomočjo dostopnih strukturnih informacij vezave inhibitorja klorobiocina smo s kombinacijo farmakofornih modelov in eksperimentov molekulskega sidranja odkrili serijo substituiranih bitiazolov kot novih inhibitorjev DNA Giraze B z aktivnostjo v nizkem mikromolarnem območju. Celoten razred inhibitorjev smo podobno študirali tudi z več biofizikalnimi tehnikami: DSF, površinsko plazmonsko resonanco (SPR) in mikroscale termoforezo (MST). Vezavo najpomembnejšega inhibitorja smo določili z metodo proteinske kristalografije (x-ray) in pri tem pokazali tudi na odlično ujemanje med eksperimentalno določeno vezavno geometrijo inhibitorja in in silico postavljenim modelom vezave.
COBISS.SI-ID: 4999450
Simulacije »off-path« tehnike (OPS), ki so razširitev že uveljavljene metode replik (RPATh), smo uporabili za določitev energetike poti zapiranja C-terminalne domene encima MurD, ki smo jo generirali s pomočjo TMD simulacij (Perdih et al., Proteins 2007). Rezultati so pokazali, da je prehod iz odprte MurD strukture 1EEH v zaprto 2UAG energijsko bistveno zahtevnejši od prehoda, izhajajočega iz odprte 1E0D strukture. Gibanja C-terminalne domene, ki so omejena na ravnino centralne in N-terminalne domene, so energijsko bistveno manj zahtevna kot gibanje iz te ravnine.
COBISS.SI-ID: 4840730
Spojine naravnega izvora predstavljajo zgodovinsko najpomembnejši vir zdravilnih učinkovin, ki jih zajema sodobna materia medica. V zadnjih letih so na področju iskanja spojin vodnic naravnega izvora pričeli uspešno uporabljati sodobne integrirane pristope, ki združujejo eksperimentalne metode separacije, identifikacije in bioloških testiranj z računalniško podprtimi metodami načrtovanja in virtualnega rešetanja. Pregledni članek se osredotoča na predstavitev vloge računalniško podprtih metod v tem pristopu, poleg tega pa predstavlja tudi nekaj uspešnih primerov uporabe integriranega pristopa pri iskanju spojin vodnic naravnega izvora, uporabnega tudi pri razvoju novih protibakterijskih zdravilnih učinkovin.
COBISS.SI-ID: 4935450