Vrsti B. oleracea in S. arvensis sta ozko sorodni, kar se odraža s podobnostjo na morfološkem, genetskem in kariotipskem nivoju. V semenskih laboratorijih, kjer semena S. arvensis predstavljajo primes v semenu B. oleracea, je zato razlikovanje obeh vrst pri določanju čistote semena problematično. Metoda za razlikovanje med vrstama, ki temelji na osnovi morfologije semenske ovojnice z uporabo binokularja, namreč ni zanesljiva. Z namenom razvoja hitrega in zanesljivega razlikovanja vrst B. oleracea in S. arvensis smo razvili metodo, ki temelji na genomsko specifičnih mikrosatelitnh markerjih. Testirali smo 15 mikrosatelitnih markerjev, ki izvirajo iz različnih vrst Brassica. Dva markerja (Na12-C08, Ra2-E12) sta bila genomsko specifična in se namnožujeta le v B. oleracea, tretji marker (Ra2-A01) pa se namnožuje pri obeh vrstah, a v različnih alelnih oblikah. Zato je primeren za razlikovanje obeh vrst, hkrati pa je lahko uporaben tudi za intraspecies diferenciacijo znotraj genoma S. arvensis. Metoda bo uporabljena v semenskem laboratoriju za hitro in zanesljivo identifikacijo semena S. arvensis v partijah semena B. oleracea in obratno.
F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso
COBISS.SI-ID: 4523624V okviru vabljenega predavanja so bile predstavljene raziskave sušnega stresa, ki smo jih v zadnjih desetih letih izvajali na Kmetijskem inštitutu Slovenije, v sodelovanju s partnerji tako doma kot v tujini. Odziv fižola na sušni stres smo proučevali na morfološkem, fiziološkem, transkriptomskem in proteomskem nivoju. Podrobno smo proučili odziv na proteomskem nivoju pri dveh sortah, ki se razlikujeta v toleranci na sušo, Tiber (toleranten) in Starozagorski čern (občutljiv). Sorti smo uporabili tudi kot starševski liniji za vzgojo 82 rekombinantnih inbridiranih linij F8 generacije, ki smo jih ovrednotili s pomočjo morfoloških in fizioloških parametrov ter z molekulskimi markerji. Izdelali smo genetsko karto, ki smo jo uporabili v QTL analizi za tolerantnost fižola na sušni stres. Poznavanje mehanizmov odziva rastlin na sušo je ključnega pomena za identifikacijo lastnosti, uporabnih pri žlahtnjenju na tolerantnost na sušo.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 4522856V okviru dela programske skupine skrbimo tudi za seznanjanje širše strokovne in druge javnosti z rezultati našega dela. Tako svoje rezultate predstavljamo tudi na različnih kongresih doma in v tujini, sodelujemo pri izobraževanju različnih strokovnih organov (svetovalna služba, inšpekcijske službe, pregledniki …), informacije o povzročiteljih bolezni pa objavljamo tudi na naši spletni strani (COBISS.SI-ID 4532072, 4523880, 4612200, 4609640, 4409960, 4441192).
F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference)
COBISS.SI-ID: 4532072Pet-dnevna intenzivna delavnico o bioinformatiki v kmetijstvu je bila odprta za vrsto vrhunskih raziskovalnih organizacij vključno s partnerskimi inštitucijami projekta CropSustaIn ter drugim inštitucijam s področja kmetijstva, ki že sodelujejo z EMBL-EBI. Predavatelji z EMBL-EBI in sodelujočih organizacij so vrhunski specialisti na svojih področjih. Udeleženci so se seznanili s podatkovnimi viri, programskimi orodji in postopki analiz za serije omskih podatkov v okviru kmetijskih ved. Spoznali so se s poglavitnimi priložnostmi in izzivi na tem področju. Tečaj je zajemal teoretična predavanja, praktične računalniške vaje ter razprave o študijah v kmetijstvu in podatkih v javnih bazah. Skupno se je tečaja udeležilo trideset (30) udeležencev; od tega je bilo deset udeležencev s Kmetijskega inštituta Slovenije, trije z drugih slovenskih inštitucij, preostalih sedemnajst (17) udeležencev pa je bilo iz različnih držav ter z različnih raziskovalnih inštitucij in univerz, ki se posvečajo kmetijstvu. Skupno trinajst (13) predavateljev je podalo predavanja vrhunske kvalitete ter namenilo individualno pozornost udeležencem, da so le-ti lahko pridobili čim več pri praktičnih računalniških vajah. Predavatelji so prav tako doprinesli k možnostim mreženja; z udeleženci so sodelovali v razpravah o posameznih tematikah.
B.01 Organizator znanstvenega srečanja
COBISS.SI-ID: 4648808Rak koreninskega vratu povzroča škodo na trajnih kmetijskih rastlinah. Ker je ekonomsko pomemben v številnih državah, smo v Sloveniji določili prisotnost bakterij Agrobacterium spp. v vzorcih zemlje z različnih kmetijskih površin, kjer gojijo sadno drevje. Simptomov bolezni nismo opazili na nobenem mestu vzorčenja, prisotnost bakterij Agrobacterium spp. biovar 1 pa smo določili v 63 od 72 vzorcev (88%). Z biotesti smo pokazali, da so vsi sevi nepatogeni. Na osnovi zaporedja gena recA smo določili genomsko vrsto sevov: 43 sevov je pripadalo genomski vrsti G1, 26 pa G4. Pri obeh genomskih vrstah smo določili nove alele: sedem novih alelov pri G1 in štiri pri G4. Na gojišču KB smo opazili različno morfologijo kolonij genomskih vrst G1 in G4.
F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj
COBISS.SI-ID: 4474472