V raziskavi smo proučevali spremembe v proteomu stebla navadnega fižola (Phaseolus vulgaris L.) kultivarja Tiber v sušnem stresu. S kvantitativno proteomsko analizo smo določili proteine, katerih vsebnost se spremeni v sušnem stresu in jih razvrstili v številne funkcionalne skupine, kot so procesi energijskega metabolizma, fotosinteza, proteoliza, sinteza proteinov in proteini povezani z obrambo in stresom. Rezultati raziskave bodo prispevali k razumevanju mehanizmov povezanih s toleranco na stres pri navadnem fižolu, hkrati pa omogočajo identifikacijo potencialnih markerjev, povezanih s kvantitativnimi lastnostmi, ki opredeljujejo stopnjo tolerance na stres pri posameznem genotipu.
COBISS.SI-ID: 5142376
Rod Wallemia združuje naseljevalke hrane in zraka, mikotoksigene vrste, kot so halofilna W. ichthyophaga, kserotolerantna W. sebi in kserofilna W. muriae. Kolonije teh gliv je lahko spregledati, kar se odraža v relativno majhnem številu izolatov shranjenih v mikrobioloških zbirkah. Zato smo vzorčili več kot 300 substratov nizke vodne aktivnosti (aw), 30 vzorcev zraka z različnih geografskih področij, s čimer smo pridobili 150 novih izolatov. Ugotovili smo, da vsaka od vrst odraža specializacijo na specifičen habitat z nizko aw. Različne vrste rodu Wallemia so pogoste naseljevale kmetijskih okolij, kjer povzročajo bolezen kmetovih pljuč. V tej študiji smo opisali novo vrsto Wallemia hederae. Seve različnih vrst smo testirali na rast na različnih soleh ter portdili njihovo encimsko aktivnost na slanih gojiščih, kar priča o njihovi aktivni prisotnosti v okoljih z nizko vodno aktivnostjo.
COBISS.SI-ID: 3436111
Gensko raznolikost 119 akcesij navadnega fižola (Phaseolus vulgaris) iz petih republik nekdanje Jugoslavije, ki predstavljajo Zahodni Balkan, smo proučili z uporabo 13ih mikrosatelitnih markerjev. Določili smo 118 alelov oziroma poprečno 9,1 na lokus. Štiri skupine (slovenska, hrvaška, bosanska in srbska) so pokazale podobno visoko stopnjo genetske raznolikosti glede na ocenjeno število različnih alelov, število efektivnih alelov, Shannonov informativni indeks in pričakovano heterozigotnost. Nekoliko ožja genetska raznolikost je bila ugotovljena znotraj skupine makedonskih akcesij, čeprav je ta dednina dala največ privatnih alelov. Na osnovi AMOVA smo ugotovili, da je vsem petim dedninam skupen velik delež genske raznolikosti. Ugotovili smo, da najintenzivnejši prenos genov obstoja v Bosni in Hercegovini. Klaster analiza, narejena na osnovi molekularnih podatkov, je klasificirala akcesije v dva velika klastra, ki se skladata z dvema centroma izvora (andski, srednjeameriški). Ugotovili smo, da v vseh proučevanih državah prevladujejo andski genotipi, razen v Makedoniji, kjer sta oba genska pola enako zastopana. To lahko nakazuje, da je navadni fižol na Zahodni Balkan prišel preko Mediteranskega bazena. Z bajezijsko klaster analizo smo pokazali, da v proučevani regiji obstoja dodatna variabilnost, ki je povezana andskemu genskemu polu.
COBISS.SI-ID: 4823400
Namen naših raziskav v zadnjem desetletju je pridobiti globlji vpogled v molekularno in morfo-fiziološko prilagoditev fižola na sušo. S študijami genske ekspresije na listih osmih genotipov navadnega fižola pri različnih stopnjah dehidracije smo določili 15 transkriptov, katerih izražanje se spremeni v pogojih suše. Raziskave smo razširili tudi na druge vrste rodu Phaseolus in ugotovili, da je izražanje znotraj rodu konsistentno. S proteomsko analizo listov dveh kultivarjev fižola, ki se razlikujeta v toleranci na sušo, tolerantnejši Tiber in občutljivejši Starozagorski čern, smo identificirali proteine, katerih izražanje se je spremenilo v pogojih suše. Ugotovili smo, da je največ identificiranih proteinov udeleženih v procesih energijskega metabolizma, v sintezi proteinov ali njihovi proteolizi, imajo zaščitno in detoksifikacijsko vlogo ali pa so udeleženi v procesih fotosinteze. Na osnovi analize proteoma stebla cv. Tiber v suši z uporabo in-gel stabilnega izotopnega označevanja smo uvrstili proteine v številne funkcionalne skupine. Z raziskavami proteaz smo pokazali, da suša različno vpliva na številne serinske endopeptidaze in aminopeptidaze v listih fižola. Podrobno smo proučili proteazo iz listov pri kultivarju Zorin in jo okarakterizirali na proteinskem in genskem nivoju. Populacijo 80 rekombinantnih inbred linij F8 generacije križanja med kultivarjema Tiber in Starozagorski čern smo uporabili tudi za izdelavo genetske karte.
COBISS.SI-ID: 3924072
Navadni fižol ( Phaseolus vulgaris L.) je bil uveden v Evropo, tako iz srednjeameriškega kot andskega centra raznolikosti in se prideluje v srednji Evropi že stoletja. Velik alelni polimorfizem je bil odkrit pri vseh štirih skupinah pregledanih akcesij, ki nakazuje, da so slovenski in avstrijski genski viri fižola v preteklosti posedovali visoko raznolikost, ki je bila dobro ohranjena vse do danes. Faktorska korespondenčna analiza kaže na gnetenje akcesij iz različnih skupin, kar kaže na potencialni prenos genov med državami. Vrednotena raznolikost zelo dobro sovpada z obema genskima skladoma (andskim in mezoameriškim). Večina akcesij v vsaki posamezni skupini pripada Andskemu genskemu skladu. Močna prevlada andskih genotipov uvršča Slovenijo med druge sredozemske države, kot sta Španija in Italija. Slednji se zdita kot najbolj verjeten vir prvih populacij fižola v Sloveniji in Avstriji. Predpostavljamo, da se je v začetku prejšnjega stoletja, ko so zelo tesni odnosi med Slovenijo in Avstrijo popustili , z ačela introgresija genotipov v Avstrijo iz zahodnih in severnih evropskih držav, kar je povzročilo zelo velik delež mezoameriških genotipov ki jih najdemo pri avstrijskih genskih virih ( 44 % ). Več domnevnih hibridov med andskim in mezoameriškim genskim skladom smo odkrili v tej študiji.
COBISS.SI-ID: 4208744
Razkroj proteinov s pomočjo proteaz je osnovna pri odzivu rastlin na abiotski stres, kot je suša. Pri rastlinah obstaja veliko število genov, ki kodirajo proteaze. Le nekaj tistih, ki sodelujejo v odzivu na sušo so bili značilni ampak je njihova vloga še nepojasnjena. Identificirali smo dve novi subtilazi iz listov fižola sorte Zorin, PvSLP1 in PvSLP2. PvSLP1 smo identificirali na ravni genov, z uporabo primerjev, ki temeljijo na genskem zaporedju s sušo inducirane serinske proteaze iz Arachis hypogaea L. Pri fižolu se ekspresija PvSLP1 ni spremenile pri suši. PvSLP2 je bil izoliran in označen na ravni proteina, skupaj s popolnim genomom in cDNA sekvenc. Sekvence aminokislinskega zaporedja obeh PvSLP1 in PvSLP2 so značilne za rastlinske subtilaze iz družine S8 sklada SB. PvSLP2 kaže 33% sekvenčno identiteto s PvSLP1. Ekspresija PvSLP2 prepisa se ni spremenila z odvzemom vode, vendar se je proteolitska aktivnost v listih povečala, odvisno od starosti in položaju posameznega lista. Poleg tega je bila stopnja aktivnosti v senescentnih listih in zalivanih rastlinah višja kot v zrelih ali mladih listih. Ti rezultati, skupaj z dejstvom, da PvSLP2 cepi peptidne vezi z ostankom Arg, kaže k ureditvi aktivnosti PvSLP2 subtilaze na translacijskih in / ali post-translacijskih ravneh in nakzuje posebno vlogo pri odzivu na sušo in staranju.
COBISS.SI-ID: 26305831
Namen raziskave je bil ugotoviti vpliv različnih temperatur skladiščenja in fiziološke starosti gomoljev na razvoj nekrotičnih znakov, ki jih na gomoljih povzroča krompirjev virus Y NTN . Okuženi gomolji sorte Igor dveh različnih fizioloških starosti in neokuženi gomolji so bili naključno razporejeni v dvanajst režimov skladiščenja. Kontrolni tretmaji so bili skladiščeni pri konstantnih temperaturah 4, 13 in 24 oC. Gomolji v preostalih devetih tretmajih so bili na začetku preskusa skladiščeni pri 4 oC in po 1 do 29 tednih po spravilu prenešeni na 24 oC. Visoke temperature skladiščenja so spodbudile nastanek nekroz na gomoljih. Podaljšanje skladiščenja pri nizkih temperaturah je povzročilo zamik nastajanja nekroz na gomoljih in zmanjšalo število gomoljev z nekrozami. Če so bili gomolji skladiščeni na nizki temperaturi vsaj 21 tednov, po njihovi prestavitvi na visoko temperaturo na površini nismo n ašli nekroz. V poskusu nismo mogli potrditi učinka fiziološke starosti gomoljev na pojavljanje nekroz na gomoljih.
COBISS.SI-ID: 3597928
V skladu z Mednarodnim kodeksom o nomenklaturi za alge, glive in rastline, veljajo nova pravila od 1. januarja 2013 za poimenovanje pleomorfnih gliv. Kot rezultat analize, je razprava o generičnem poimenovanju pomembnih rastlinskih patogenih gliv in biološki kontrolnih agensih in priporočilo o uporabi imen Clonostachys namesto Bionectria, Trichoderma namesto Hypocrea, Fusarium namesto Gibberella in Neonectria namesto Cylindrocarpon (itd) .
COBISS.SI-ID: 4289896
Neopisano epifitsko glivo SBFS smo osamili z zrelega jabolka. Filogenetske raziskave na osnovi zaporedja DNA in mikromorfološke analize na umetnem gojišču so pokazale, da je ta gliva sorodna glivi vrste Peltaster fructicola, vzorčena in opisana samo v Severni Ameriki. Evropska vrsta je novo opisana vrsta imenovana Peltaster cerophilus, tipski material vrste P. fructicola pa je ponovno opisan. Pri vrsti P. cerophilus smo odkrili dva introna iz skupine I na zaporedju ribosomske RNA, male ribosomalne podenote. Specifične značilnosti enega izmed dveh intronov so edinstvena pri do sedaj analiziranih izolatih glive vrste P. cerophilus in bi se lahko uporabljale za diagnostične in epidemiološke namene.
COBISS.SI-ID: 4463720
Kot mnogi patogeni, tudi rastlinsko parazitske ogorčice izločajo efektorje, da spremenijo celične funkcije gostitelja in uspešno napadejo rastlino. Pripravili smo zbirko odprtih bralnih okvirov, ki kodirajo verjetne apoplastične efektorje pri ogorčici Globodera rostochiensis v vektorjih za ekspresijo v rastlina ter klone ovrednotili. Proteini za razgradnjo celične stene so povzročili nekroze in kloroze, kar se sklada z njihovo vlogo pri spremembi usode celic gostitelja in invazijo tkiva. Pokazali smo novo vlogo za apoplastilčni protein podoben ekspanzinu (GrEXPB2): zmanjšanje rastlinskega imunskega odziva, vključno z odzivom znotraj celice (NB-LRR signalizacija v citoplastu). Odziv na GrEXPB2 je različen pri različnih gostiteljih in za proteine z različno primarno strukturo.
COBISS.SI-ID: 4630888