Za analizo proteinov, udeleženih pri odzivu na sušo v listih fižola sort Tiber in Starozagorski čern, smo uporabili proteomsko analizo. Vzorce proteinskih ekstraktov smo ločili z 2D-DIGE in določili proteinske lise, pri katerih se je izražanje spremenilo v sušnem stresu. Proteinske lise, pri katerih je prišlo do povečanega ali zmanjšanega izražanja v stresnih razmerah glede na kontrolne, smo identificirali z LC-MS/MS. Pri sorti Starozagorski čern smo tako identificirali 64 proteinov, pri sorti Tiber pa 58 proteinov. Ugotovili smo, da je največ identificiranih proteinov udeleženih v procesih energijskega metabolizma, v sintezi proteinov ali njihovi proteolizi, imajo zaščitno in detoksifikacijsko vlogo ali pa so udeleženi v procesih fotosinteze. Povezave med identificiranimi proteini, ki smo jih ponazorili z bioinformacijsko analizo, omogočajo kompleksnejši vpogled v biološke poti in molekulske funkcije, na katere vpliva sušni stres.
COBISS.SI-ID: 3924072
Razgradnja proteinov, ki jo vršijo proteaze, je v osnovi odziva rastlin na abiotske strese. V rastlinah se nahaja veliko število genov, ki kodirajo proteaze ali pa domnevne proteaze. Samo nekaj med njimi, ki so vpletene v odziv na sušo, so okarakterizirali, njihovo regulacijo pa slabo poznamo. Mi smo v listih Phaseolus vulgaris L. sorte Zorin identificirali dve novi subtilazi, PvSLP1 in PvSLP2. PvSLP1 smo identificirali na genskem nivoju, z uporabo začetnih nukleotidov, načrtovanih na osnovi genskega zaporedja domnevne proteaze iz Arachis hypogaea L., katere izražanje se poveča pod vplivom suše. V P. vulgaris se pri pomanjkanju vode izražanje PvSLP1 transkripta ni spremenilo. PvSLP2 smo izolirali in okarakterizirali na proteinskem nivoju, skupaj s popolnima zaporedjema cDNA in gena. Izvedena aminokislinska zaporedja obeh, PvSLP1 in PvSLP2, sta značilna za rastlinske subtilaze iz družine S8 klana SB. Samo 33% zaporedja PvSLP2 je identično zaporedju PvSLP1. Izražanje transkripta PvSLP2 se pod vplivom pomanjkanja vode ni spremenilo, se je pa povečala njena proteolitična aktivnost v listih, odvisno od starosti in položaja lista. Še več, raven aktivnosti v starajočih se listih dobro zalivanih rastlin je bila višja kot v zrelih ali pa mladih listih. Ti rezultati, skupaj z dejstvom, da PvSLP2 cepi peptidne vezi po ostanku Arg, kažejo na regulacijo aktivnosti subtilaze PvSLP2 na translacijskem in/ali post-translacijskem nivoju in na specifično vlogo v odzivu na sušo in senescenco.
COBISS.SI-ID: 26305831
Fižol ( Phaseolus vulgaris L.) je bil prinesen v Evropo iz srednjeameriških in andskih centrov porekla in se prideluje v srednji Evropi že stoletja. Prvi cilj te študije je bil oceniti gensko raznolikost in strukturo 167 akcesij/populacij razdeljenih v štiri skupine glede na njihovo geografsko poreklo (Slovenija in Avstrija) in časovno obdobje (zgodovinsko in danes) s pomočjo 14 mikrosatelitnih (SSR) označevalcev. Drugi cilj je bil izboljšati naše razumevanje poti razširjanja in evolucije te vrste v srednji Evropi . Visok alelni polimorfizem smo zaznali v vseh štirih obravnavanih skupinah, kar kaže, da sta slovenski in avstrijski fižol posedovala precejšnjo raznolikost v preteklosti, ki je dobro ohranjena še danes. S pomočjo faktorske korespondenčne analize smo ugotovili, da so akcesije iz različnih skupin povezane v skupine, kar kaže na morebiten pretok genov med državami. Ugotovljena raznolikost se zelo dobro ujema z obema genskima centroma ( Andskim in srednjeameriškim). Večina akcesij v vsaki posamezni skupini pripada Andskemu genskemu skladu. Močna prevlada andskih genotipov uvršča Slovenijo med druge sredozemske države , kot sta Španija in Italija. Slednja je najverjetnejši vir prvih vnosov fižola v Slovenijo in Avstrijo. Predpostavljamo , da se je v začetku prejšnjega stoletja v Avstriji začela introgresija genotipov iz zahodne in severne Evrope, kar je povzročilo zelo visok delež mezoameriških genotipov , ki jih v sedanjosti najdemo med avstrijskimi akcesijami fižola (44%). V tej študiji smo odkrili tudi več domnevnih križancev med andskimi in mezoameriškim genskim skladom.
COBISS.SI-ID: 4208744
V skladu z Mednarodnim kodeksom o nomenklaturi za alge, glive in rastline, veljajo nova pravila od 1. januarja 2013 za poimenovanje pleomorfnih gliv. Kot rezultat analize, je razprava o generičnem poimenovanju pomembnih rastlinskih patogenih gliv in biološki kontrolnih agensih in priporočilo o uporabi imen Clonostachys namesto Bionectria, Trichoderma namesto Hypocrea, Fusarium namesto Gibberella in Neonectria namesto Cylindrocarpon (itd) .
COBISS.SI-ID: 4289896
Analiza prenosa genov med vrsto B. napus in njenimi spolno kompatibilnimi sorodniki (SKS) je bila izvedena z uporabo 15-ih mikrosatelitnih markerjev. Vključeni genotipi so zajemali predstavnike SKS, ki se nahajajo v naravnem okolju kot tudi referenčne sorte vrst, ki se pridelujejo v Sloveniji. Skupno je tako študija obsegala naslednje vrste in podvrste iz družine Brassicaceae: B. napus ssp. napobrassica, B. napus ssp. napus, B. nigra, B. oleracea, B. rapa ssp. oleifera, Diplotaxis muralis; D. tenuifolia, Raphanus raphanistrum, R. sativus, R. sativus var. oleiformis, Rapistrum rugosum, S. alba and S. arvensis. Na podlagi genetskih podatkov smo ocenili, da je povprečna migracijaska stopnja genov 0.72. Izpostavili smo tudi pet divergentnih lokusov (Na12-C08, Na10-A08, Ni3-G04b and BRMS-050), kjer je bil prenos genov statistično značilen (p(0.05). Izračunana stopnja tujeprašnosti vrst z najvišjo spolno kompatibilnostjo z vrsto B. napus, B. rapa in S. arvensis, je znašala 30, 7 %. Ta empirično pridobljena vrednost predstavlja potencial za spontana inter-and intra-speciesne prenose genov znotraj slovenskega pridelovalnega prostora.
COBISS.SI-ID: 4298088