Z uporabo simulacij molekulske dinamike z ločenima termostatoma za translacijske in rotacijske prostostne stopnje smo proučevali vpliv rotacijskega gibanja vode na interakcijo med Lennard-Jones topljenci. Situacija z rotacijsko temperaturo višjo od translacijske (Tr ) Tt) posnema učinek mikrovalov na modelne raztopine. Simulacije molekulske dinamike kažejo, da raztopine Lennard-Jones topljencev z dvigom Tr postajajo vse bolj strukturirane (Tt držimo konstantno). Povečanje strukturiranosti se jasno vidi v dvigu prvega in druge vrha v parski porazdelitveni funkciji topljenec-topljenec. Prvi vrh se nadalje pomakne proti nekoliko večjim razdaljam, kar gre pripisati destabilizaciji vodnih molekul v prvi hidratacijski lupini okrog hidrofobnih topljencev. Dodatni močni efekti rotacijsko vzbujene vode so opaženi v simulacijah kratkih hidrofobnih polimerov, ki pri povišani Tr zavzamejo bolj kompaktne konformacije. Pri teh simulacijah opazimo prerazdelitev vodnih molekul, ki bežijo iz hidrofobnih žepov in bolje solvatirajo topilu dostopne monomere.
COBISS.SI-ID: 1536690627
Z uporabo simulacij molekulske dinamike z ločenima termostatoma za rotacijsko in translacijsko temperaturo smo proučevali vpliv obeh temperatur na hidratacijo ionov. V tem članku smo ugotovili, kako se različni modeli vod z različno porazdelitvijo naboja odzovejo na dvig v rotacijski temperaturi. Študija razkriva, da glede na različno porazdelitev negativnega naboja popularni modeli vode izkazujejo različne odzive na dvig rotacijske temperature. Razlike se pojavijo pri hidrataciji kationov, kjer prav porazdelitev negativnega naboja na modelnem topilu predstavlja odločujoči faktor pri tipu odziva. Korelacija kation-voda tako narašča z naraščujočo rotacijsko temperaturo, kadar je negativni naboj postavljen blizu težišča molekule vode (naprimer SPC model vode), ter pada, kadar je negativni naboj pomaknjen stran od težišča molekule vode (naprimer TIP5P model vode). Ker imajo vsi obravnavani modeli vode podobne porazdelitve pozitivnega naboja, vsi izkazujejo podobne trende pri solvataciji anionov. Za razliko od navedenega pa kakršenkoli dvig translacijske temperature vodi do zmanjšanja korelacij voda-topljenec pri vseh obravnavanih parih.
COBISS.SI-ID: 1536357059
Encimi predstavljajo ene najpomembnejših potencialnih tarč za zdravilne učinkovine. Identifikacija možnih interakcij ligand-encim posledično predstavlja osrednji korak pri razvoju zdravil. Razvoj novih računalniških metod omogoča, da zberemo informacije iz vse večjega števila že rešenih in dostopnih kompleksov ligand-encim ter modeliramo nove še neznane interakcije. Tako lahko odgovorimo na vrsto odprtih vprašanj pri razvoju zdravil, kot so identifikacija neznanih proteinskih funkcij, kemijske karcinogeneze, selektivnosti vezave, 3D homolognega modeliranja ter simulacij induciranega fita.
COBISS.SI-ID: 5782298