Sofisticirane metode za analizo kompleksnih mrež obetajo se kot zelo koristne za skoraj vse znanstvene discipline, vendar nam še vedno izmikajo. V tem članku predstavimo temeljne metodološke napredke za odpravo tega. Ugotovimo, da je interakcija med majhno število vlog, ki jih je igral vozlišč v omrežju, opiše omrežno strukturo. Glede na ta vpogled, razvijemo inovativni okvir za analizo in primerjavo omrežji. Pokažemo moč metode z odkrivanjem novih odnosov med navidezno nepovezanimi omrežij, kot so Facebook, metabolna omrežja in omrežja proteinov. Uporabljamo ga tudi za spremljanje dinamike svetovne trgovinske mreže, ki kaže na ključno vlogo držav posrednika med netrgovalnimi državami. Ta rezultat, čeprav intuitiven, je pobegnil vsemi obstoječimi raziskavami.
COBISS.SI-ID: 2048292371
Pridobivanje notranjih vzorcev interakcije kompleksnega dinamičnega sistema je zahteven problem. Tradicionalne metode pogosto zanašajo na proučevanje korelacij med dinamičnimi enotami. Vendar pa je v sistemih kot so omrežija, ena spremenljivka povezana tudi s stopnjo spremembe druge spremenljivke. Uvajamo koncept izpeljane spremenljivke korelacije in ga uporabimo za oblikovanje novega načina rekonstrukcije kompleksnih sistemov (omrežja) iz dinamične časovne serije. S uporabo nastavljivega parametra je rekonstrukcija koli sistema z znanimi interakcij funkcij oblikovana s preprostim matrične enačbe. Predlagamo postopek za optimizacijo rekonstrukcijo iz časovne serije. Naša metoda zagotavlja tudi zanesljivo natančnost ocene. Ponazorimo izvajanje metoda skozi osnovne dinamične modele.
COBISS.SI-ID: 2048303635
Topologija bioloških interakcij omrežij se preučuje že več kot desetletje. Kljub temu, še nimamo dokončnega dogovora o teoretičnimi modeli ki najbolje opisujejo interakcije med proteini. Takšni modeli so ključni za razumvenje empiričnih ugotovitev o teh omrežij. V tem prispevku, prezentiramo celovito analizo proteinskih omrežij kvasovke, da bi pridobili bolj jasan vpogled v njeno topologijo. Ugotovili smo, da: (1) je tehnologija odkrivanja interakcij le malo vpliva na topologijo teh omrežij; (2) topologija teh interakcijskih mrež se razlikuje v organizmih z drugačno celično kompleksnostjo (ljudi in kvasovke); (3) jasna topološka razlika je prisotna med funkcionalnimi sub-moduli teh omrežij; (4) Visoko kakovostni podatki o teh omrežji imajo bolj "geometrično" topologijo v primerjavi z nepopolnimi in šumoviti podatki; in (5) med-funkcionalni "povezovalni" proteini služijo kot posredniki v prenos signalov, prometa, urejanja in organizacijskih celičnih procesov.
COBISS.SI-ID: 2048314899