Podajamo pregled zadnjih dogodkov v analizo velikih podatkov v okviru natančnosti medicine in zdravstvene informatike. Na področju tehnologij za zajemanje molekularnih in zdravstvene podatke, smo vstopili v območje "Big Data" v biologiji in medicini. Ti podatki ponujajo veliko priložnosti za napredovanje natančnost zdravila. Smo predstavili ključne izzive v precizni medicini in nedavne napredeke v metodah, ki temeljijo na integracij podatkov za odkrivanje prilagojene informacije iz velikih podatkov, pridobljenih v različnih študijah. Nedavna raziskava integrativne metode za bolezni, biomarkerjev odkrivanje in in seznam orodij, ki so na voljo domene znanstveniki. Glede na vedno večje naravo teh velikih podatkov, izpostavljamo ključna vprašanja, ki bodo prihodnjost metode integracije velikih podatkov.
COBISS.SI-ID: 2048353299
Hiter tehnološki napredek je privedel do proizvodnje različnih vrst bioloških podatkov in omogočil izgradnjo kompleksnih mrež z različnimi vrstami interakcije med različnimi biološkimi enotami. Standardne podatkovne metode analize omrežja so pokazale, da je treba omejiti pri obravnavanju teh heterogenih mrežnih podatkov in posledično so bile predlagane nove metode za integrativno analizo podatkov. Za dopolnilne metode lahko skupaj analizira več vrst bioloških podatkov in pripravi bolj celostno, bioloških spoznanj na ravni sistemov. Podajamo pregled raziskav metod za kolektivno integracijo različnih vrst omrežnih bioloških podatkov. Primerjamo različne metode state-of-the-art za integracijo podatkov in izpostavljamo svoje prednosti in slabosti pri reševanju pomembnih bioloških problemov. Identificiramo pomembne računalniške izzivi teh metod in zagotovljamo splošne smernice, za katere so metode primerna za posebne biološke težave, ali posebnih vrst podatkov.
COBISS.SI-ID: 2048353043
Motivacija: Beljakovine so temelji delovanja celice in ožičenje beljakovin v protein-protein interakcije omrežja (PIN) se nanaša na njihovih bioloških funkcij. Beljakovine s podobnim napeljave v PIN (topologije okoli njih), se je izkazalo, da imajo podobne funkcije. Ta lastnost je bila uspešno izkoriščena za napovedovanje proteinskih funkcij. Topološko podobnost se uporablja tudi za usmerjanje algoritme za poravnavo omrežja, ki se zdijo podobno žično beljakovine med PIN različnih vrst; te podobnosti se uporabljajo za prenos zapis po PIN, npr od modelnih organizmov na človeka. Za natančnejši funkcionalne napovedi in obvestili prenose, moramo pridobiti vpogled v variabilnosti topologija funkcijo odnosov. Na primer, lahko funkcijo značilno povezane s specifičnimi topologije, medtem ko se druga funkcija lahko šibko povezano z različnimi topologije. Prav tako lahko topologija funkcijo odnosi se razlikujejo med različnimi vrstami. Rezultati: Da bi izboljšali naše razumevanje topologije funkcijo odnosov in njihovo ohranjanje med vrstami, smo razvili statistično orodje, ki je izgrajeno na kanonični korelacijski analizi. Uporaba graphlet stopinj predstavljajo napeljave okoli proteinov v PIN in genske ontologije (GO) da opišejo svoje funkcije. Naša metoda: (i) označuje statistično pomembne topologija funkcijo odnose na določeno vrsto, in (ii) razkriva funkcije, so ohranjeni topologije v PIN različnih vrst, ki smo jih poimenovali topološko ortologne funkcije. Mi se naš okvir za PIN kvasa in človeka, prepoznavanje sedem biološki proces in dva celične komponente GO pogoje, da so topološko ortologni za dve organizme.
COBISS.SI-ID: 2048352275