Biopolimeri ponujajo zanimive možnosti za nastanek srebrnih nanodelcev (AgNP). testirali smo peptide, ki tvorijo dimere iz obvitih vijačnic (CC) za sposobnost tvorbe AgNP. Sedemnajst takšnih peptidov smo analizirali pri nevtralnem pH. QSAR regresijski model predlaga, da so pomembni vzorci zaporedij KXQQ in KXEE . Maksimum UV-VIS spektrov dobljenih nanodelcev je pri približno 420 nm, ki je značilno za AgNP v območju velikosti približno 40 nm, kar je bilo potrjeno z dinamičnim sipanjem svetlobe in transmisijsko elektronsko mikroskopijo. AgNPs-peptid povzroča dobro antibakterijsko delovanje, tudi po samo 15 minut kontaktnega časa, medtem ko ima nizko toksičnost za človeške celice pri istih koncentracijah. Ti rezultati kažejo, da peptidi ustvarjajo AgNPs s protibakterijsko aktivnostjo pri blagih pogojih in se lahko uporabni za antibakterijsko delovanje.
COBISS.SI-ID: 5888026
V članku smo predstavili primerjavo tehnologij modularnih biomimetskih struktur, tako na osnovi DNK kot polipeptidov. Predstavili smo primerjavo dizajna proteinskih nanostructure na osnovi fuzij med oligomerizacijski domenami, preko dizajna interakcij med proteinskimi domenami, ter de novo prorteinskega dizajna, sestavljenega iz več verig ter iz ene same verige, kar ej sonova anšeha pristopa topoloških vzorcev zvitja. Ugotovili smo, da nove metode dizajna proteinov omogočajo pripravo proteinskih struktur, ki se niso razvile z evolucijo in imajo lahko nove zanimive lastnosti.
COBISS.SI-ID: 6076186
Polipeptidi in polinukleotidi so programabilni naravni polimeri, katerih linearno zaporedje lahko enostavno oblikujemo in jih sintetiziramo v celicah. Narava prvenstveno uporablja proteine kot molekularne stroje in nukleinske kisline kot medij za manipulacijo dednih informacij. Terciarna struktura in funkcija določenega proteina je določean z več kooperativnimi šibkimi interakcijami dolgega dosega, ki so bile optimizirane skozi evolucijo. DNA nanotehnologija uporablja ortogonalne pare modulov nukleinskih kislin kot strategijo za gradnjo kompleksnih 3D struktur. Podoben pristop je bil v zadnjih dveh letihuporabljen za oblikovanje proteinov, z uporabo ortogonalnih obvitih segmentov. Enojna polipeptidna veriga, iz CC modulov se lahko sestavi v 3D strukturo, ki jo določajo topologije interakcij modulov v verigi. Ta pristop omogoča gradnjo geometrijskih polipeptidnih ogrodij, ki zaobide problem zvitja kompaktnih proteinov. Vendar pa je pot zvitja še potrebno optimizirati, da se omogoči hitro samosestavljanje pod fiziološkimi pogoji. Ta pristop odpira pot do uporabe dizajniranih foldamerov v bioloških sistemih in njihovo funkcionalizacijo.
COBISS.SI-ID: 5889050
Vozli so nekatere od najpomembnejših topoloških struktur v naravi. Samozdruževanje zavozlanih polimerov je zahtevno, saj je potrebno verigo čez predhodno oblikovane zanke speljati v točno določenem vrstnem redu. V članku smo opisali načela za usmerjanje zlaganja visoko zavozlanih nanostruktur enojne verige DNK, ki stvori kvadratno piramido. Med modeli DNK, sestavljenimi iz istih modulov in ki kodirajo isto topologijo, se je samo dizajn s potjo zvitja zasnovano v skladu s pravilom "prostega konca" učinkovito zložil v ciljno strukturo. Poleg visoke učinkovitosti počasnega zvitja se je ta oblika tudi hitro zvila ob hitri ohladitvi in redčenju iz denaturanta. Ta strategija bi lahko bila uporabljena za oblikovanje zlaganja drugih vozlanih programabilnih polimerov, kot so RNA in proteini.
COBISS.SI-ID: 5880858