V okviru dobro obiskane konference Ameriškega mikrobiološkega društva na temo sekvenciranja naslednje generacije za molekularno epidemiološke raziskave patogenov smo predstavili naše raziskave na področju zasledovanja sprememb populacijske strukture rastlinskih virusov s pomočjo sekvenciranja malih RNA.
F.10 Izboljšanje obstoječega tehnološkega procesa oz. tehnologije
COBISS.SI-ID: 3684431Genomi RNA virusov so majhni in enostavni, vendar zelo raznoliki znotraj vrste, kar predstavlja velik izziv pri sekvenciranje celotnih genomov z uporabo klasičnih metod. Tem problemom se lahko izognemo z uporabo sekvenciranja naslednje generacije (NGS), ki generirajo velike količine podatkov o genomu iz enega samega vzorca. Kljub temu pa je težko pridobiti zadostne količine virusne RNA za analize, saj je delež virusne RNA v primerjavi s količino rastlinske RNA izredno nizek. Za povečanje deleža virusnih sekvenc smo iz skupne izolirane RNA odstranili ribosomalno RNA, vendar je bil delež rastlinskih zaporedij še vedno visok. Za naslednji korak med pripravo knjižnice smo izbrali selekcijo velikosti fragmentov. Posledično se je občutno izboljšalo razmerje med virusnimi in gostiteljskimi zaporedji, pri enaki količini podatkov pa je bila večja pokritost virusnega genoma.
F.10 Izboljšanje obstoječega tehnološkega procesa oz. tehnologije
COBISS.SI-ID: 3552591Na dogodku z naslovom "Health Checks and Smart Treatments for our Plants" smo predstavili možnosti hitrega določanja rastlinskih škodljivcev z metodo LAMP.
F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference)