Kot prvi smo za proučevanje virusnih populacij v krompirju okuženim s virusom Y krompirja (PVY), seva NTN, uporabili metode sekvenciranja naslednje generacije. Izjemno globoko sekvenciranje tehnologije Ilumina smo uporabili za proučevanje dveh skupin zaporedij PVY v rastlini: RNA izolirano iz virusnih delcev in virusne male interferenčne RNA (fragmenti RNA, ki so posledica rastlinskega obrambnega sistema proti virusom). V obeh opazovanih skupinah so se mutacije pojavljaje na podobnih mestih v virusnem genomu. Sekvenciranje virusne populacije izolirane iz virusnih delcev, je zaradi daljših fragmentov sekvenc virusnega genoma, poenostavilo sestavljanje genoma virusa. Nehomologne rekombinacije so se v populaciji virusov, izoliranih iz virusnih delcev, pogosto pojavljale v 3' delu PVY genoma, ki se ne prevaja v protein in regiji v PVY genomu, ki zapisuje plaščni protein virusa. Journal of Virology je najbolj citirana revija v kategoriji.
COBISS.SI-ID: 3333711
Uporaba naslednje generacije sekvenciranja sekvenciranja omogoča študij virusnih populacij z veliko ločljivostjo. NGS povečuje možnosti zaznave mešanih okužb različnih rastlinskih virusov in kaže na veliko pogostost takih okužb. Biološki pomen virusov v mešanih okužbah na gostitelja najpogosteje še ni pojasnjen; prvi korak k raziskovanju tega problema predstavlja ločitev in čiščenje virusov iz mešane okužbe. Ionskoizmenjevalna kromatografija je bila uspešno uporabljena za čiščenje in koncentracijo različnih virusov. V tej razsikavi smo želeli ugotoviti ali lahko uporabimo enak pristop tudi za ločevanje virusov iz istega vzorca v mešani okužbi. Z optimizacijo ionsko-izmenjevalne monolitne kromatografije smo uspeli hitro in učinkovito delno očistiti tri različne rastlinske viruse: virus rumenega mozaika repe, virus grmičavosti in zakrnelosti paradižnika in virus mozaika tobaka. Tako vse tri vrste virusov kot tudi dva različka istega virusa smo uspešno ločili iz umetno pripravljene mešanice, v enem kromatografskem koraku. Na podlagi razmerja v absorbanci A260/280 smo lahko posamezne vrhove na kromatogramu pripisali virusom z različno morfologijo. Ta raziskava predstavlja prvo aplikacijo monolitne kromatografije za ločitev več virusov iz istega vzorca in predstavlja dobro izhodišče za uporabo te tehnologije tudi za ločevanje drugih rastlinski, bakterijskih ali živalskih virusov iz mešanih vzorcev.
COBISS.SI-ID: 3344463
Virus X krompirja je eden izmed najbolj razširjenih virusov krompirja. Kljub temu vemo le malo o njegovi raznolikosti v najverjetnejšem centru izvora tega virusa, Andski regiji Južne Amerike. Da bi njegovo raznolikost bolj spoznali smo s pomočjo sekvenciranja malih RNA (Illumina NGS) pridobili popolna oziroma skoraj popolna zaporedja genomov tega virusa iz okuženih vzorcev rastlin iz Peruja. Med njimi smo pridobili tudi popolno zaporedje novega, različka virusa X krompirja, ki se od ostalih različkov precej razlikuje. V enem od vzorcev smo zaznali tudi mešano okužbo dveh različkov virusa. S tem smo potrdili uporavnos sekvenciranja malih RNA za iskanje novih različkov virusov in hkrati prvič pokazali, da lahko to metodo uporabimo tudi za razlikovanje podobnih različkov istega virusa v mešani okužbi. Odkritje novega različka v tej regiji nakazuje na veliko raznolikost tega virusa v Andski regiji Južne Amerike, podoben vzorec pa lahko pričakujemo tudi pri drugih škodljivcih na krompirju.
COBISS.SI-ID: 3188559
Razvili smo test za detekcijo ‘Candidatus Phytoplasama solani’ (fitoplazma Bois noir; BNp) v format LAMP v realnem času, ki omogoča detekcijo pomnoževanja s fluorescentnim barvilom. Test je bil optimizian za hitro diagnostiko v laboratoriju in na terenu in dosega podobno občutljivost kot primerljiv qPCR test. Test smo validirali v okviru smernic Evropske in mediteranske organizacije za zaščito ratlin (EPPO). Nadalje smo s tem testom, kot tudi predhodno razvitim LAMP testom za fitoplazmo FD, testirali 286 vzorcev listov vinske trte nabranih v letu 2015. Oba testa sta omogočala visoko občutljivo zaznavo tarč brez predhodne ekstrakcije, ki je nujen korak pri testiranu vzorcev s testom qPCR. Občutljivost LAMP testov je bila povsem primerljiva s qPCR testi, pozitivne rezultate pa smo zaznali žev manj kot 35 minutah.
COBISS.SI-ID: 4088399
Raspberry leaf blotch virus (RLBV) je nov predstavnik rodu Emaravirus, ki so gap red kratkim našli in opisali na Škotskem. Povezujejo ga z novo boleznijo malin, ki v Veliki Britaniji povzroča velike težave v pridelavi malin. Virus je bil najden tudi v Srbiji, na Finskem in v Bolgariji. Leta 2011 smo podobna bolezenska znamenja našli tudi na malinah v Črni Gori. V simptomatičnih vzorcih smo z RT-PCR potrdili okužbo z RBDV. Produkta PCR iz dveh vzorcev smo klonirali in sekvencirali, dobljena zaporedja pa smo primerjali z zaporedji v bazi GenBank. Analize so pokazale 93% podobnost nukleotidnega zaporedja s tremi objavljenimi zaporedji RNA5 RLBV (HG738849, HG738846 in FR823303) iz Bolgarije in UK. Proteinska zaporedja so bila enaka zaporedjem iz Bolgarije (CDJ26745), z zaporedjem P5 iz UK (CBZ42028) pa so pokazala 96.1% enakost 100% podobnost.
COBISS.SI-ID: 4779880