Z uporabo ultra globokega sekvenciranja Illumina smo proučili raznolikost dveh naborov zaporedij krompirjevega virusa Y, ki sta sočasno prisotna v gostitelju: RNA, ki smo jih izolirali iz virusnih delcev in male virusne interferenčne RNA, ki so nastanejo v procesu utišanja rastlinskih RNA. V obeeh skupinah smo zazanali podobne mutacije, pri čemer nismo zaznali opaznih vročih mutacijskih točk v virusnem genomu. Polimorfizmi posameznih nukleotidov (SNPs) s frekvenco višjo od 1,6% so bili vedno prisotni v obeh naborih zaporedij. SNP-i z zelo nizko frekvenco pojavljanja so bili prisotni v obeh naborih, a so bili pogostejši med malimi RNA. Verjetno so nastali z genskim drsom v lokaliziranih populacijah virusov v rastlini ali kot posledica napak med pomnoževanjem signala utišanja. Sekvenciranje nabora virusnih delcev je povečalo učinkovitost pri rekonstrukciji genomske sekvence. V naboru zaporedij iz virusnih delcev smo zaznali mesta rekombinacije, z vročimi točkami v genomu na neprepisani 3’ regiji in v regiji plaščnega proteina. Rekombinacije predstavljajo pomemben, čeprav prezrt vidik v raznolikosti virusne populacije.
COBISS.SI-ID: 3333711
Uporaba naslednje generacije sekvenciranja sekvenciranja omogoča študij virusnih populacij z veliko ločljivostjo. NGS povečuje možnosti zaznave mešanih okužb različnih rastlinskih virusov in kaže na veliko pogostost takih okužb. Biološki pomen virusov v mešanih okužbah na gostitelja najpogosteje še ni pojasnjen; prvi korak k raziskovanju tega problema predstavlja ločitev in čiščenje virusov iz mešane okužbe. Ionsko-izmenjevalna kromatografija je bila uspešno uporabljena za čiščenje in koncentracijo različnih virusov. V tej razsikavi smo želeli ugotoviti ali lahko uporabimo enak pristop tudi za ločevanje virusov iz istega vzorca v mešani okužbi. Z optimizacijo ionsko-izmenjevalne monolitne kromatografije smo uspeli hitro in učinkovito delno očistiti tri različne rastlinske viruse: virus rumenega mozaika repe, virus grmičavosti in zakrnelosti paradižnika in virus mozaika tobaka. Tako vse tri vrste virusov kot tudi dva različka istega virusa smo uspešno ločili iz umetno pripravljene mešanice, v enem kromatografskem koraku. Na podlagi razmerja v absorbanci A260/280 smo lahko posamezne vrhove na kromatogramu pripisali virusom z različno morfologijo. Ta raziskava predstavlja prvo aplikacijo monolitne kromatografije za ločitev več virusov iz istega vzorca in predstavlja dobro izhodišče za uporabo te tehnologije tudi za ločevanje drugih rastlinski, bakterijskih ali živalskih virusov iz mešanih vzorcev.
COBISS.SI-ID: 3344463
Raspberry leaf blotch virus (RLBV) je nov predstavnik rodu Emaravirus, ki so gap red kratkim našli in opisali na Škotskem. Povezujejo ga z novo boleznijo malin, ki v Veliki Britaniji povzroča velike težave v pridelavi malin. Virus je bil najden tudi v Srbiji, na Finskem in v Bolgariji. Leta 2011 smo podobna bolezenska znamenja našli tudi na malinah v Črni Gori. V simptomatičnih vzorcih smo z RT-PCR potrdili okužbo z RBDV. Produkta PCR iz dveh vzorcev smo klonirali in sekvencirali, dobljena zaporedja pa smo primerjali z zaporedji v bazi GenBank. Analize so pokazale 93% podobnost nukleotidnega zaporedja s tremi objavljenimi zaporedji RNA5 RLBV (HG738849, HG738846 in FR823303) iz Bolgarije in UK. Proteinska zaporedja so bila enaka zaporedjem iz Bolgarije (CDJ26745), z zaporedjem P5 iz UK (CBZ42028) pa so pokazala 96.1% enakost 100% podobnost.
COBISS.SI-ID: 4779880