Za arheje in bakterije,ki predstavljajo večino življenjskih sestavov na Zemlji, je dolgo veljallo, da imajo nižjo toleranco za topljence kot eukarioti. Medtem ko je večina halofilnih prokariontov poznana po svoji sposobnosti razmnoževanja v nasičeni raztopini NaCl (aktivnosti vode (a (w)) 0,755), se lahko nekatere kserofilne glive razmnožujejo tudi pri nižjih vrednostih – tudi do 0.650-0.605, običajno pri visokih koncentracijah sladkorjev. V prispevku so predstavljeni dokazi, da halofilni prokarioti rastejo tudi pri aktivnosti vode (0,755; in sicer: Halanaerobium lacusrosei (0.748), sev Halobacterium 004.1 (0.728), Halobacterium sp. NRC-1 in Halococcus morrhuae (0.717), Haloquadratum walsbyi (0.709), Halococcus salifodinae (0.693), Halobacterium noricense (0.687), Natrinema pallidum (0.681) in sevi haloarhej GN-2 and GN-5 (0.635 a(w)). Poleg tega ekstrapolacija krivulje rasti (konzervativne ocene) kaže teoretični minimum pri 0.611 aw za ekstremno, obligatno halofilne arheje in bakterije. Te smo primerjali z minimumi za na topljence (visoke koncentracije topljencev ali drugih ne-slanih topljencev) najbolj odporne bakterije (Mycobacterium spp., Tetragenococcus halophilus, Saccharibacter floricola, Staphylococcus aureus in druge) in evkariontskih mikrobov v slanih okoljih (Wallemia spp. , Basipetospora halophila, Dunaliella spp. in tako naprej) ali pri visoki vsebnosti sladkorjev (npr Xeromyces bisporus, Zygosaccharomyces rouxii, Aspergillus in Eurotium spp.). S spreminjanjem ravnovesja med kaotropičnimi in kozmotropičnimi stresorji smo za ekstremne, kserofilne glive Aspergillus penicilloides in X. bisporus določili, da lahko aktivnost vode, potrebno za rast miceljia (~0.65) zmanjšamo na 0,640. Naše ugotovitve kažejo, da najnižjo aktivnost vode določajo fizikalno-kemijske omejitve.
COBISS.SI-ID: 3273039
Zunajcelični vezikli, kot so npr. eksosomi, so zaradi velikega potenciala za uporabo v klinični diagnostiki in terapevtiki, postali izredno zanimivi za širšo znanstveno srenjo. Kljub temu predstavlja natančna karakterizacija velikosti populacije veziklov in njihova kvantifikacija velik izziv, saj zanesljive tehnike še niso razvite. V tej študiji smo postavili metodo za ločevanje eksosomov glede na velikost in njihovo karakterizacijo in kvantifikacijo z ločevanjem s pretočnim sistemom na katerega deluje asimetrični prečni pretok in detekcijo s sipanjem svetlobe pri več kotih in UV detektorjem (AF4/UV-MALS). Izvedli smo tudi analizo neločenih eksosomov z DLS (dinamičnim sipanje svetlobe) in NTA (ang. nanoparticle tracking analysis) tehnikama in sklepali na njihovo obliko, notranjo strukturo in njihovo koncentracijo. Rezultati so pokazali, da imata asimetrični prečni pretok in debelina kanala pomemben vpliv na kvaliteto ločevanja eksosomov, čas fokusiranja pa nima močnega vpliva. Rezultati AF4/UV-MALS in DLS kažejo na prisotnost dveh subpopulacij veziklov, to so večji eksosomi in manjši veziklom podobni partikli, ki so se koeluirali s proteinskimi nečistočami. V primerjavi z DLS in AF4/UV-MALS rezultati, NTA tehnika precenjuje velikost in koncentracijo veziklov pri večji eksosomski populaciji, detektira pa tudi manjšo populacijo veziklov.
COBISS.SI-ID: 5754138
Endometrioza je ginekološka bolezen, za katero so značilni nespecifični simptomi. Čeprav so do sedaj proučevali že več kot 100 potencialnih biokemijskih označevalcev v krvi in/ali peritonealni tekočini, trenutno ni klinčno ustreznih neinvazivnih možnosti diagnostike endometrioze. Identifikacija nabora biokemijskih označevalcev, ki bo omogočal neinvazivno diagnostiko tako predstavlja pomemben cilj vrste skupin, ki delujejo na tem raziskovalnem področju. V okviru naše študije smo proučevali koncentracije 16 citokinov in drugih sekretornih proteinov v serumu in peritonealni tekočini 58 bolnic z ovarijsko endometriozo (preiskovanke) in 40 zdravih žensk, ki so se odločile za sterilizacijo ali bolnic z benignimi cistami jajčnikov (kontrolne osebe). Uporabili smo pristop Luminex tehnologije in metode ELISA. V serumu bolnic smo izmerili statistično značilno višje koncentracije glikodelina-A, v peritonealni tekočini pa statistično značilno višje koncentracije glikodelina-A, IL-6 in IL-8 ter nižje koncentracije leptina. Diagnostični model za serum je vključeval razmerje koncentracij leptin/glikodelin-A in razmerje fikolin 2/glikodelin-A, diagnostični model za peritonealno tekočino pa je vključeval razmerje koncentracij biglikan/leptin, RANTES/IL-6 in fikolin2/glikodelin-A ter IL-8 na mg skupnih proteinov v kombinaciji s starostjo. Diagnostična modela sta tako prepoznala bolnice z endometriozo z relativno visoko občutljivostjo (72.5% do 84.2%), specifičnostjo (78.4% do 91.2%) in površino pod krivuljo (AUC)(0.85 do 0.90).
COBISS.SI-ID: 31891673
Z drevesnim zalubnikom povezana gliva Grosmannia clavigera povzroča obsežno uničenje borovih gozdov. Vna drevesu mora gliva tolerirati visoke ravni ravni zanjo toskičnih obrambnih kemikalij iglavcev (npr monoterpenov). Gliva lahko presnovi nekatere od teh spojin preko poti ß-oksidacije ter jih uporabili kot vir ogljika. Prav tako uporablja ogljik iz trigliceridov borovcev, v katerih je najpogosteje zastopana oleinska kislina. Visoke vsebnosti prostih maščobnih kislin pa so za glivo toksične in povzročajo dodaten stres med zajedanjem gostitelja. Maščobne kisline inducirajo izražanje gena za citokrom P450 (CYP630B18) in njegov redoks partner, P450 reduktaze (CPR2). Namen tega dela je bil preučiti delovanje tega novega sistema P450. S pomočjo LC/MS smo biokemično okarakterizirali CYP630 kot zelo specifično omega-hidroksilazo oleinske kisline. Na molekulskem nivoju smo predlagali način vstopanja substrata v encim in prenosa elektronov med membransko vezanima citokromom P450 in ustrezno reduktazo.zaradi evolucijske ohranjenosti genov CYP-CPR predstavljajo naše ugotovitve pomembno izhodišče za študij metabolizma maščobnih kislin v drugih glivah.
COBISS.SI-ID: 31899353
Bolnike z osteosarkomom običajno zdravijo s preoperativno in postoperativno kemoterapijo, ki temelji na cisplatinu. Cisplatin se veže na DNA in povzroča povezave znotraj verig in med verigami DNA ter tako zavre podvojevanje DNA. Glutation-S-transferaze (GST) sodelujejo pri detoksifikaciji cisplatina, številni neodvisni mehanizmi popravljanja DNA pa popravljajo napake, ki jih povzroča cisplatin. V naši študiji smo želeli določiti vpliv polimorfizmov mehanizmov popravljanja napak na DNA ali GST na učinkovitost in toksičnost zdravljenja s cisplatinom pri bolnikih z osteosarkomom. Pri 66 bolnikih z osteosarkomom smo genotipizirali 21 polimorfizmov ERCC1, ERCC2, NBN, RAD51, XRCC3, REV1, REV3L in GSTP1, pa tudi deleciji GSTM1 in GSTT1. Vpliv na preživetje bolnikov in izid zdravljenja smo določili z uporabo Coxove regresije in logistične regresije. Bolniki z vsaj enim polimorfnim alelom ERCC2 rs3212986 so imeli daljši čas preživetja brez dogodka (P=0,006; HR=0,28; 95%CI=0,11-0,70). Bolniki z vsaj enim polimorfnim alelom REV1 rs3087403 so imeli daljši čas preživetja brez dogodka in čas celokupnega preživetja (P=0,004; HR=3,79; 95%CI=1,92-9,53 in P(0,001; HR=4,44; 95%CI=1,92-10,27). Kombinacija polimorfizmov REV1 rs3087403 in REV3L rs462779 je bila prav tako povezana s statistično značilno krajšim časom preživetja brez dogodka (Ptrend=0,003) in s krajšim časom celokupnega preživetja (Ptrend(0,001). Tudi polimorfni alel GSTP1 rs1138272 je bil povezan s krajšim časom preživetja brez dogodka in s krajšim časom celokupnega preživetja (P=0,005; HR=3,67; 95%CI=1,47-9,16 in P=0,004; HR=3,52; 95%CI=1,51-8,22). V primerjavi z referenčnim haplotipom NBN CAA je bil haplotip NBN CGA povezan s krajšim časom preživetja brez dogodka (P=0,001; HR=4,12; 95%CI=1,77-9,56). Naši rezultati kažejo, da bi številni polimorfizmi mehanizmov popravljanja DNA in polimorfizmi GST lahko služili kot farmakogenetski označevalci zdravljenja s cisplatinom pri osteosarkomu in bi lahko doprinesli k personalizaciji zdravljenja.
COBISS.SI-ID: 31771353