Standardno Michaelis-Mentenovo enačbo je običajno potrebno korigirati z neencimsko katalizirano spontano reakcijo substrata. Zato je njena neposredna uporaba omejena, ker njeno rešitev ni mogoče izraziti z eksplicitno enačbo, ki bi opisovala časovno odvisnost porabe substrata. Zaradi tega smo z uporabo Adomienove dekompozicijske metode skonstruirali eksplicitne približke pravi rešitvi in prikazali njeno uporabo v primerih za katere je veljalo, da so rešljivi le z numeričnimi metodami. Približki razširjene Michaelis-Mentenove enačbe so se izkazali kot dobra alternativa numeričnim metodam, ker jih je mogoče uporabiti v standardnih računalniških programih za prileganje modelnih enačb na eksperimentalne podatke.
COBISS.SI-ID: 32324825
Štiri rutenijeve komplekse na osnovi piritionskih cinkovih ionoforov smo skupaj s kisikovimi analogi preizkusili kot zaviralce encimov 1C poddružine aldo-keto reduktaz (AKR). Analiza kinetičnih podakov, podprta z molelekulskimi simulacijami, je razkrila sestavljen inhibitorni učinek: hitri reverzibilni fazi sledi počasna inaktivacija. Opazi se tudi pomenbna selektivnost preiskušenih substanc v primeru AKR1C1 in AKR1C3, tarčnih encimov pri načrtovanju protutumorskih substanc pri rakih dojke. Toksičnost sintetiziranih organorutenijevih kompleksov na celične linije hormonsko odvisnih rakavih celic dojke je zaznavna, in sicer v nizkem mikromolarnem koncentracijskem območju.
COBISS.SI-ID: 32724441
Wallemia obsega mikotoksogene kontaminante, ki vključujejo halofilno W. ichthyophaga, kserotolerantno W. sebi in kserofilno W. muriae. Do sedaj je bilo deponiranih v zbirkah kultur le malo število sevov Wallemie. Da bi pridobili podatke in bolje razumeli naravno porazdelitev teh gliv, smo testirali 300 substratov z nizko vodno aktivnostjo in 30 vzorcev zraka iz različnih geografskih področij. Na ta način smo izolirali 150 novih vrst Wallemie. Wallemia sebi in W. muriae sta bili izolirani pretežno iz hiperslanih vodnih vzorcev, rastlinskih materialov in iz zaprtih prostorov. hrane z nizko vodno aktivnostjowere isolated mostly from hypersaline water, low-water-activity foods, plant materials and indoor. Wallemia muriae je prevladujoča vrsta Wallemie v v vzorcih zraka iz narabnih in iz okolij, ki so pod človeškim vplivim v Evropi. Nove izolate w.ichthiophade smo pridobili iz izjemno slanih okolij, kot so soline, iz okolij, ki so bogata z MgCl2 in iz zraka v senikih na Danskem. Pet halotolerantnih sevov sodi med Wallemia hederaee, ki je filogenetsko sestra halofilne Wallemiae ichthyophage. Pokazalo se je, da Wallemia spp. v razmerah in vitro tolerirajo izjemno visoke koncentracije MgCl2, npr.W.ichthyophaga raste v tekočem mediju 2 2M MgCl2, kar do sedaj ni bilo opisano še za noben mikroorganizem. Tudi aktivnosti zunajceličnih encimov širokega spektra v prisotnosti NaCl kažejo, da je Wallemia zelo dobro prilagijena na substrate z zmanjšano vodno aktivnostjo.
COBISS.SI-ID: 3436111
Endometrioza je kompleksna, poligenska, od hormonov odvisna bolezen, ki prizadane 6 - 10 % žensk v rodni dobi ter 30 - 50 % neplodnih bolnic in/ali bolnic s pelvičnimi bolečinami. Operativna diagnostika je pri odkrivanju endometrioze še vedno edina uveljavljena praksa, saj diagnostika z molekularnimi označevalci pri tej bolezni še ni v veljavi. Zaradi invazivne narave diagnostike lahko traja do 11 let preden bolnici potrdijo diagnozo endometrioze ter jo začnejo zdraviti. Izvedli smo ciljno študijo metabolomike za iskanje potencialnih molekularnih označevalcev v peritonalni tekočini bolnic z endometriozo. V študijo je bila zajeta skupina 29 bolnic z ovarijsko endometriozo ter kontrolna skupina 36 zdravih posameznic. V študijo je bilo vključenih skupno 148 metabolitov, vključujoč acilkarnitine, glicerofosfolipide in sfingolipide. Metaboliti smo kvantificirani z elektrosprej ionizacijsko tandemsko masno spektrometrijo. Moč povezave med metaboliti ali med razmerji metabolitov in bolezenskim statusom je bila ocenjena z uporabo grobih in prilagojenih razmerij obetov. Najboljša kombinacija biomarkerjev je bila nato izbrana na podlagi postopne logistične regresije. Analiza je pokazala signifikatno znižanje koncentracij 10 metabolitov pri bolnicah z endometrizo in sicer karnitina in acilkarnitinov ((C0, C8:1, C6C4:1 DC, C10:1), fosfatidilholinov (PC aa C38:3, PC aa C38:4, PC aa C40:4, PC aa C40:5) in sfingomielinov (SM C16:1, SM C18:1) ter 125 signifikantno spremenjenih razmerij med metaboliti pri bolnicah z endometriozo proti kontrolni skupini zdravih žensk. Najboljši model vključuje dve razmerji: med karnitinom in fosfatidilholinom (C0/PC ae C36:0) in med dvema različnima fosfatidilholinoma (PC aa C30:0/PC ae C32:2). Ko pri modelu upoštevamo še starost bolnice, dobimo 82,8 % občutljivost ter 94,4 specifičnost, z AUC 0,944. Naša študija dokazuje pomembno vlogo karnitina, fosfatidilholina in metabolitov sfingomielina v patofiziologiji endometrioze ter potrjuje potencial kombinacijo posameznih razmerij metabolitov kot diagnostičnih molekulskih označevalcev.
COBISS.SI-ID: 32502745
V raziskavi poročamo o novem pristopu k analizi sočasnega doprinosa kliničnih in farmakogenetskih dejavnikov na odgovor na zdravljenje z metotreksatom (MTX) pri revmatoidnem artritisu (RA). Ta pristop smo uporabili za analizo kliničnih in genetskih dejavnikov, ki pri bolnikih z RA vplivajo na prekinitev zdravljenja z MTX zaradi neželenih učinkov. Pri skupno 333 bolnikih smo z genotipizacijo določili 34 polimorfizmov v prenašalcih MTX, folatni in adenozinski poti. Vpliv kliničnih in farmakogenetskih dejavnikov smo z LASSO penalizirano regresijo določili na podlagi Coxovega modela sorazmernih tveganj. Napovedna vrednost modela je bila ocenjena z navzkrižno validacijo površine pod časovno odvisno ROC (ang.: Receiver operating characteristic) krivuljo. V negenetskem modelu so vplivali na prekinitev zdravljenja z MTX zaradi toksičnosti ženski spol, prisotnost erozij, pozitivnost za RF ali ACPA, odmerek MTX in monoterapija z MTX, v klinično farmakogenetskem modelu pa pozitivnost za RF ali ACPA, odmerek MTX, monoterapija z MTX, in polimorfizmi SLC19A1, ABCG2, ADORA3 in TYMS. Po navzkrižni validaciji sta imela tako negentski kot tudi klinično farmakogenetski model nezadostno napovedno vrednost za uporabo v klinični praksi. Za boljšo napovedno vrednost klinično farmakogenetskega modela bi bilo v prihodnosti potrebno vključiti dodatne klinične, genetske in epigenetske dejavnike.
COBISS.SI-ID: 32687833