Opisujemo nov prosto dostopen spletni strežnik Base of Bioisosterically Exchangeable Replacements (Bober), ki implementira vmesnik za bazo podatkov o bioizostorskih zamenjavah in skokih. Bioizoterizm in skoki na ogrodju so ključni koncepti pri načrtovanju in optimizaciji zdravil in jih je mogoče opredeliti kot zamenjavo fragmentov biološko aktivnih sestavin z drugimi fragmenti za izboljšanje aktivnosti, zmanjšanje toksičnosti, spreminjanje biološke uporabnosti ali diverzifikacijo prostora na ogrodju. Naš spletni strežnik omogoča hitro in uporabniku prijazno iskanje bioizosternih zamenjav in zamenjav na ogrodju, ki so bile pridobljene z rudarjenjem celotne podatkovne banke za proteine. Delovanje spletnega strežnika je kot za primer predstavljeno na obstoječem zaviralcu MurF. Spletni strežnik BoBER omogoča medicinskim kemikom, da hitro iščejo in pridobijo nove in edinstvene zamisli o morebitnih bioizosternih nadomestkih ali zamenjavah na ogrodju, ki bi jih lahko uporabili za tarčnih spojin ali njihovo pripravo. Spletni strežnik BoBER je interaktiven in prosto dostopen na spletnem mestu http://bober.insilab.org in bo koristil medicinskim kemikom v fazi optimizacije procesa načrtovanja zdravil. Spletni strežnik je bil testiran v brskalnikih Chrome in Firefox.
F.15 Razvoj novega informacijskega sistema/podatkovnih baz
COBISS.SI-ID: 6289946Virtualno rešetanje na osnovi liganda za pregled velikih baz podatkov majhnih molekul je pomemben korak v zgodnjih fazah razvoja zdravil. Temelji na načelu podobnosti in se uporablja za zmanjšanje kemijskega prostora velikih podatkovnih baz do obvladljive velikosti, kjer se lahko izbrani ligandi eksperimentalno testirajo. Virtualno rešetanje na osnovi liganda se lahko uporablja tudi za identifikacijo bioaktivnih molekul z različnimi osnovnimi ogrodji v primerjavi z že znanimi bioaktivnimi molekulami, s čimer lahko povečamo strukturno variabilnost spojin. Tu predstavljamo Spletni vmesnik med priljubljenim molekularnim grafičnim sistemom PyMOL in virtualno programsko opremo za preverjanje ligandov LiSiCA, ki je na voljo na http://insilab.org/lisica-plugin in pokaže, kako se ta vmesnik lahko uporablja v zgodnjih fazah postopka odkrivanja zdravil.
F.15 Razvoj novega informacijskega sistema/podatkovnih baz
COBISS.SI-ID: 5982490Razvili smo LiSiCA (Ligand Similarity using Clique Algorithm) programsko opremo za virtualno rešetanje na osnovi liganda, ki uporablja algoritem maksimalne klike za iskanje dvo- in tri-rasežnih podobnosti med pari molekul. Uporabili smo jo za odkritje novih zaviralcev butyrylcholinesterase. Pokazali smo, da lahko s pomočjo LiSiCA-e najdemo obetavne inhibitorje za iskanje novih zdravil za Alzheimerjevo bolezen.
F.15 Razvoj novega informacijskega sistema/podatkovnih baz
COBISS.SI-ID: 3893361Prof. dr. Dušanka Janežič je redno vabljeni predavatej na American Chemical Society National Meeting & Exposition konferencah. V zadnjem obdobju je predavala na: 247th ACS national meeting and exposition : chemistry and materials for energy : March 16 - 20, 2014, Dallas, Texas 248th ACS National Meeting & Exposition : August 10-14, 2014, San Francisco, California 249th ACS National Meeting & Exposition, March 22-26, 2015, Denver, Colorado 250th ACS National Meeting & Exposition, August 16-20, 2015, Boston, Massachusetts 251th ACS National Meeting & Exposition, March 13-17, 2016, San Diego, California 253rd American Chemical Society National Meeting & Exposition, April 2-6, 2017, San Francisco, Clifornia 254th American Chemical Society National Meeting & Exposition, August 20-24, 2017, Washington, DC
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 1536922564Ugotovitve: Vpliv družbe • Ženske morajo plačati visoko ceno za uspeh (izbirati med družino ali kariero). • Ženske ne morejo zlahka dobiti mesta brez ustreznih zvez. • Družinske obveznosti vplivajo na njen položaj. • Konzervativna družba. Uspeh se meri v času, ne v učinkovitosti. • Ženske morajo vložiti veliko več napora in energije (za napredovanje). • Vodenje lahko otežuje porodniški dopust, ki traja običajno 1 leto. • Pomanjkanje fleksibilnosti delovnih mest (delovni čas, delo na domu) v Sloveniji. • Največji seksizem v Sloveniji je med ženskami. Ženske se ne podpirajo med seboj dovolj dobro; tudi ženske raje podprejo moške.
F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj
COBISS.SI-ID: 1536940228