Odkrivanje potencialno škodljivih sekvenčnih variant je pomembno in ima široke posledice za raziskave in generiranje novih hipotez v medicini ter za odkrivanje zdravil. Spletni strežnik GenProBiS mapira sekvenčne variante proteinskih struktur iz Protein Data Bank (PDB) in nadalje mapira vezavna mesta proteini-proteini, proteini-nukleinske kisline, proteini-spojine in mesta za vezavo kovinskih ionov. Koncept vezave proteinskei-spojine razumemo v najširšem pomenu, ki vključuje glikozilacijo in druge post-translacijske modifikacije. Vezavna mesta so opredeljena z lokalnimi strukturnimi primerjavami celotnih proteinskih struktur, ki uporabljajo algoritem za določanje proteinskih vezavnih mest (ProBiS) in prenosa ligandov iz podobnih vezavnih mest, ki se nahajajo v preiskovanem proteinu z uporabo pristopa ProBiS-ligandov z novimi izboljšavami, uvedenimi v GenProBiS. Površine vezavnih mest so določene kot tridimenzionalne mreže, ki obsegajo prostor, ki ga zasedajo predvideni ligandi. Strežnik omogoča intuitivno vizualno preiskovanje preslikanih variant, kot so človeške somatske napačne mutacije, povezane z rakom, in nesinonimni enojni nukleotidni polimorfizmi iz 21 vrst, znotraj napovedanih vezavnih območij vezave za približno 80 000 PDB proteinskih struktur z uporabo hitre WebGL grafike. Spletni strežnik GenProBiS je odprt in prosto dostopen vsem uporabnikom na http://genprobis.insilab.org.
COBISS.SI-ID: 3897736
Imunoproteasom predstavlja zelo zanimivo tarčo za razvoj novih zdravil za zdravljenje avtoimunskih, vnetnih in rakavih obolenj. Avtorji so uspeli razviti nove zaviralce imunoproteasoma z nepeptidno osnovno strukturo. Opisali so nepeptidne reverzibilne inhibitorje, ki selektivno blokirajo kimotripsinu podobno (β5i) podenoto humanega imunoproteasoma v nizkem mikromolarnem območju in izračunali najugodnejšo reakcijsko pot kovalentne vezave inhibitorjev na imunoproteasom ter pravilno predvideli premreženje vezavnega mesta imunoproteasoma. Ti zaviralci so primerni tudi kot β5i selektivne sonde za raziskave nekaterih bolezni povezanih z imunoproteasomom pri testiranju na celični ravni. Celični testi so pokazali, da novo odkrite spojine tudi na celičnem nivoju selektivno zavirajo imunoproteasom, medtem ko je delovanje na konstitutivni proteasom zanemarljivo. Predstavljeno delo bogati področje zaviralcev imunoproteasoma, ki je trenutno aktualna tarča za razvoj novih zdravil za zdravljenje avtoimunskih, vnetnih in rakavih obolenj.
COBISS.SI-ID: 4050545
Proteini pogosto obstajajo le kot apo structure (brez vezanega liganda) v podatkovni PDB banki, ustrezne holo strukture (z vezanim ligandom) pa niso na voljo. Torej apo proteini ne predstavljajo razporeditve amino kislinskih ostankov pri vezavi liganda, kar je še posebej problematično za molekularno sidranje. Razvili smo ProBiS-CHARMMing spletni vmesnik s povezavo spletnega mesta ProBiS (http://probis.cmm.ki.si) s spletnim mestom CHARMMing (http://www.charmming.org) v eno funkcionalno enoto, ki omogoča napovedovanje kompleksov proteinskih ligandov in omogoča njihovo geometrijsko optimizacijo in računanje interakcijske energije. Spletni strežnik ProBiS napoveduje ligande (majhne molekule, proteine, nukleinske kisline in enoatomske ligande), ki se lahko vežejo na preiskovani protein. To dosežemo tako, da primerjamo njegovo površinsko strukturo z vsemi strukturami v bazi podatkov o strukturah proteinov in iskanje tistih, ki imajo vezavna mesta, podobna tistim, ki ga ima preiskovani protein. Tako posikane ligande v podobnih vezavnih mestih prenesemo na preiskovani protein z uporabo pristopa ProBiS. Spletni strežnik CHARMMing pa omogoča, med drugim, minimizacijo in izračunavanje potencialne energije za najrazličnejše biomolekularne sisteme, ki se uporabljajo za optimizacijo geometrije predvidenih struktur kompleksov proteinov in ligandov z uporabo potencialnega polja CHARMM za izračun njihove interakcijske energije z ustreznimi preiskovanimi proteini. Pokažemo uporabo ProBiS-CHARMMing-a za napovedovanje ligandov in njihovih poz v vezavnem mestu preiskovanega proteina in z minimizacijo tega proteinskega kompleksa dobimo reprezentacijo holo proteinov. Spletni vmesnik ProBiS-CHARMMing je prosto dostopen akademskim uporabnikom na http://probis.nih.gov.
COBISS.SI-ID: 5806106
ProBiS-ligandi spletni strežnik je spletno orodje za napovedovanje ligandov na osnovi primerjave vezavnih mest na proteinih. Začetna struktura je proteinska struktura iz PDB baze proteinov ali pa vezavno mesto preiskovanega poteina. Spletno orodje najprej poišče vse proteine v bazi PDB, ki imajo podobno vezavno mesto kot začetna proteinska stuktura in vsa njihova vezavna mesta. Nato s prileganjem vseh tako poiskanih vezavnih mest strežnik poišče vse ligande, ki se nahajajo na teh mestih in, ki so potem identificirani kot potencialni ligandi na preiskovanem proteinu. Je prosto dostopen na http://probis.nih.gov
COBISS.SI-ID: 5514010
Znanstvena monografija Graf-teoretične matrike v kemiji predstavlja sistematičen pregled graf-teoretičnih matrik in izpostavlja njihovo potencialno uporabo. Ta obsežen volumen je posodobljena, razširjena različica prejšnje uspešnice, ki je vključena v vrsto monografij s področja matematične kemije. V tej monografiji je predstavljenih skoraj 200 graf-teoretičnih matrik. Večina predstavljenih graf-teoretičnih matrik je bila uporabljena kot vir molekulskih deskriptorjev, ki jih običajno imenujemo topološki indeksi. Ti se ukvarjajo s posebnim razredom grafov, ki predstavljajo kemijske strukture ki vključujejo molekule. Zaradi svoje multidisciplinarne naravnanosti bo ta knjiga zanimiva za široko občinstvo, ki sega od kemije do matematike in farmakologije. https://www.crcpress.com/Graph-Theoretical-Matrices-in-Chemistry/Janezic-Milicevic-Nikolic-Trinajstic/9781498701150
COBISS.SI-ID: 1537505220