Znanstvena monografija Graf-teoretične matrike v kemiji predstavlja sistematičen pregled graf-teoretičnih matrik in izpostavlja njihovo potencialno uporabo. Ta obsežen volumen je posodobljena, razširjena različica prejšnje uspešnice, ki je vključena v vrsto monografij s področja matematične kemije. V tej monografiji je predstavljenih skoraj 200 graf-teoretičnih matrik. Večina predstavljenih graf-teoretičnih matrik je bila uporabljena kot vir molekulskih deskriptorjev, ki jih običajno imenujemo topološki indeksi. Ti se ukvarjajo s posebnim razredom grafov, ki predstavljajo kemijske strukture ki vključujejo molekule. Zaradi svoje multidisciplinarne naravnanosti bo ta knjiga zanimiva za široko občinstvo, ki sega od kemije do matematike in farmakologije. https://www.crcpress.com/Graph-Theoretical-Matrices-in-Chemistry/Janezic-Milicevic-Nikolic-Trinajstic/9781498701150
COBISS.SI-ID: 1537505220
Encimi so eden izmed najpomembnejših skupin ciljnih zdravil, zato je ugotavljanje morebitnih ligand-encimskih interakcij zelo pomembno pri številnih procesih odkrivanja novih zdravil. Razvite so bile nove računalniške metode, ki lahko uporabijo podatke iz večjega števila rešenih in razpoložljivih modeliranih ligand-encimskih kompleksov novih neznanih interakcij, s pomočjo katerih lahko odgovorimo na odprta vprašanja na področju odkrivanja zdravil, kot so, identifikacija neznanih proteinskih funkcij, ugotavljanje stranskih učinkov zdravil, homološko modeliranje 3D ligandov in inducirane-fit simulacije.
COBISS.SI-ID: 5782298
Proteini pogosto obstajajo le kot apo strukture (brez vezanega liganda) v Protein Data Banki, medtem ko njihova ustrezna holo struktura (z ligandi) ni na voljo. Vendar apo proteini lahko ne predstavijo ustrezne razporeditve aminokislinskih ostankov po vezavi z ligandom, kar je še posebej problematično za molekularno sidranje. Razvili smo spletni vmesnik ProBiS-CHARMMing s povezavo ProBiS in CHARMMing spletnih strežnikov v eno funkcionalno enoto, ki omogoča napoved kompleksov protein-ligand in omogoča njihovo geometrijsko optimizacijo ter izračun interakcijskih energij. ProBiS spletni strežnik napoveduje ligande (majhne molekule, proteine, nukleinske kisline in atome), ki se vežejo na preiskovani protein. Pokazali smo, kako lahko ProBiS-CHARMMing uporabimo za napoved ligandov in njihovih položajev na določenem proteinskem vezavnem mestu, in kako s pomočjo minimizacije napovedanih protein-ligand kompleksov dobimo ustrezne holoproteine. ProBiS-CHARMMing spletni vmesnik je prosto na voljo za akademske uporabnike na http://probis.nih.gov.
COBISS.SI-ID: 5806106