Kontrola napak pri pridobivanju končnih rezultatov je eden glavnih izzivov kvantitativne molekularne biologije. Razvili smo prosto dostopno spletno aplikacijo quantGenius (http://quantgenius.nib.si), ki omogoča zanesljivo kvantifikacijo podatkov pridobljenih z metodo PCR v realnem času (qPCR). Aplikacija interaktivno vodi uporabnika skozi vse korake od vhodnih podatkov, skozi kontrolo kvalitete in kvantifikacijo. Pomembna posebnost aplikacije je integracija sistema za podporo odločanju, ki temelji na kontroli kvalitete v skladu z uveljavljenimi standardi in upošteva napake pri pipetiranju, učinkovitost pomnoževanja ter limite detekcije in kvantifikacije. Aplikacija bo omogočila pridobivanje zanesljivih rezultatov, kar je osnova za biološko-relevantno interpretacijo rezultatov.
COBISS.SI-ID: 4351055
Virus Y kompirja (PVY) je ekonomsko najpomembnejši virusni patogen krompirja. Naš cilj je bil razvozlati vlogo kratkih RNA (sRNA) v imunski signalizaciji, ki vodi v toleranten odziv krompirja na okužbo z virusom PVY. Pripravili smo regulatorno omrežje sRNA in njihovih tarč ter s tem povezali odzive na nivoju sRNA s fiziologijo rastline. Opazili smo zanimivo novo regulatorno zanko sRNA-giberelini, ki obsega tako sintezo giberelinov kot tudi signalizacijski modul giberelinov. To povezavo smo potrdili tudi z izmerjeno nižjo koncentracijo biološko aktivnega giberelina GA3 v okuženih listih tolerantnih rastlin krompirja. Pokazali smo, da je regulatorna zanka pod vplivom salicilne kisline, saj je v transgenih rastlinah, ki tega hormona nimajo (in so občutljive na virus) regulacija izničena. S tem smo odkrili tesno povezavo med signalizacijo, ki regulira rast in razvoj ter imunsko signalizacijo.
COBISS.SI-ID: 4545103
Razvili smo nov pristop za načrtovanje vektorjev za sintezno biologijo rastlin. Genetski jezik je bil formaliziran in implementiran v programskem orodju GenoCAD, ki omogoča načrtovanje konstruktov za uporabo v sintezni biologiji. Vključuje knjižnico bioloških elementov, organiziranih v strukturne kategorije in nabor pravil, ki določajo sestavljanje elementov v daljše konstrukte. Postavili smo pravila za tri tipe aplikacij v sintezni biologiji rastlin: 1) študij lokalizacije proteinov, 2) analiza promotorjev in 3) študij interakcije med proteini. Tako GenoCAD omogoča lažjo načrtovanje ekspresijskih vektorjev in s tem funkcionalne analize na različnih področjih biologije rastlin.
COBISS.SI-ID: 3528271
Izvedli smo celovito študijo analize dinamičnih sprememb primarnega metabolizma krompirja po okužbi z virusom PVY, ki je vključevala analizo celotnega transkriptoma, netarčne analize proteoma ter meritve fotosintetske aktivnosti v rastlinah sorte Désirée ter transgenih linijah NahG-Désirée. Pokazali smo, da je odziv rastlin na transkripcijski ravni obširen in bimodalen, vendar se le delno manifestira v spremembah na ravni proteoma, ter končnih spremembah na nivoju fotosintetske aktivnosti.
COBISS.SI-ID: 3614031