Mikro RNA (miRNA) spadajo v skupino nekodirajočih majhnih RNA molekul, ki imajo pomembno vlogo pri genski ekspresiji. Z namenom odkritja miRNA pri hmelju in njihovega odziva na okužbe s CBCVd smo s sekveniranjem nove generacije analizirali dve sRNA knjižnici, ki sta bili izdelani iz okuženih in neokuženih rastlin. Sekvenčna analiza je skupno odkrila 67 ohranjenih in 49 novih miRNA. Od teh je bilo 36 ohranjenih in 37 novih povezanih z odzivom na infekcije CBCVd. Skupno smo predvideli 311 tarč na osnovi primerjave s sekvencami iz hmeljnega transkriptoma. Večina tarč pripada transkripcijskim faktorjem, ki vplivajo na razvoj listja, korenin in razvoja storžkov. Poleg tega je bil ugotovljen potencialni vpliv identificiranih miRNA na celične in metabolne procese.
COBISS.SI-ID: 8522361
V preglednem članku so predstavljene prednosti in slabosti tehnik določanja viroidov na različnih gostiteljskih rastlinah. Kljub razvoju novih molekularnih tehnik, ki omogočajo hitro in občutljivo detekcijo, nedvoumna identifikacija viroidov še vedno temelji na kombinaciji različnih diagnostičnih metod. Tako molekularne metode, ki predstavljajo prihodnost detekcije viroidov, še vedno pri sami identifikaciji ne morejo zamenjati tehnik biološkega indeksiranja, ki predstavlja osnovo pri epidemioloških in etioloških študijah.
COBISS.SI-ID: 8472953
Hmeljev latentni viroid (HLVd) na večini sort hmelja ne povzroča izrazitih bolezenskih znamenj, vendar pa negativno vpliva tako na količino kot tudi kvaliteto pridelka. Prav zaradi povzročanja neizrazitih znamenj okužbe in vegetativnega razmnoževanja je prisoten v večini svetovnih pridelovalnih območji hmelja. V primeru viroidnih bolezni uporaba fitofarmacevtskih sredstev ni mogoča, zato preprečevanje širjena bolezni temelji na sanitarnih ukrepih in vzgoji neokuženega sadilnega materiala. Pri tem so ključnega pomena zanesljive in hitre metode za določanje viroidov. Za določevanje HLVd v hmelju so v uporabi poliakrilamidna gelska elektroforeza (PAGE) in hibridizacija, najpogosteje pa verižna reakcija s polimerazo s predhodno reverzno transkripcijo (RT-PCR). Z namenom nadgradnje obstoječih metod določanja HLVd smo razvili metodo RT-PCR v realnem času (RT-qPCR), ki jo odlikuje visoka stopnja občutljivosti, hitrost, analitiku prijaznejše rokovanje in možnost nadgradnje za hkratno določanje tudi ostalih patogenov, ki jih določamo na hmelju.
COBISS.SI-ID: 8596089