Jure Borišek se je v raziskavah v sklopu doktorske disertacije posvetili načrtovanju in eksperimentalnemu vrednotenju zaviralcev katepsina K (Cat K) in avtolizina E (AtlE).V prvem delu raziskav je z uporabo in silico metod modeliranja razvil novo serijo zaviralcev Cat K, ki temelji na N- (funkcionaliziranem benzoil)-homociklolevcil-glicinonitrilnem skeletu. Sintetizirane spojine so bile visoko selektivne za Cat K v primerjavi s katepsini L in S z vrednostmi konstante inhibicije (Ki) v območju 10-30 nM. Študije encimske kinetike so pokazale, da imajo novi zaviralci tesen in reverzibilen način vezave na Cat K, medtem ko so kristalne structure encima v kompleksu z zaviralcem razkrile tako kovalenten kot tudi nekovalenten način vezave med nitrilno skupino zaviralcev in katalitičnim cisteinom Cys25. V drugem delu raziskav se je posvetil iskanju novih potencialnih zaviralcev AtlE iz bakterijskga seva Staphylococcus aureus (S. aureus). Z računalniškimi metodami strukturno podprtega načrtovanja in farmakofornimi modeli mu je uspelo odkriti kemijski razred potencialnih zaviralcev, ki imajo afiniteto vezave v nizkem mikromolarnem območju.
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 282440704Gostujoča urednika posebne številke znanstvene revije SAR and QSAR in environmental research (Print), Vol. 29, iss. 8 (2018), posvečena International Conference on QSAR in Environmental and Health Sciences (QSAR 2018), June 11-15, Bled, Slovenia
C.03 Vabljeni urednik revije (guest-associated editor)
COBISS.SI-ID: 6451994V okviru vabljenega predavanja je bila predstavljena metoda optimiziranja modelov protitočnih nevronskih mrež z navzkrižno validacijo in genetskim algoritmom. Prikazano je bilo kako se lahko modeli protočnih nevronskih mrež uporabijo za navzkrižno branje z uporabo programa razvitega v našem laboratoriju. Predstavitev je bila v okviru mednarodne konference “Central European School on Physical Organic Chemistry” s temo konference “Od izračunov do eksperimenta v kemiji in biologiji”. Vsebina predavanja je pomembna za raziskovalce na področju organske in fizikalne kemije, ki se ukvarjajo z načrtovanjem novih organskih molekul.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 39552517Tukaj poročamo o in silico pristopih, vključno z molekularnim in QSAR modeliranjem v smeri inhibicije encimov, ki presnavljajo peptidoglikan. Na podlagi podobnosti med molekulami substrata encimov, ki sintezirajo peptidoglikan, in encimi, ki ga razgrajujejo, pričakujemo podobne vzorce vezave liganda in v nekaterih segmentih tudi podobne ligande / inhibitorje. Uporabljena so bila komercialna in prosto dostopna programska orodja za strukturno primerjavo vezavnih mest encimov, ki presnavljajo peptidoglikane. Na osnovi objavljenih inhibitorjev sintetizirajočih encimov peptidoglikana smo razvili tudi modele QSAR za napovedovanje inhibitorjev muramilne ligaze. Ti modeli bodo, pri ustrezni stopnji podobnosti ligandov ali vezavnih mest encimov, ki sintetizirajo ali razgrajujejo peptidoglikan, primerni za začetno skeniranje potencialnih inhibitorjev avtolizinov, ki še niso raziskani ali odkriti. Zato lahko ta študija bistveno prispeva k načrtovanju antibakterijskih učinkovin, ciljanih na nove tarčne proteine.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 6235418Povzetek: Predloženi izum se nanaša na nove monociklične fragmente, vezane na aminopiperidin naftiridinski del, ki je antibakterijsko aktiven. Te spojine lahko uporabimo za zdravljenje bakterijskih okužb, vključno s tistimi, ki jih je danes težko in skoraj nemogoče zdraviti z obstoječimi antibakterijskimi sredstvi. Opis: Predloženi izum se nanaša na nove antibakterijske spojine, ki temeljijo na inovativnih monocikličnih fragmentih, vezanih na aminopiperidin naftiridinski skelet, ki se lahko uporablja pri zdravljenju bakterijskih infekcij. Razkrite nove antibakterijske spojine so lahko sposobne zdraviti tudi bakterijske okužbe, ki jih povzročajo odporni bakterijski sevi, ki jih danes težko zdravimo z obstoječo antibakterijsko kemoterapijo.
F.32 Mednarodni patent
COBISS.SI-ID: 6571802