Izpeljali smo teoretičen model, ki opisuje reverzibilno agregacijo proteinov. Proteine obravnavamo kot toge kroglice posute z aktivnimi mesti z obliko škatlastega potenciala. Termodinamske lastnosti raztopine smo izračunali z Wertheimovo termodinamsko perturbacijsko teorijo. Model pravilno napove ravnotežje med dvema tekočima fazama v primeru raztopin lizocima in γIIIa-kristalina v pufru. Model dobro "ujame" eksperimentalne vrednosti za temperaturo zmotnitve kot funkcijo koncentracije in narave soli ter na osnovi teh podatkov omogoča konstrukcijo faznega diagrama in izračun 2. virialnega koeficienta pri teh pogojih.
COBISS.SI-ID: 1536295363
Dvojna vijačnica ni edina fiziološko pomembna oblika deoksiribonukleinske kisline (DNA). Z gvanini bogata DNA se je npr. sposobna zviti v strukture G-kvadrupleksov, ki lahko igrajo pomembno vlogo pri uravnavanju vrste običajnih in z boleznijo povezanih (rak, Alzheimerjeva bolezen, diabetes, genetske bolezni, ...) celičnih procesov. Razumevanje le-teh je tako tesno povezano z vprašanjema, kako se kvadrupleksi zvijejo in pretvarjajo iz ene oblike v drugo in zakaj se to zgodi na specifičen način. Da bi odgovorili na ti vprašanji, so avtorji postavili konceptualni okvir, ki temelji na termodinamični analizi spektroskopskih in kalorimetričnih podatkov, in vodi do opisa konformacijskega faznega prostora (fazni diagram) z gvanini bogatega zaporedja DNA, ki izhaja iz človeškega telomernega zaporedja. Ta okvir pojasni vzroke (gonilne sile) konformacijskih sprememb DNA v raztopini pri različnih temperaturah in koncentracijah topljencev in pokaže, da je konformacijski fazni prostor DNA lahko podobno kompleksen kot tisti pri RNA in proteinih.
COBISS.SI-ID: 1537063107
Članek opisuje gonilne sile vezanja ligandov na človeško telomerno DNA zvito v G-kvadrupleksne strukture v povezavi s strukturnimi značilnostmi ligandov, DNA in kompleksov ligand-DNA in pokaže, kako izkoristiti napovedno moč termodinamike za boljše razumevanje prepoznavanja G-kvadrupleksov z aromatskimi ligandi.
COBISS.SI-ID: 1536627907
Preiskovali smo interakcijo med hialuronatom (HA) in kationskim surfaktantom na osnovi lizina (MKM) s potenciometrijo in fluorescenčno spektroskopijo. Določili smo kritično micelno koncentracijo v surfaktantnih raztopinah in kritično koncentracijo asociacije v raztopinah s polielektrolitom, oboje v odvisnosti od koncentracije NaCl. Anomalne izoterme vezanja smo razložili z ravnotežjem med protonirano in deprotonirano obliko surfaktanta in razlago podprli s teoretičnimi računi, ki upoštevajo micelno ravnotežje in kompetitivno vezanje obeh oblik MKM na površino elektrodne membrane. Članek je bil izbran za grafično predstavitev na naslovnici revije Langmuir (volumen 31, številka 48, 8. december, 2015).
COBISS.SI-ID: 19020310
V tej raziskavi smo ugotovili, da se alkalijski protioni (Li+, Na+, Cs+) vežejo ob poli(tiofen-3-il acetatni) anion nespecifično in brez razlik med protiioni (vežejo se zgolj pod vplivom Coulombskih sil). To je potrdilo predvidevanja iz naših predhodnih raziskav, da je znaten vir toplotnih efektov pri mešanju raztopin soli konjugiranih polielektrolitov z raztopinami preprostih soli spremenjena hidratacija protiionov kot posledica različnega okolja teh ionov. Za razliko od alkalijskih protiionov pa se obseg vezave tetraalkilamonijevih protiionov spreminja z vrsto protiiona. Delež vezanih tetraalkilamonijevih protiionov narašča s podaljševanjem alkilne verige in tem bolj presega pričakovane vrednosti, napovedane na podlagi elektrostatskih teorij, čim daljše so alkilne verige na protiionu. Podaljševanje alkilnih verig verjetno prispeva k dodatnim (neCoulombskim) veznim interakcijam med tetraalkilamonijevimi protiioni in polianionom, s tem pa tudi k večjemu obsegu nevtralizacije naboja na poliionu. Vse to se odraža tudi na konformaciji polianiona, saj le-ta postaja vedno bolj zvita. Izsledki te raziskave, ki je ena izmed redkih tovrstnih sistematičnih študij, omogočajo bolj poglobljeno razumevanje interakcij med posameznimi vrstami protiionov in poliionov kakor tudi njihovih posledic ter prispevajo k poglobljenemu znanju o hidratacijah protiionov in poliionov, kar nam bo koristilo pri nadaljnjih raziskavah.
COBISS.SI-ID: 1537121475