Glioblastoma multiforme (GBM) je najpogostejša primarna malignost centralnega živčnega sistema. Kljub izrednemu napredku v smeri razumevanja biologije tumorja pa ni učinkovitega zdravljenja in preživetje bolnikov je še vedno zelo slabo. V članku predstavljamo izviren (na nanotelesih temelječ) pristop reverzne proteomike za selekcijo nano(proti)teles proti nadizraženim proteinom glioblastoma. Knjižnico fagnega prikaza smo obogatili na proteinskih ekstraktih NCH644 in NCH421K celičnih linij glioblastoma. Diferenčno ELISA presejavanje je izpostavilo sedem nanoteles, usmerjenih proti odgovarjajočim antigenom: kompleks ACTB/NUCL, VIM, NAP1L1, TUFM, DPYSL2, CRMP1 in ALYREF. Potrditev s QRT-PCR je pokazala pomembne spremembe na ravni VIM mRNA (**** P (0,001) pri glioblastomu vs. referenčni vzorci. Prenos Western je pokazal največje nadizražanje proteinov v primerih ALYREF, CRMP1 in VIM. Bioinformatska analiza s programsko opremo OncoFinder in z upoštevanjem popolne podatkovne baze TCGA genske ekspresije pri tumorjih možganov je izpostavila vpletenost diferenčno izraženih proteinov v WNT in ATM poteh in v signalnih poteh Aurora B, Sem3A in E-kadherina. Predvsem pa smo prikazali možnost uporabe NAP1L1, Nucl, CRMP1, ACTB in VIM za razlikovanje med glioblastomom in možganskimi tumorji (gliomi) WHO razreda II in III, s poudarkom, da je DPYSL2 popoln označevalec za razlikovanje med gliomi in običajnim tkivom. Naša raziskava prispeva k izpolnjevanju vrzeli v znanosti na tem področju, saj predstavlja nove razlike v proteomskih profilih med gliomi in referenčnimi vzorci. Predstavljamo torej možnost uporabe izbranih proteinov za razlikovanje glioblastoma od gliomov WHO razreda II in III, kot tudi od referenčnih vzorcev. Omenjena odkritja bi lahko bila v korist bolnikov z glio(blastom)om, po preveritvi na večjem številu vzorcev.
COBISS.SI-ID: 32777177
Miši z izničenim jedrnim hormonskim receptorjem RORγt imajo pomanjkljiv razvoj timocitov, limfoidnih organov, celic Th17 in naravnih limfoidnih celic tipa 3. RORγt se veže z oksisteroli, presnovnimi produkti holesterola, vendar ni jasno ali so ti tudi njegovi naravni ligandi. Pokazali smo, da so steroli potrebni in zadostni za spodbujanje od RORγt odvisnega prepisovanja. To smo raziskali z metodami povečane ekspresije, RNA inhibicije in izničenja genov ustreznih presnovnih encimov. Glede na naše rezultate, ligande za RORγt predstavljajo holesterolni intermediati med lanosterolom in cimosterolom. Z analizo vezave lipidov na RORγt smo identificirali spojine z molekulskimi masami, ki ustrezajo predlaganim holesterolnim intermediatom. Ti intermediati so na RORγt stabilizirali vezavno domeno za njegove ligande in sprožili novačenje soaktivatorja. Izničenje genov za sintezne encime pred predlaganimi ligandi RORγt je prizadelo razvoj limfnih vozlov in celic Th17. Naši podatki nakazujejo, da holesterolni intermediati med lanosterolom in cimosterolom igrajo vlogo v razvoju limfocitov preko uravnavanja z RORγt Pojasnilo: Članek predstavlja prvi primer dokaza, da imajo po-lanosterolni intermediati sinteze holesterola biološke vloge, ki niso neposredno povezane s holesterolom.
COBISS.SI-ID: 3506824
Neizpodbitno smo pokazali, da okrnjena sinteza holesterola predstavlja neodvisen dejavnik fibroze in vnetja v jetrih. Razvili smo mišji model z jetrno specifičnim izničenjem (LKO) gena za lanosterol 14α-demetilazo (CYP51) iz poznega dela tvorbe, ki je usmerjen zgolj v holesterol. Pri miših LKO se je razvila hepatomegalija s proliferacijo ovalnih celic, fibrozo in vnetjem, vendar brez steatoze. Ključni dejavnik sprememb v jetrih je predstavljalo zmanjšanje estrov holesterola, ki so povzročili zaustavitev celičnega cikla, ter izražanje genov iz s senescenco povezanega izločevalnega fenotipa, kar je spodbudilo odziv ovalnih celic. Kopičenje substratov encima CYP51 je vodilo vintegriran odziv na stres. Kljub temu, da se fibroza, ki so jo pospeševale aktivirane ovalne celice, histološko med spoloma ni razlikovala, podatki kažejo na znižanje izražanja genov iz primarne presnove pri samicah in močnejši imunski odziv pri samcih. Krmljenje miši z maščobo bogato krmo je izboljšalo presnovno poškodbo jeter primarno pri samicah, medtem ko je dodatek prehranskega holesterola zavrl razvoj fibroze pri obeh spolih. Naši podatki tako postavljajo okrnjeno sintezo holesterola v žarišče od spola odvisnih jetrnih bolezni. Pojasnilo: Članek dokazuje, da okvarjena sinteza holesterola na stopnji gena Cyp51 v jetrih privede do bolezenskega fenotipa, podobnega nealkoholnemu hepatitisu.
COBISS.SI-ID: 31858137
To je trenutno zadnji članek v nizu 4 člankov, objavljenih v letih 2017 in 2016 v Scientific Reports po prvem prispevku iz leta 2015 (glej zgoraj navedeno točko 3) in ki se ukvarja z razmerjem biosinteze oz. presnove holesterola in jetrne patologije. Povzetek vsebine tega članka je, kot sledi: Razvoj miši z izničenjem hepatocitne lanosterolne 14 [alfa] -demetilaze (H [sup] Cyp51 - / -) iz sinteze holesterola ima za posledico postopen nastop okvare jeter, ki jo spremljata duktularna reakcija in fibroza. Omenjene spremembe se začnejo v puberteti in se na splošno bolj izrazijo pri samicah z izničenim genom. Vendar pa podskupina (pre)pubertetnih "knockout" miši (pritlikavke) kaže izrazito, pri moških osebkih prevladujočo jetrno disfunkcijo, za katero sta značilna negativno uravnavanje metabolizma amino kislin in povišana raven Casp12. Transkripcijska aktivnost RORC je znižana v jetrih vseh v rasti zaostalih (pritlikavih) miši, kar je v povezavi z izčrpavanjem potencialnih ligandov RORC kot posledici izničenja CYP51. Nadaljnji dokaz za to prihaja iz globalne analize, ki je identificirala ključno prekrivanje jeternih CYP51 - / - in Rorc - / - ekspresijskih profilov. Poleg tega je bilo znižanje transkripcijske aktivnosti RORA in RORC večje pri odraslih H [sup] CYP51 - / - samicah kot pri samcih, kar dobro korelira z njihovo negativno uravnavano presnovo amino in maščobnih kislin. Na splošno smo opredeliti globalno in od spola odvisno deregulacijo transkripcije kot posledico blokade v sintezi holesterola med razvojem miši z izničenim genom CYP51 in priskrbeli vivo dokaz, da sterolni intermediati po lanosterolu lahko uravnavajo aktivnost jetrnega RORC. Ostali trije članki so: Yurina Shishido, Takashi Baba, Tetsuya Sato, Yuichi Shima, Kanako Miyabayashi, Miki Inoue, Haruhiko Akiyama, Hiroshi Kimura, Yoshiakira Kanai, Yasuhiro Ishihara, Shogo Haraguchi, Akira Miyazaki, Damjana Rozman, Takeshi Yamazaki, Man-Ho Choi, Yasuyuki Ohkawa, Mikita Suyama, Ken-Ichirou Morohashi: Differential lactate and cholesterol synthetic activities in XY and XX Sertoli cells. Scientific Reports, ISSN 2045-2322, 2 Feb. 2017, vol.7: 41912, 1-14; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5288785/pdf/srep 41912.pdf; doi: 10.1038/srep4191. [COBISS.SI-ID 33091545], [JCR, SNIP], JCR IF (2015): 5.228. Rok Košir, Uršula Prosenc, Anja Korenčič, Peter Juvan, Jure Ačimovič, Damjana Rozman: Mouse genotypes drive the liver and adrenal gland clocks. Scientific Reports, ISSN 2045-2322, 18 Aug. 2016, vol. 6, pp. 1-13 (31955). http://www.nature.com/articles/srep31955, doi: 10.1038/srep31955. [COBISS.SI-ID 32796121], [JCR, SNIP]; JCR IF (2015): 5.228. Jure Ačimovič, Sandeep Goyal, Rok Košir, Marko Goličnik, Martina Perše, Aleš Belič, Žiga Urlep, Peter F. Guengerich, Damjana Rozman: Cytochrome P450 metabolism of the post-lanosterol intermediates explains enigmas of cholesterol synthesis. Scientific Reports, ISSN 2045-2322, 23 Jun. 2016, vol. 6, pp. 1-15 (28462); http://www.nature.com/articles/srep28462, doi: 10.1038/srep28462. [COBISS.SI-ID 32717273], [JCR, SNIP, WoS, Scopus], JCR IF (2015): 5.228.
COBISS.SI-ID: 33091801
Povzetek članka: Vede o življenju generirajo ogromne nize podatkov v podporo znanstvenim odkritjem, ki so temeljnega pomena v naporih za izboljšanje človekovega zdravja, kmetijstva in okolja. Obilica podatkovnih zbirk in orodij je razvitih v tehnično zahtevnih in raznovrstnih izvedbah po vsem spektru znanstvenih disciplin. Glavnina dokumentacije omenjenih pripomočkov je razdrobljena po spletu, z veliko redundance in pomanjkanjem skupnega standarda informacij. Posledica je, da imajo v večini primerov znanstveniki težave pri iskanju, razumevanju, primerjanju in izbiri ter uporabi najboljših virov za izvedbo svoje naloge. V članku predstavljamo prizadevanje konzorcija, podprto s strani ELIXIR - evropske infrastrukture za biološke informacije, ki želi vzpostaviti celovit in dosleden register informacij o bioinformatskih virih.Trajnostno vzdrževanje "Registra orodij in podatkovnih storitev" bodo zagotovljale lokalnim potrebam prilagojene aktivnosti konzorcija, ki potekajo preko stalne izmenjave podatkov in informacij med v to mrežo vključenimi partnerji. Od septembra 2015 register vključuje 1633 virov, z depoziti iz 91 posameznih registracij, ki vključujejo 40 institucionalnih ponudnikov in 51 posameznikov. S podporo skupnosti bi register lahko postal standard za širjenje informacij o bioinformatskih virih: izrekamo dobrodošlico vsem, ki se nam želijo pridružiti v skupnem prizadevanju.
COBISS.SI-ID: 32290009