Verticilijska uvelost hmelja lahko povzroča značilno izgubo pridelka hmelja, zlasti ob izbruhih letalnega patotipa Verticillium albo-atrum. Za proučitev genetske kontrole verticilijske uvelosti hmelja smo vzgojili F1 družino križanja med odporno sorto Wye Target in občutljivo moško rastlino BL2/1. Proučeni so bili simptomi bolezni pri potomcih družine in narejena je bila QTL analiza družine križanja. Signifikanten QTL za odpornost je bil določen pri LOD 7 na kromosomalni regiji na LG03 na obeh starševskih kartah, ki izraža 24,2 – 26,0 % fenotipske variance. Študija daje osnove za nadaljnje raziskave QTL markerjev in možno uporabo v selekciji z markerji. Poleg tega smo kartiranje kvantitativnih lastnosti hmelja objavili še v delih: 1) MCADAM, Erin L., FREEMAN, Jules S., WHITTOCK, Simon P., BUCK, Emily J., JAKŠE, Jernej, ČERENAK, Andreja, JAVORNIK, Branka, LILIAN, Andrzej, WANG, Cai-Hong, ANDERSEN, Dave, VAILLANCOURT, René E., CARLING, Jason, BEATSON, Ron, GRAHAM, Lawrence, GRAHAM, Donna, DARBY, Peter E., KOUTOULIS, Anthony. Quantitative trait loci in hop (Humulus lupulus L.) reveal complex genetic architecture underlying variation in sex, yield and cone chemistry. BMC genomics, ISSN 1471-2164, 2013, vol. 14, art. no. 360, str. 1-27. http://www.biomedcentral.com/1471-2164/14/360, doi: 10.1186/1471-2164-14-360. [COBISS.SI-ID 7596153] 2) ČERENAK, Andreja, ŠATOVIĆ, Zlatko, JAKŠE, Jernej, LUTHAR, Zlata, CAROVIĆ-STANKO, Klaudija, JAVORNIK, Branka. Identification of QTLs for alpha acid content and yield in hop (Humulus lupulus L.). Euphytica, ISSN 0014-2336. [Print ed.], 2009, vol. 170, no. 1-2, str. 141-154. http://dx.doi.org/10.1007/s10681-009-9920-9, doi: 10.1007/s10681-009-9920-9. [COBISS.SI-ID 5954681]
COBISS.SI-ID: 7466361
In the past ten years, the programme group has been developing (doubled) haploid induction strategies for several agriculturally important plant species, such as: onion (Jakše et al., 2010; Duangjit et al., 2013; Foschi et al., 2013; Duangjit et al., 2014), cabbage (Rudolf Pilih et al., 2018), styrian oil pumpkin (Košmrlj et al., 2013), rocket (Leskovšek et al., 2008), horse chestnut (Ćalić et al., 2013) and Mimulus aurantiacus (Murovec and Bohanec, 2013). They presented the usefulness of (doubled) haploids in agriculture in two open access publications: a book chapter (Murovec and Bohanec, 2012) and a review article (Murovec, 2013). The article “Transcriptome sequencing to produce SNP-based genetic maps of onion” describes the use of doubled haploids in basic genetic analyses. Two genetically diverse inbred lines (OH1 and 5225) were crossed and 182 gynogenic haploids produced from hybrid plants. They were used in this transcriptome analysis for SNP mapping. A total of 597 SNPs segregated in the OH1 × 5225 haploid family and a genetic map of ten linkage groups was constructed. Because these new SNPs are in expressed regions of the genome and commonly occur among onion germplasms, they will be useful for genetic mapping, gene tagging, marker-aided selection, quality control of seed lots, and fingerprinting of cultivars. JAKŠE, Marijana, HIRSCHEGGER, Pablo, BOHANEC, Borut, HAVEY, Michael J. Evaluation of gynogenic responsiveness and pollen viability of selfed doubled haploid onion lines and chromosome doubling via somatic regeneration. Journal of the American Society for Horticultural Science, ISSN 0003-1062. [Print ed.], 2010, vol. 135, no. 1, str. 67-73. [COBISS.SI-ID 6250105] DUANGJIT, Janejira, WELSH, Kent, WISE, Mitchel L., BOHANEC, Borut, HAVEY, Michael J. Genetic analyses of anthocyanin concentrations and intensity of red bulb color among segregating haploid progenies of onion. Molecular breeding, ISSN 1380-3743. [Tiskana izd.], 2014, vol. 34, iss. 1, str. 75-85. http://dx.doi.org/10.1007/s11032-014-0018-2, doi: 10.1007/s11032-014-0018-2. [COBISS.SI-ID 7848569] FOSCHI, María Laura, MARTÍNEZ, Liliana Estela, PONCE, María Teresa, GALMARINI, Claudio Rómulo, BOHANEC, Borut. Effect of colchicine and amiprophos-methyl on the production of in vitro doubled haploid onion plants and correlation assessment between ploidy level and stomatal size = Efecto de la colchicina y del amiprofos-metil en la producción in vitro de plantas dihaploides de cebolla y determinación de la correlación entre el nivel de ploidía y tamano de los estomas. Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias. Universidad Nacional de Cuyo, ISSN 0370-4661, 2013, vol. 45, no. 2, str. 155-164, ilustr. [COBISS.SI-ID 7835769] DUANGJIT, J., BOHANEC, Borut, CHAN, Agnes P., TOWN, Christopher, HAVEY, Michael J. Transcriptome sequencing to produce SNP-based genetic maps of onion. Theoretical and Applied Genetics : International journal of plant breeding, ISSN 0040-5752. [Print ed.], 2013, vol. 126, issue 8, str. 2093-2101. http://dx.doi.org/10.1007/s00122-013-2121-x, doi: 10.1007/s00122-013-2121-x. [COBISS.SI-ID 7583609] KOŠMRLJ, Kristina, MUROVEC, Jana, BOHANEC, Borut. Haploid induction in hull-less seed pumpkin through parthenogenesis induced by X-ray-irradiated pollen. Journal of the American Society for Horticultural Science, ISSN 0003-1062. [Print ed.], 2013, vol. 138, no. 4, str. 310-316. [COBISS.SI-ID 7651449] ĆALIĆ, Dušica, BOHANEC, Borut, DEVRNJA, Nina, MILOJEVIĆ, Jelena, TUBIĆ, Ljiljana, KOSTIĆ, Igor, ZDRAVKOVIĆ-KORAĆ, Snežana. Impact of abscisic acid in overcoming the problem of albinism in horse chestnut androgenic embryos. Trees, ISSN 0931-1890, 2013, vol. 27, no. 3, str. 755-762, ilustr. http://dx.doi.org/10.1007/s00468-012-0830-4, doi: 10.1007/s00468-012-0830-4. [COBISS.SI-ID 7381113] MUROVEC, Jana, BOHANEC, Borut. Haploid induction in Mimulus aurantiacus Curtis obtained by pollination with gamma irradiated pollen. Scientia horticulturae, ISSN 0304-4238. [Pr
COBISS.SI-ID: 7583609
Raziskovalna skupina je med drugim delala tudi na razvoju in uporabi tehnik raznih molekularnih markerjev s poudarkom na aplikaciji in proučevanju mikrosatelitnih markerjev pri analizah rastlinskih genomov. Izolirali in okarakterizirali smo večje število mikrosatelitnih markerjev pri žajblju, ki smo jih uporabili za vrednotenje genetske variabilnosti populacije in za preizkus njihove uporabnosti pri drugih vrstah rodu Salvia. Pri hmelju smo razvili t. i. genske mikrosatelitne markerje iz javno dostopnih genskih zaporedij in pokazali njihovo uporabnosti pri študijah genetske variabilnosti in tudi pri kartiranju hmelja. Razvili smo tudi molekularne markerje na osnovi ohranjenih domen, karakterističnih za odpornostne gene in tudi pokazali njihovo uporabnost pri kartiranju. Zanimivo področje raziskav je tudi dvodomnost hmelja in pojav enodomnih rastlin, kjer smo s pomočjo mikrosatelitnih markerjev pokazali, da veliko vlogo pri tem igrajo nereducirane gamete. V sodelovanju z raziskovalno skupino iz Savdske Arabije smo objavili tudi EST markerje pri datljevi palmi. Published papers related to the achievement are listed below: 1. ALFAIFI, Sulieman, KHAN, Muhammad Anas, MIGDADI, Hussein M., JAKŠE, Jernej, AMMAR, Megahed H., EL-HARTY, Ehab H., ALTHAMRAH, Mohammad I., AFZAL, Muhammad, JAVED, Muhammad M., ALGHAMDI, Salem S. Analysis of ESTs from the date palm (Phoenix dactylifera L.) cv. Sukary, an elite variety. Plant omics, ISSN 1836-0661, 2015, vol. 8, issue 5, str. 441-448. http://www.pomics.com/migdadi_8_5_2015_441_448.pdf. [COBISS.SI-ID 8269689] 2. RADOSAVLJEVIĆ, Ivan, SATOVIĆ, Zlatko, JAKŠE, Jernej, JAVORNIK, Branka, GREGURAŠ, Danijela, JUG-DUJAKOVIĆ, Marija, LIBER, Zlatko. Development of new microsatellite markers for Salvia officinalis L. and its potential use in conservation-genetic studies of narrow endemic Salvia brachyodon Vandas. International journal of molecular sciences, ISSN 1661-6596, 2012, vol. 13, issue 9, str. 12082-12093, ilustr. http://dx.doi.org/10.3390/ijms130912082, doi: 10.3390/ijms130912082. [COBISS.SI-ID 7252089] 3. RADOSAVLJEVIĆ, Ivan, JAKŠE, Jernej, JAVORNIK, Branka, SATOVIĆ, Zlatko, LIBER, Zlatko. New microsatellite markers for Salvia officinalis (Lamiaceae) and cross-amplification in closely related species. American journal of botany, ISSN 0002-9122, 2011, vol. 98, no. 11, str. e316-e318, ilustr., doi: 10.3732/ajb.1000462. [COBISS.SI-ID 6874233] 4. MAJER, Aljaž, JAVORNIK, Branka, ČERENAK, Andreja, JAKŠE, Jernej. Development of novel EST-derived resistance gene markers in hop (Humulus lupulus L.). Molecular breeding, ISSN 1380-3743. [Tiskana izd.], 2014, vol. 33, issue 1, str. 61-74. http://dx.doi.org/10.1007/s11032-013-9934-9, doi: 10.1007/s11032-013-9934-9. [COBISS.SI-ID 7654009] 5. KOZJAK, Petra, JAKŠE, Jernej, JAVORNIK, Branka. Isolation and sequence analysis of NBS-LRR disease resistance gene analogues from hop Humulus lupulus L. Plant science, ISSN 0168-9452. [Print ed.], 2009, vol. 176, issue 6, str. 775-782, doi: 10.1016/j.plantsci.2009.02.021. [COBISS.SI-ID 5895289] 6. ŠKOF, Suzana, ČERENAK, Andreja, JAKŠE, Jernej, BOHANEC, Borut, JAVORNIK, Branka. Ploidy and sex expression in monoecious hop (Humulus lupulus). Botany, ISSN 1916-2790. [Tiskana izd.], 2012, vol. 90, no. 7, str. 617-626. http://dx.doi.org/10.1139/b2012-037. [COBISS.SI-ID 7165817] 7. BARUCA ARBEITER, Alenka, HLADNIK, Matjaž, JAKŠE, Jernej, BANDELJ, Dunja. Identification and validation of novel EST-SSR markers in olives. Scientia Agrícola, ISSN 1678-992X, May/June 2017, v. 74, n. 3, str. 215-225, ilustr., doi: 10.1590/1678-992X-2016-0111. [COBISS.SI-ID 8685945]
COBISS.SI-ID: 6353273
Člani programske skupine so močno vpeti v sodelovanje z različnimi raziskovalci po svetu na področju proučevanja genoma hmelja. V mednarodni raziskavi Howard in sod. (2011) poročamo o prvi uporabi DArT tehnologije (tehnologija mikromrež) za genotipiziranje hmelja, kjer smo identificirali 730 polimorfnih markerjev pri 92 hmeljnih akcesijah. Dobljena genetska sorodstvenost pri hmelju z DArT sovpada z rezultati ostalih podobnih metod. Stopnje genetske diverzitete so bile podobne v skupini severno-ameriškega in evropskega hmelja, a višje pri skupini hibridov. Dobljeni markerji so uporabni pri žlahtnjenju hmelja in genetskih študijah. V nadaljevanju je ista skupina (McAdam in sod., 2013) povezala DaRT markerje s fenotipskimi podatki. Pleiotropizem in vezava genov, predhodno nepoznana pri hmelju, igrata pomembno vlogo v molekulskih selekcijskih metodah; izbor določenih sekundarnih metabolitskih profilov z uporabo vezanih QTL je bil izziv zaradi zahtevnosti izbranih selekcijskih lastnosti. Informacija o vezanosti genov v tej raziskavi je lahko uporabljena v primerjalni genomiki ter pri validiranju QTL, pomembnih za uspešnost v selekciji z markerji. Naša programska skupina je v nadaljevanju 4 izbrane DaRT markerje, specifično vezane na moški spol hmelja, optimizirala in prenesla v žlahtniteljski program (Čerenak in sod, 2015). Ostale relevantne publikacije: 1. McAdam Erin L., Freeman Jules S., Whittock Simon P., Buck Emily J., Jakše Jernej, Čerenak Andreja, Javornik Branka, Lilian Andrzej, Wang Cai-Hong, Andersen Dave, Vaillancourt René E., Carling Jason, Beatson Ron, Graham Lawrence, Graham Donna, Darby Peter E., Koutoulis Anthony. BioMed Central; BMC genomics; 2013; Vol. 14, art. no. 360; str. 1-27; Impact Factor: 4.041;Srednja vrednost revije / Medium Category Impact Factor: 2.947; A': 1; WoS: DB, KM 2. ČERENAK, Andreja, JAKŠE, Jernej, KOLENC, Zala, ŠKOF, Suzana, KOUTOULIS, Anthony, WHITTOCK, Simon P., JAVORNIK, Branka. Določanje spola sejancem hmelja z uporabo moško specifičnih molekulskih markerjev = Determination of sex in hop seedlings by using male-specific molecular markers. V: ČEH, Barbara (ur.), et al. Novi izzivi v agronomiji 2015 : zbornik simpozija, Laško, [29. in 30. januar] 2015 = New challenges in agronomy 2015 : proceedings of symposium, [Laško, 2015]. Ljubljana: Slovensko agronomsko društvo. 2015, str. 157-161, ilustr.
COBISS.SI-ID: 6572153
Tehnologije za preurejanje genomov nudijo številne možnosti tako za bazične raziskave, kakor za aplikativne namene. Trenutno je tudi pri rastlinah najbolj pogosto uporabljen sistem CRISPR/Cas9 iz Streptococcus pyogenes. V tem preglednem članku avtorji opisujemo druge, novejše encimske sisteme uporabne za preurejanje genomov, regulacijo izražanja genov in vizualizacijo kromosomskih lokusov, kot so: C2c2 iz L. shahii; Cas9 iz vrst F. novicida, S. aureus, S. thermophiles in N. meningitidis; Cpf1 iz vrst F. novicida, Acidaminococcus in Lachnospiraceae; spremenjene oblike encima Cas9 (nikazna, razdeljena, ojačena, katalitično neaktiven Cas9 in druge). V študiji so bile izpostavljene prednosti in slabosti novih encimskih sistemov v primerjavi z najbolj razširjenim CRISPR/Cas9 iz S. pyogenes. Rezultati nam bodo omogočili izbiro optimalnega encimskega sistema za preurejanje genomov kmetijskih vrst, vključenih v program. Naše dosedanje študije namreč dokazujejo, da so nekatere izmed njih – hmelj in konoplja – slabo odzivne v tkivnih kulturah in kot take manj primerne za klasičen vnos CRISPR/Cas9 ekspresijskih vektorjev s pomočjo stabilne transformacije z A. tumefaciens.
COBISS.SI-ID: 8700281
Evropska unija (EU) že vrsto let trpi zaradi nedelujočega glasovalnega postopka, ko gre za odobritev gensko spremenjenih (GM) sort kmetijskih rastlin, ki bi jih želeli tržiti v državah EU. Več držav redno izraža glasovalno vedenje, ki se zdi politično in ne znanstveno motivirano. Za odpravo težav tega postopka več strokovnjakov poziva Evropsko komisijo, naj spremeni zakonodajo, ki bo državam članicam omogočila, da posamezno odobrijo gojenje gensko spremenjenih sort, ki so prestale oceno tveganja EU. To bi državam omogočilo, da odobrijo posebne značilnosti poljščin glede na njihove potrebe. Prav tako bi se zmanjšal pritisk na Komisijo, ki ne bi bila več prisiljena sprejeti (ali ne) odločitve proti volji več držav EU. Nova zakonodaja, ki je pred dvema letoma dala posameznim državam EU pravico prepovedati pridelavo gensko spremenjenih poljščin kljub avtorizaciji na ravni EU, se je dejansko oddaljila od cilja usklajevanja GSO direktive in se izvaja v smeri, v kateri so nacionalne prestolnice bližje odločanju. Če želimo biti dosledni morajo imeti države ustrezno pravico, da tudi dovolijo pridelavo gensko spremenjenih poljščin, če to želijo. Postopek ocenjevanja tveganja bi moral ostati kolektiven, kot je danes, pod pokroviteljstvom Evropske agencije za varnost hrane. S tem je z obsežnimi viri in visoko usposobljenimi neodvisnimi strokovnjaki zagotovljena bolj celovita in dosledna ocena proučevanih lastnosti. Predlog avtorjev bi zagotovil tudi bolj predvidljiv tržni položaj, ki bi državam, ki to želijo, omogočil uporabo sort z lastnostmi, ki bodo na primer zmanjšale uporabo pesticidov, zagotovile žita brez glutena, izboljšale prehranske in zdravstveno naravnane lastnosti hrane in še mnogo več.
COBISS.SI-ID: 8902265
RT-qPCR analize omogočajo vrednotenje genske ekspresije pri številnih vzorcih in za številne tarčne gene. Zaradi velike občutljivosti tovrstnih analiz, ki omogočajo odkrivanje zelo majhnih razlik v izražanju genov med posameznimi vzorci, je potrebno eliminirati vse vire variabilnosti, ki so lahko posledica napačnega vzorčenja, kakovosti izolacije, učinkovitosti pomnoževanja, itd. in lahko vplivajo na končni rezultat. Iz tega vidika je nujno potrebna normalizacija rezultatov RT-qPCR analiz, ki jo lahko izvedemo na osnovi analize referenčnih genov. Značilnost dobrega referenčnega gena je visoka stabilnost v ekspresijskih analizah ne glede na vplive eksperimentalnih pogojev. V omenjenih študijah smo analizirali kandidatne referenčne gene pri dveh rastlinskih vrstah – oljki in hmelju. Kombinacije najboljših referenčnih genov (najbolj stabilnih), ki smo jih pridobili z validacijo, smo uporabili v nadaljnjih študijah za normalizacijo RT-qPCR podatkov tarčnih genov vključenih ali v odziv ob biotskem stresu pri hmelju ali pri razvoj plodu pri oljkah. Pristop smo uporabili tudi pri identifikaciji in analizi ekspresije tarčnih genov pri interakciji hmelj-viroid. Tovrstni rezultati nam služijo za identifikacijo genov, ki so aktivno vključeni v biotski stres oz. diferenčno izraženi glede na kontrolo in so potencialno uporabni v študijah biotskega stresa. Ostali članki povezani z opisano temo: 1. REŠETIČ, Tjaša, ŠTAJNER, Nataša, BANDELJ, Dunja, JAVORNIK, Branka, JAKŠE, Jernej. Validation of candidate reference genes in RT-qPCR studies of developing olive fruit and expression analysis of four genes involved in fatty acids metabolism. Molecular breeding, ISSN 1380-3743. [Tiskana izd.], 2013, vol. 32, issue 1, str. 211- 222. http://dx.doi.org/10.1007/s11032-013-9863-7, doi: 10.1007/s11032-013-9863-7. [COBISS.SI-ID 7527801] 2. CREGEEN, Sara, RADIŠEK, Sebastjan, MANDELC, Stanislav, TURK, Boris, ŠTAJNER, Nataša, JAKŠE, Jernej, JAVORNIK, Branka. Different gene expressions of resistant and susceptible hop cultivars in response to Infection with a highly aggressive strain of Verticillium albo-atrum. Plant molecular biology reporter, ISSN 0735-9640, 2015, vol. 33, iss. 3, str. 689-704, doi: 10.1007/s11105-014-0767-4. [COBISS.SI-ID 7992953] 3. POKORN, Tine, RADIŠEK, Sebastjan, JAVORNIK, Branka, ŠTAJNER, Nataša, JAKŠE, Jernej. Development of hop transcriptome to support research into host-viroid interactions. PloS one, ISSN 1932-6203, Sep. 2017, vol. 12, iss. 9, 0184528. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0184528. [COBISS.SI-ID 8793977]
COBISS.SI-ID: 7653753
Rastlinske bolezni, ki se pojavijo na novo so stalna grožnja kmetijski pridelavi, zato je potrebna hitra in nedvoumna identifikacija povzročiteljev bolezni, kar omogoča hiter in primeren odziv kmetijske pridelave in tudi njihovih smernic. Klasične metode identifikacije lahko zelo uspešno dopolnimo s tehnikami naslednjih generacij določevanja nukleotidnih zaporedij (NGS) tako, da nam analiza zaporedij pomaga odkriti bolezni, ki se na novo pojavijo. Pridelovalci hmelja v Savinjski dolini so leta 2007 poročali o pojavu zakrnelih rastlin hmelja, ta fenomen se je hitro širil znotraj hmeljišč in med kmetijskimi posestvi. S klasičnimi diagnostičnimi metodami nismo uspeli določiti novega povzročitelja obolenja, zato smo za njegovo določevanje uporabili tehniko masivnega, vzporednega določevanja nukleotidnih zaporedij celokupne RNA in malih RNA molekul iz simptomatičnih in nesimptomatičnih rastlin. Sekvence smo de-novo združili v soseske in jih tudi poravnali na referenčne genome. Ta postopek nam je omogočil identifikacijo novega zaporedja patogena hmelja – Citrus bark cracking viroid (CBCVd), ki je bil prisoten v zakrnelih rastlinah. Nadalje smo prisotnost tega novega patogena potrdili tudi z RT-PCR analizo 59-ih simptomatičnih rastlin iz 15-ih hmeljišč, ki so predstavljale glavna okužena žarišča in identificirana v okviru sistematičnega nadzora bolezni. Prisotnost viroida smo potrdili tudi s sekvenciranjem malih RNA v združenem vzorcu teh 59-ih rastlin. Visoko stopnjo infektivnosti na novo identificiranega viroida smo potrdili tudi u biolistično inokulacijo dveh kultivarjev hmelja, ki sta po okuževanju razvila agresivne simptome v kontroliranih pogojih. Pričujoča študija je pokazala zmožnost uporabe NGS metode za identifikacijo povzročiteljev novih bolezni pri hmelju in ostalih rastlinah. Z omenjenim delom smo posegli na področje novih pristopov diagnostike patogenov. V preteklem obdobju smo bili zelo uspešni pri diagnosticiranju in analizah različnih rastlinskih patogenov in uvajanju diagnostičnih postopkov: 1) GUČEK, Tanja, TRDAN, Stanislav, JAKŠE, Jernej, JAVORNIK, Branka, MATOUŠEK, Jaroslav, RADIŠEK, Sebastjan. Diagnostic techniques for viroids. Plant Pathology, ISSN 0032-0862, 2017, vol. 66, iss. 3, str. 339-358, doi: 10.1111/ppa.12624. [COBISS.SI-ID 8472953] 2) MATOUŠEK, Jaroslav, SIGLOVÁ, Krystina, JAKŠE, Jernej, RADIŠEK, Sebastjan, BRASS, Joseph R. J., TSUSHIMA, T., GUČEK, Tanja, DURAISAMY, Ganesh Selvaraj, SANO, Teruo, STEGER, Gerhard. Propagation and some physiological effects of Citrus bark cracking viroid and Apple fruit crinkle viroid in multiple infected hop (Humulus lupulus L.). Journal of Plant Physiology, ISSN 0176-1617, 2017, vol. 213, str. 166-177. http://dx.doi.org/10.1016/j.jplph.2017.02.014, doi: 10.1016/j.jplph.2017.02.014. [COBISS.SI-ID 8709241] 3) POKORN, Tine, RADIŠEK, Sebastjan, JAVORNIK, Branka, ŠTAJNER, Nataša, JAKŠE, Jernej. Development of hop transcriptome to support research into host-viroid interactions. PloS one, ISSN 1932-6203, Sep. 2017, vol. 12, iss. 9, 0184528. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0184528. [COBISS.SI-ID 8793977] 4) GRIL, Tjaša, CELAR, Franci Aco, JAVORNIK, Branka, JAKŠE, Jernej. Fluorescent AFLP fingerprinting of Monilinia fructicola = Fluoreszenz-AFLP-Fingerprinting von Monilinia fructicola. Journal of plant diseases and protection : scientific journal of the German phytomedical society (DPG), ISSN 1861-3829. [Print ed.], 2010, vol. 117, no. 4, str. 168-172. [COBISS.SI-ID 6346105] 5) MUNDA, Alenka, RADIŠEK, Sebastjan, ŠUŠTAR VOZLIČ, Jelka, JAVORNIK, Branka. Genetic variability of Colletotrichum lindemuthianum isolates from Slovenia and resistance of local Phaseolus vulgaris germplasm. Journal of plant diseases and protection : scientific journal of the German phytomedical society (DPG), ISSN 1861-3829. [Print ed.], 2009, letn. 116, št. 1, str. 23-29. [COBISS.SI-ID 2908264] 6) GRIL, Tjaša, CELAR, Franci Aco, MUNDA, Alenka, JAVORNIK, Branka, JAKŠE, Jernej. AFLP analysis of intras
COBISS.SI-ID: 8056185
Interakcije med fitopatogeno glivo Verticillium nonalfalfae in hmeljem smo preučevali na transkriptomski in proteomski ravni v dveh na verticilijsko uvelost hmelja različno občutljivih sortah in sicer ločeno v koreninah in nadzemnih delih rastlin v različnih časovnih intervalih. Namen raziskav je bil odkriti, kateri celični procesi in molekularni mehanizmi vodijo do odpornosti rastlin na to bolezen, oziroma, kateri proteini glive so ključni za razvoj bolezni. Odkrili smo, da se občutljive rastline na transkripcijski ravni močno odzovejo, saj pride do aktivacije različnih imunskih in obrambnih reakcij, kar pa ne vodi v zaščito rastlin pred boleznijo. Odporne rastline odgovorijo na okužbo z znižanim izražanjem genov povezanih s fotosintezo, a povišanim izražanjem genov za biosintezo terpenoidov, biosintezo kutina, biogenezo celične stene in razvojem lateralnih korenin. V ksilemskem soku okuženih rastlin smo odkrili dva močno zastopana glivna proteina, ki vplivata na razvoj bolezni. Objavili smo tudi dva protokola, s katerima si bomo pomagali pri nadaljnjem iskanju in karakterizaciji glivnih proteinov udeleženih v proces patogeneza pri hmelju in modelnih rastlinah. Velik prispevek pri funkcijski karakterizaciji glivnih proteinov predstavlja tudi nedavna objava referenčnega glivnega genoma ter genoma petih sevov glive z različnim geografskim poreklom in različno stopnjo agresivnosti. Ostale objave povezane s to točko: 1) FLAJŠMAN, Marko, MANDELC, Stanislav, RADIŠEK, Sebastjan, ŠTAJNER, Nataša, JAKŠE, Jernej, KOŠMELJ, Katarina, JAVORNIK, Branka. Identification of novel virulence - associated proteins secreted to xylem by Verticillium nonalfalfae during colonization of hop plants. Molecular plant-microbe interactions, ISSN 0894-0282, 2016, vol. 29, no. 5, str. 362-373, doi: 10.1094/MPMI-01-16-0016-R. [COBISS.SI-ID 8365945] 2) PROGAR, Vasja, JAKŠE, Jernej, ŠTAJNER, Nataša, RADIŠEK, Sebastjan, JAVORNIK, Branka, BERNE, Sabina. Comparative transcriptional analysis of hop responses to infection with Verticillium nonalfalfae. Plant cell reports, ISSN 0721-7714. [Print ed.], 2017, vol. 36, iss 10, str. 1599-1613, doi: 10.1007/s00299-017-2177-1. [COBISS.SI-ID 8755577] 3) JELEN, Vid, DE JONGE, Ronnie, VAN DE PEER, Yves, JAVORNIK, Branka, JAKŠE, Jernej. Complete mitochondrial genome of the Verticillium-wilt causing plant pathogen Verticillium nonalfalfae. PloS one, ISSN 1932-6203, Feb. 2016, vol. 11, iss. 2, e0148525. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0148525, doi: 10.1371/journal.pone.0148525. [COBISS.SI-ID 8358265] 4) JAKŠE, Jernej, JELEN, Vid, RADIŠEK, Sebastjan, DE JONGE, Ronnie, MANDELC, Stanislav, MAJER, Aljaž, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, THOMMA, Bart P. H. J., JAVORNIK, Branka. Genome sequence of a lethal strain of xylem-invading Verticillium nonalfalfae. Genome announcements, ISSN 2169-8287, 2018, vol. 6, iss. 2, str. 1-2, e01458-17. http://genomea.asm.org/content/6/2/e01458-17.full, doi: 10.1128/genomeA.01458-17. [COBISS.SI-ID 8903033] 5) FLAJŠMAN, Marko, RADIŠEK, Sebastjan, JAVORNIK, Branka. Pathogenicity assay of Verticillium nonalfalfae on hop plants. Bio-protocol, ISSN 2331-8325, 2017, vol. 7, iss. 6, str. 1-10 (2171), ilustr. http://bio-protocol.org/pdf/Bio-protocol2171.pdf, doi: 10.21769/BioProtoc.2171. [COBISS.SI-ID 8734073] 6) FLAJŠMAN, Marko, MANDELC, Stanislav, RADIŠEK, Sebastjan, JAVORNIK, Branka. Xylem sap extraction method from hop plants. Bio-protocol, ISSN 2331-8325, 2017, vol. 7, iss. 6, str. 1-11 (2172), ilustr. http://bio-protocol.org/pdf/Bio-protocol2172.pdf, doi: 10.21769/BioProtoc.2172. [COBISS.SI-ID 8733817]
COBISS.SI-ID: 8365945
Genetsko variabilnost in raznolikost smo proučevali z različnimi molekularnimi markerji za širok spekter različnih vrst in kultivarjev ali genotipov znotraj vrst. Dobljeni rezultati so se nanašali na različne študije, kot je analiza izvora različnih rastlinskih vrst in njihova molekularna filogenija; genetska struktura in izvor; vrednotenje akcesij v genskih bankah in analiza sorodnosti med sortami. Velik dosežek pomeni identifikacija molekularnih markerjev, ki so povezani s opazovanimi lastnostmi ali fenotipskimi spremembami in so tako uporabni za kartiranje QTL lastnosti in za identifikacija markerjev, povezanih s spolom rastlin, kar ima veliko aplikativno vrednost pri postopkih žlahtnjenja rastlin. Seznam 14-ih relevantnih publikacij na to temo: 1. RADOSAVLJEVIĆ, Ivan, JAKŠE, Jernej, SATOVIĆ, Zlatko, JAVORNIK, Branka, JANKOVIČ, Ivana, LIBER, Zlatko. New microsatellite markers for Campanula pyramidalis (Campanulaceae) and cross-amplification in closely related species. Applications in plant sciences, ISSN 2168-0450, Mar. 2015, vol. 3, iss. 3, str. 1-3 (1400117), doi: 10.3732/apps.1400117. [COBISS.SI-ID 8120953] 2. BARUCA ARBEITER, Alenka, JAKŠE, Jernej, BANDELJ, Dunja. Paternity analysis of the olive variety "Istrska belica" and identification of pollen donors by microsatellite markers. The scientific world journal, ISSN 1537-744X, 2014, vol. 2014, art. ID 208590, str. 1-6. http://dx.doi.org/10.1155/2014/208590, doi: 10.1155/2014/208590. [COBISS.SI-ID 1536576708] 3. ORAŽEM, Petra, ŠTAJNER, Nataša, BOHANEC, Borut. Effect of X-ray irradiation on olive shoot culture evaluated by morphological measurements, nuclear DNA content and SSR and AFLP markers. Trees, ISSN 0931-1890, 2013, vol. 27, issue 6, str. 1587-1595, ilustr.http://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2Fs00468-013-0906-9.pdf, doi: 10.1007/s00468-013-0906-9. [COBISS.SI-ID 7652217] 4. RADOSAVLJEVIĆ, Ivan, JAKŠE, Jernej, JAVORNIK, Branka, SATOVIĆ, Zlatko, LIBER, Zlatko. New microsatellite markers for Salvia officinalis (Lamiaceae) and cross-amplification in closely related species. American journal of botany : official publication of the Botanical Society of America, ISSN 0002-9122, 2011, vol. 98, no. 11, str. e316-e318, ilustr., doi: 10.3732/ajb.1000462. [COBISS.SI-ID 6874233] 5. HIRSCHEGGER, Pablo, JAKŠE, Jernej, TRONTELJ, Peter, BOHANEC, Borut. Origins of Allium ampeloprasum horticultural groups and a molecular phylogeny of the section Allium (Allium: Alliacea). Molecular phylogenetics and evolution, ISSN 1055-7903, 2010, vol. 54, no. 2, str. 488-97. http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2009.08.030, doi: 10.1016/j.ympev.2009.08.030. [COBISS.SI-ID 6122873] 6. CAROVIĆ-STANKO, Klaudija, LIBER, Zlatko, BESENDORFER, Višnja, JAVORNIK, Branka, BOHANEC, Borut, KOLAK, Ivan, SATOVIĆ, Zlatko. Genetic relations among basil taxa (Ocimum L.) based on molecular markers, nuclear DNA content, and chromosome number. Plant systematics and evolution : continuation of Österreichische Botanische Zeitschrift, ISSN 0378-2697, 2010, vol. 285, no. 1-2, str. 13-22, ilustr., doi: 10.1007/s00606-009-0251-z. [COBISS.SI-ID 6214521] 7. ŠTAJNER, Nataša, JAKŠE, Jernej, JAVORNIK, Branka, MASUELLI, R. W., MARTÍNEZ, L. E. Highly variable AFLP and S-SAP markers for the identification of 'Malbec' and 'Syrah' clones. Vitis, ISSN 0042-7500, 2009, letn. 48, no. 3, str. 145-150. [COBISS.SI-ID 6051961] 8. JAKŠE, Jernej, ŠTAJNER, Nataša, KOZJAK, Petra, ČERENAK, Andreja, JAVORNIK, Branka. Trinucleotide microsatellite repeat is tightly linked to male sex in hop (Humulus lupulus L.). Molecular breeding, ISSN 1380-3743. [Tiskana izd.], 2008, vol. 21, no. 2, str. 139-148. [COBISS.SI-ID 5111417] 9. ŠTAJNER, Nataša, RUSJAN, Denis, KOROŠEC-KORUZA, Zora, JAVORNIK, Branka. Genetic characterization of old Slovenian grapevine varieties of Vitis vinifera L. by microsatellite genotyping. American journal of enology and viticulture, ISSN 0002-9254. [Print ed.], 2011, vol. 62, issue 2, str. 250-255, doi: 10.5344/ajev.2
COBISS.SI-ID: 7753593