Za izvedbo molekularno epidemiološke analize virusov stekline v Sloveniji smo uporabili 30 arhivskih vzorcev, ki smo jih zbrali v obdobju od 1994 do 2010 od različnih živalskih vrst (lisica, jazbec, govedo, pes, mačka, kuna, konj). Pripravili smo dve filogenetski drevesi, prvo s primerjavo 1092 nt gena za nukleoprotein in drugo s primerjavo 672 nt gena za glikoprotein. Ugotovili smo majhno genetsko raznolikost slovenskih virusov stekline in veliko stopnjo sorodnosti z virusi stekline iz sosednjih držav. Obe drevesi imata zalo podobno razporeditev virusnih sevov, kar potrjuje, da sta obe analizirani regiji primerni za filogenetske študije.
COBISS.SI-ID: 3383418
Taenia solium in Taenia saginata sta zoonotska parazita, ki sta zelo pomembna za javno zdravje. Podatki o njihovi razširjenosti pri ljudeh in živalih v zahodni Evropi so nepopolni in razdrobljeni. V študiji smo želeli posodobiti sedanje znanje o epidemiologiji tenioze v tej regiji. Izvedli smo sistematični pregled znanstvene in sive literature, ki je izšla med letoma 1990 in 2015 o epidemiologiji T. saginata in T. solium pri ljudeh in živalih. Poleg tega so bili podatki o pojavu bolezni pridobljeni tudi od lokalnih strokovnjakov. Taenioza je bila odkrita v dvanajstih od osemnajstih držav zahodne Evrope. Danska, Nizozemska, Portugalska, Slovenija, Španija in Združeno kraljestvo so poročali o primerih taenioze, število odkritih primerov na leto pa se je gibalo med 1 in 114. V Avstriji in na Portugalskem so bili ugotovljeni primeri T. solium pri prašičih. Nemčija, Španija in Slovenija so poročali o cisticerkozi prašičev, vendar niso razlikovali med vrstami Taenia. Pri vseh razen Islandije so odkrili govejo cisticerkozo, s prevalenco 0,0002–7,82%, ki temelji na pregledu mesa. Diagnostiko in prijavljanje tenioze v Z Evropi je potrebno izboljšati. Tako teleniozo kot človeško cisticerkozo je potrebno prijavljati, nadzor živali pa izboljšati.
COBISS.SI-ID: 4358266
Kampilobakterioza je najpogosteje prijavljena bakterijska bolezen v EU, ki se prenaša s hrano. Namen raziskave je bil primerjati PCR v realnem času (qPCR) in digitalni PCR (dPCR) za kvantifikacijo bakterij Campylobacter jejuni v vzorcih vratne kože brojlerjev iz klavne linije v perutninski klavnici ter klasično števno metodo z gojenjem po ISO 10272-2 standardu. Rezultati so pokazali, da ima metoda qPCR zanesljivo mejo zaznavanja (rLOD) in mejo kvantifikacije (LOQ) v območju teoretičnih mej. Obe meji rLOD in LOQ pa sta bili nad kritično mejo za stopnjo kontaminacije s C. jejuni na koži piščancev po priporočilih EFSA, zato predlagamo spremembo postopka v pripravi vzorcev (manj redčenja) pred izolacijo DNA. Opazili smo močno in statistično značilno korelacijo med qPCR in dPCR. Obe metodi PCR sta se značilno ujemali s klasično števno metodo, vendar je bila korelacija zmerna. Metoda dPCR je izkazovala značilen odklon proti precenjevanju števila, verjetno zaradi relativno velikega števila lažno pozitivnih zadetkov. Linearno dinamično območje je bilo pri obeh metodah PCR primerljivo, a se je metoda qPCR glede rutinske uporabe izkazala za primernejšo.
COBISS.SI-ID: 4280442
Namen raziskave je bil ugotoviti dinamiko in dejavnike, ki vplivajo na izločanje Clostridium difficile (CD) na srednje velikih kmetijah krav molznic, ki so najpogostejša oblika kmetovanja v evropski uniji. Clostridium difficile je bil v blatu krav in telet, ter v okoljskih vzorcih iz 20 kmetij krav molznic tekom enega leta ugotovljen s qPCR in bakterijsko kulturo. Povprečna prevalenca med kmetijami je bila 10% za teleta in 35,7% za krave. Večina izolatov je bila CD ribotipa 033. Univariatna in multivariatna analiza dejavnikov vpliva je pokazala asociacijo med spremembo prehrane in večjo prevalenco CD pri kravah, medtem ko so bili dejavniki, ki so vplivali na višjo prevalenco pri teletih, sprememba prehrane, reja lisaste pasme goveda, mastitis in protimikrobna terapija. Raziskava nakazuje, da je CD pogosto prisoten na kmetijah krav molznic in da na povečano prevalenco vpliva bolj način vodenja kmetije in manj okolje. Srednje velike kmetije krav molznic trenutno ne prispevajo k večji incidenci CDI.
COBISS.SI-ID: 32539609
Ugotovili smo delecijo 29 nukleotidov v odprtem bralnem okviru 8 (ORF8), ki je najbolj očitna genetska sprememba pri ljudeh, obolelih s sindromom akutne respiratorne stiske (SARS-CoV). Kljub intenzivni študiji še vedno ni jasno, ali ta delecija dejansko odraža prilagajanje na novega gostitelja - človeka. V in vitro pogojih smo pri sevu Frankfurt-1 z genetskim inženiringom izvedli delno delecijo (-29nt) ali popolno delecijo ORF8 v SARS-CoV v infektivnem cDNA klonu. Neodvisno od uporabljenega celičnega sistema je delecija ORF8 (delecija 29nt) zmanjšala pomnoževanje virusa za do 23-krat. Učinek je bil neodvisen od odziva interferona tipa I. Delecija 29nt v SARS-CoV je škodljiva mutacija, ki se je pojavila v začetni prenosni verigi človek-človek. Izguba določene lastnosti virusa je lahko posledica vpliva novega gostitelja, kar je do sedaj bilo redko dokumentirano v procesu nastanka virusa. Ti rezultati imajo pomembne posledice za retrospektivno oceno nevarnosti, ki jo predstavlja SARS.
COBISS.SI-ID: 4695674
Izvedena študija o prisotnosti HEV pri prašičih, ki vstopajo v klavnico v Sloveniji, je prvi pregled stanja z nadaljnjo oceno nevarnosti HEV v verigi preskrbe s hrano. V štirih klavnicah smo zbrali 2.433 vzorcev od 811 klinično zdravih prašičev. V skupini trimesečnih prašičev smo s specifično metodo RT-PCR v realnem času ugotovili 13,7% pozitivnih vzorcev blata, 13,0% vzorcev žolča in 12,1% pozitivnih vzorcev jeter na HEV. V skupini šestmesečnih prašičev je bilo pozitivnih le 0,25% vzorcev jeter in 0,25% vzorcev žolča. V kategoriji svinj nismo ugotovili pozitivnih vzorcev. Dva od 63 vzorcev brisov, vzorčenih na klavni liniji, sta bila pozitivna na HEV. Filogenetska analiza 50 pozitivnih vzorcev HEV je s primerjavo 366 nukleotidov v regiji ORF 1 pokazala, da ugotovljeni sevi HEV spadajo v podtipe 3a, 3b, 3c in 3e.
COBISS.SI-ID: 4408954
Z metodo sekvenenciranja naslednje generacije smo v vzorcu blata srne ugotovili sev rotavirusa A D38/14 in mu določili nukleotidno zaporedje celotnega genoma. Genom je sestavljen iz 11 segmentov, in sicer G6-P[15]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T6-E2-H3. Na podlagi filogenetske analize segmenta VP7 smo ugotovili, da je sev D38/14 soroden zoonotskim rotavirusnim sevom G6, ki so bovinega izvora in jih pogosto ugotavljajo pri ljudeh. Analiza segmenta VP4 pa je pokazala, da je sev D38/14 še najbolj podoben sevom, ki so jih ugotovili pri ovcah in kozah. Na podlagi teh rezultatov lahko predlagamo, da je rotavirus ugotovljen pri srni podoben ostalim rotavirusnim sevom iz skupine DS-1 in lahko predstavlja vir okužbe z rotavirusnimi sevi, ki so zoonotski.
COBISS.SI-ID: 4157306
V raziskavi smo prikazali, da površine, na katere so nanešene z bakrom dopirane nano cevke TiO2 in osvetljene s stropnimi fluorescenčnimi lučmi, lahko upočasnijo rast Listeria Innocua za 80% v sedmih urah izpostavljenosti fluorescentni svetlobi na različnih mestih v obratu za predelavo hrane, ali v laboratorijskih pogojih. Zdi se, da so lastnosti dezinfekcije površin odvisne predvsem od temperaturne razlike površine in rosišča, kjer naj bi bile razlike za največjo učinkovitost okoli 3 stopinje Celzija.
COBISS.SI-ID: 4557690
Raziskovali smo genetsko sorodnost in tvorbo ergot-alkaloidov pri izolatih glive Claviceps purpurea (rženi rožiček) iz različnih trav, da bi ugotovili, ali obstaja povezava med gostiteljsko specifičnostjo izolatov, njihovim geografskim poreklom in tvorbo ergot-alkaloidov. Sklerociji glive C. pupurea so bili nabrani na samoniklih in gojenih travah vzdolž 300 kilometrskega podnebnega gradienta, od submediteranskega do kontinentalnega podnebja. Molekularna analiza ribosomske DNK sklerocijev je pokazala tri genetske skupine, pri čemer so bile nekatere gostiteljsko specifične za določene taksonomske skupine gostiteljskih trav, na nivoju plemen. Podatki o sestavi ergot-alkaloidov so se skladali s podatki molekularnih analiz; med posameznimi genetskimi skupinami glive so bile ugotovljene razlike v tvorbi/ sestavi ergot-alkaloidov. V tej raziskavi smo ugotovili, da določeni patotipi (genetske skupine) glive Claviceps purpurea okužujejo le določena plemena trav, hkrati pa tvorijo različne količine in vrste ergot-alkaloidov. Posredno lahko napovemo, na kateri vrsti okužene trave se bo tvorilo več ergot-alkaloidov.
COBISS.SI-ID: 4746063
Izdelana je bila programska oprema, ki omogoča sočasno uporabo različnih virov informacij zbranih v več nacionalnih shemah selekcije za ocenjevanje genomskih plemenskih vrednosti (GPV). Kot testna populacija je bila uporabljena slovenska rjava populacija govedi, ki je vključena v kontrolo mlečnosti. Rezultati dokazujejo, da je s tem pristopom možno povečati zanesljivost nacionalnih GPV, zagotavljati konsistentno rangiranje vseh živali (bikov, krav in mladih živali) ter povečati referenčno populacijo. Navedeno omogoča bolj učinkovito in transparentno izvajanje majhnih rejskih programov.
COBISS.SI-ID: 3849096