V raziskavi smo ocenili aplikacijo metakrilatnioh monolitnih kromatografskih nosilcev, ki so tržno dostopni kot CIM®. Z njimi smo koncentrirali patogene črevesne viruse iz vzorcev morske vode pred virusno kvantifikacijo z enostopenjskim RT-qPCR. Kot model smo uporabili virusa RoV in NoV. Najučinkovitejši pogoji koncentriranja virusov so bili doseženi z uporabo nosilca CIM® C4. Protokol je primeren tudi za procesiranje 4000 ml morska vode, s koncentracijskim faktorjem 300 za RoV in 40 za NoV v približno enakem času. Protokol se z enako zmogljivostjo lahko uporablja tudi na terenu.
COBISS.SI-ID: 4037967
Integrirana raziskava interakciije med FDp in visnko trto je pokazala za to okužbo specifično gensko izražanje in odkrila novo povezavo med vakuolnim transporterjem fruktoze SWEET17a in patogenom. V netarčni metabolomski analizi žil listov vinske trte je bilo določenih 22 metabolitov, ki so bili signifikantno drugačni v okuženih listih v primerjavi z neokuženimi. V okuženih listih sta se značilno kopičila saharoza in škrob, povečalo pa se je tudi izražanje genov, vključenih v njuno sintezo. V okuženih listih sta bili povečani tudi encimski aktivnosti ADP-glukoza pirofosforilaze in sharoza sintaze.
COBISS.SI-ID: 3870031
Protibakterijsko delovanje 150 proteinskih ekstraktov iz 94 različnih vrst divjih gob smo testirali proti karantenskemu rastlinskemu patugenu Ralstonia soalanacearum. V poskusih in vitro na mikrotiterskih ploščah smo identificirali 15 ekstraktov z zmernim do visokim protibakterisjkim delovanjem. Od teh smo jih 5 testirali dalje in trije so upočasnili napredovanje bolezni in zmanjšali njeno resnost v umetno inokuliranih rastlinah paradižnika in krompirja. Poskusi in vitro niso bili vedno v korelaciji z visoko aktivnostjo in vivo, kar poudarja pomen zgodnjih testiran in vivo. Testiranje izbranih ekstraktov proti 12 sevom bakterije je pokazalo 6 potencialno primernih za širšo aplikacijo. Nadaljnje analize ekstraktov iz Amanita phalloides in Clitocybe geotropa so pokazale da so aktivne spojine proteini z velikostjo 180 kDa.
COBISS.SI-ID: 4259494
V raziskavi je bila opravljena prva ocena qPCR, sistema QX100 ter obeh čipov sistema Biomark s plazmidno in genomsko DNA iz humanega citomegalovirusa. Z uporabo komponent PCR, ki spreminjajo učinkovitost qPCR, je vsaka od platform dPCR pokazala konsistentno oceno števila kopij. To nakazuje veliko prožnost qPCR. Linearnost, analitično občutljivost in variabilnost smo ocenili z dvema pristopoma. Pri obravnavi totalnega volumna reakcije smo opazili najboljše delovanje s qPCR, ki mu je sledil sistem QX100 in sistem Biomark. Za razliko je pri obravanvi efektivne reakcijske velikosti, so vse tri platforme imele enake omejitve pri detekciji in variabilnosti. Čeprav dPCRni vedno primernejši kot qPCR za kvantifikacijo nizkega števila kopij, je dPCR primerna metoda za robustno in ponovljivo kvantifikacijo virusne DNA in obetavna merilna referenčna metoda.
COBISS.SI-ID: 3649615
V raziskavi je bil razvit multipleksni test za digitalni kapljični PCR, v katerem so bili prvič ocenjeni različni parametri v takem sistemu. Razvili smo dva 4-pleksna testa za kvantifikacijo osmih različnih tarč DNA (7 GSO koruz in koruzni endogen). Ker sedanja programska oprema za analizo ne podpira analize več kot dupleksa, smo razvili novo orodje, ki temelji na R in Shiny speltnih aplikacijah za analizo (http://bit.ly/ddPCRmulti). S tem je bila analiza 4-pleksov avtomatizirana. Razvita multipleksna testa sta primerna za kvantifikacijo gensko spremenjenih koruz. Isti pristop se lahko uporabi na kateremkoli področju, ki zahteva natančno in zanesljivo kvantifikacijo več tarč DNA.
COBISS.SI-ID: 4055119