Nabor različnih CC dimernih gradnikov določa kakšne strukture je možno sestaviti na tej osnovi. Doslej je veljalo, da na stabilnost in spefifičnost CC dimerov vplivajo le aminokisline na mestih a,d,e,g heptadne ponovitve, medtem ko aminokisline na mestih b,c in f nimajo vpliva. Predpostavili smo da lahko na stabilnost možno vpliva težnja po tvorbi vijačnice, katero lahko možno izboljšajo intramolekulske ionske interakcije med pozicijami, ki so oddaljene 3 in 4 AK. Ugotovili smo, da dejansko lahko možno spreminjamo stabilnost CC dimerov preko stabilizacije heliksa in sicer v obsegu več kot 30 stopinj C, pri tem, da ostaja specifičnost vezave neokrnjena, lahko pa preko nekontaktnih mest močno vplivamo na stabilnost in polarnost.
COBISS.SI-ID: 6191642
V tem članku smo predstavili pregled dizajna novih proteinskih vzorcev zvitja s poudarkom na izvirnosti in posebnih lastnostih CCPO.
COBISS.SI-ID: 6349594
Vozli so ena najbolj zanimivih topoloških struktur v naravi. Samosestavljanje zavozlanih polimerov iz ene verige je zahtevno, saj je potrebno verigo zviti v točno določenem vrstnem redu. V tem delu smo opisali principe, ki vodijo zlaganje visoko prepletenih enoverižnih DNA nanostruktur, kot je prikazano na kvadratni piramidi. Zlaganje vozlov je kodirano z razporeditvijo modulov različne stabilnosti, ki temeljijo na izvedenih topoloških in kinetičnih pravilih. Med načrti DNK, ki so sestavljeni iz istih modulov in kodirajo isto topologijo, se samo tista z zložljivo potjo, ki je zasnovana v skladu s pravilom "prostega konca", učinkovito zloži v ciljno strukturo. Poleg visokega zlagalnega donosa pri počasnem žarjenju se ta zasnova hitro prepogne tudi pri temperaturnem kaljenju in redčenju iz kemičnega denaturanta. To strategijo bi lahko uporabili za oblikovanje zložljivih drugih programiranih polimerjev, kot so RNA ali proteini.
COBISS.SI-ID: 5880858
Polipeptidi in polinukleotidi so naravni programabilni biopolimeri, ki se lahko sami sestavijo v kompleksne terciarne strukture. V članku smo opisali sistem, na podobnem principu kot DNK nanostrukture, kjer smo za gradnike uporabili polipeptidne obvite vijačnice (CC) za izgradnjo proteinskih kletk, ki se same sestavijo in vitro ter in vivo. Pripravili in analizirali smo ) 20 kletk ki se zvijejo v tri poliedrske strukture - tetraeder, štiristransa piramida in trikotna prizma. Njihova stabilnost in kinetika zvitja sta bili podobni kot pri naravnih proteinih. Z uporabo metod SAXS, elektronske mikroskopije (EM) in biofizikalne analize smo potrdili pravilno zvitje. Dokazali smo tudi samosestavljanje tetraederske strukture v bakterijah, celicah sesalcev in miših brez prisotnosti vnetja. Pripravili smo platformo za modeliranje kletk v poljubnih oblikah.
COBISS.SI-ID: 6266906