V vabljenem predavanju na mednarodni konferenci smo predstavili naše dotedanje rezultate na EpCAM s poudarkom na tem, da ne deluje kot adhezijska molekula ampak bolj verjetno kot receptor za še neidentificiran ligand (vezava v hidrofobni žep na površini zunajceličnega dela), ki vpliva na njegovo proteolitsko procesiranje in posledično na signaliziranje, povezano s povečano proliferacijo celic.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 1537886915V obliki predavanja na mednarodni konferenci smo predstavili kompleksen pristop k analizi celične adhezijske funkcije EpCAM z uporabo različnih metod: SAXS, kemijsko prečno povezovanje z masno spektrometrijo, test agregacije in FLIM-FRET. Pokazali smo, da EpCAM ne omogoča medcelične adhezije preko nastanka homo-oligomernih enot.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 1537560259Oligomerizacija proteina EpCAM je bila sprejeta kot osnovni mehanizem njegove vloge v celični adheziji. Celične adhezijske enote v obliki trans-tetramerov naj bi v območju celičnih stikov nastale z interakcijo dveh cis-dimerov na sosednjih celicah. Kljub določeni kristalni strukturi cis-dimera zunajcelične domene EpCAM-a, praktično ni bilo nobenih podatkov o strukturi trans-tetramerov. V sklopu doktorata smo se zato osredotočili predvsem na strukturno in biokemijsko karakterizacijo slednjih. Na osnovi naših raziskav smo želeli pojasniti regulacijo oligomerizacije, s čimer bi lahko opisali vlogo posameznih oligomernih stanj v celičnih procesih, v katere je EpCAM vključen. Z analizo z uporabo štirih komplementarnih metod (SAXS, XL-MS, analiza agregacije kroglic in FLIM-FRET) smo pridobili poglobljen vpogled v oligomerizacijo EpCAM-a tako in vitro kot in vivo. Naši rezultati jasno kažejo, da EpCAM trans-tetramerov v resnici sploh ne tvori, kar posledično pomeni da ne deluje kot homofilna celična adhezijska molekula, kakor je bilo prej splošno sprejeto že več kot 20 let. Poleg tega smo tekom raziskav vzpostavili in optimizirali nabor eksperimentalnih metod, s katerimi bomo lahko v prihodnje okarakterizirali tudi komplekse EpCAM-a z njegovimi interakcijksimi partnerji.
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 1538058691Člani projektne skupine so bili mentorji na dodiplomskem in podiplomskem študijskem programu Biokemije na FKKT UL. Tekom projekta so bili v raziskovalno delo na tem področju preko zaključnih nalog vključeni številni študenti: Magistrske naloge: ŽAGAR, Tomaž. Karakterizacija oligomernih stanj proteina EpCAM in vivo : magistrsko delo. Ljubljana: [T. Žagar], 2018. [COBISS.SI-ID 1537914819] KOSTANJEVEC, Mojca. Rekonstitucija proteina EpCAM v fosfolipidnem dvosloju : magistrsko delo. Ljubljana: [M. Kostanjevec], 2018. [COBISS.SI-ID 1538027715] PRINČIČ, Griša Grigorij. Načrtovanje in sinteza za EpCAM specifičnih malih molekul : magistrsko delo. Ljubljana: [G. Prinčič], 2016. VI, 51 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 1537150147] KOZAK, Eva Lucija. Karakterizacija interakcije EpCAM in klavdina 7 : magistrsko delo. Ljubljana: [E. L. Kozak], 2016. [COBISS.SI-ID 1537276611] ŽUŽEK, Barbara. Karakterizacija interakcije med ?-aktininom 4 in citosolnim delom EpCAM in Trop2 : magistrsko delo. Ljubljana: [B. Žužek], 2016. [COBISS.SI-ID 1537289667] Diplome: DEJANOVIĆ, Luka. Načrtovanje in priprava različnih oblik znotrajceličnega dela proteina EpCAM : diplomsko delo. Ljubljana: [L. Dejanović], 2017. [COBISS.SI-ID 1537499587] MORAVEC, Živa. Priprava kimernih dimerizacijskih oblik proteina EpCAM : diplomsko delo : univerzitetni študijski program 1. stopnje Biokemija. Ljubljana: [Ž. Moravec], 2017. [COBISS.SI-ID 1537469635] KURET, Klara. Priprava rekombinantnega ß-katenina in FHL ter optimizacija proizvodnega procesa : diplomsko delo : univerzitetni študijski program 1. stopnje Biokemija. Ljubljana: [K. Kuret], 2017. [COBISS.SI-ID 1537499075] ŽAGAR, Tomaž. Priprava monomernih mutant proteina EpCAM: diplomsko delo. Ljubljana: [T. Žagar], 2016. [COBISS.SI-ID 1537115843] KEJŽAR, Nejc. Strukturne značilnosti klavdinske oligomerizacije: diplomsko delo : univerzitetni študijski program 1. stopnje Biokemija. Ljubljana: [N. Kejžar], 2018. [COBISS.SI-ID 1537825475] HOČEVAR, Jošt. Vloga hidrofobnega žepa EpCAM in Trop2 pri signaliziranju preko regulirane intramembranske cepitve : diplomsko delo : univerzitetni študijski program 1. stopnje Biokemija. Ljubljana: [J. Hočevar], 2018. [COBISS.SI-ID 1537865923]
D.10 Pedagoško delo
COBISS.SI-ID: 1537914819