Validacija tridimenzionalnih struktur sodi v jedro metod za določevanje struktur. Lokalni validacijski kriteriji, kot so na primer odstopanje od idealnih dolžin vezi in veznih kotov, odstopanja od dovoljenih območij v Ramachandranovem plotu in bližnji kontakti so standardni del strukturne analize pred njeno depozicijo. Globalno in lokalno zlaganje pa zaenkrat nista bila analizirana. V zadnjih dveh desetletjih so bile tridimenzionalne strukture makromolekul vključno s proteini uspešno opisane z mrežo vozlišč in robov. Amino kislinski preostanki predstavljajo vozlišča, bližnji kontakti med njimi pa robove. Takšne mreže so bile uporabljeni za raziskave osnovnih mrežnih lastnosti pri študijah proteinskega zvijanja in stabilnosti in napovedovanja katalitskih mest. Uporabljajoč analizo kompleksnih mrež, smo vpeljali splošne parametre mreže, da bi z njimi razlikovali med pravilnimi in nepravilnimi strukturami. Analiza je pokazala da imajo pravilne strukture višjo povprečno stopnjo povezav, višjo energijo grafa, in krajšo najkrajšo dolžino poti od njim ustreznih napačnih struktur. Torej, pravilni proteinski modeli so bolj gosto premreženi in s tem omogočajo bolj učinkovit transfer informacij med vozlišči. Slike proteinskih grafov pa so bile uporabljene pri raziskavi molekulskega “biasa” v proteinskih strukturah.
F.35 Drugo