V magistrskem delu študentka proučuje metilacijo in izražanje gena za relin (RELN). Glede na to, da je tudi protein relin verjetno povezan z dovzetnostjo za nastanek duševnih motenj, smo se odločili, da preučimo gen za relin v povezavi s samomorilnim vedenjem. Gen za relin vsebuje CpG-otoček, zato bi lahko izražanje gena uravnavala tudi stopnja metilacije. Sprememba metilacije lahko privede do zmanjšane ali povečanje ravni izražanja mRNA, kar pa posledično vpliva na spremenjeno zastopanosti proteina v tkivu. Postavili smo si dve hipotezi: (1) stopnja metilacije promotorja gena za RELN je pri žrtvah samomora drugačna (večja) kot pri kontrolni skupini pri obeh preiskovanim tkivoma in (2) izražanje mRNA RELN v možganih je statistično značilno nižje kot pri skupini kontrol. V vsakem od vzorcev smo preučili dva pomnožka znotraj promotorja RELN v krvi in dveh možganskih področjih, ter ugotavljali stopnjo metilacije in izražanje mRNA. Statistično značilne razlike v povprečni stopnji metilacije CpG-otočka med preiskovanima skupinama nismo potrdili. Zanimivo pa je, da smo dobili primerljivo stopnjo metilacije med krvjo, ki predstavlja vir za periferne označevalce, in možganksima področjema, s čimer smo pokazali možni zrcalni efekt med tkivoma. Statistično značilne razlike v izražanju mRNA RELN v možganih nismo ugotovili, ko smo primerjali preiskovani skupini. Glede na naše rezultate, relin ostaja pomemben gen pri preučevanju razvoja duševnih motenj.
D.10 Pedagoško delo
Študentka se v doktorski disertaciji ukvarja z geni nevrotrofnega sistema (BDNF, NGFR, NTRK). Proučuje različne ravni: polimorfizme posameznih nukleotidov (SNP), metilacijo DNA in izražanje genov. Študija je bila izvedena na populaciji, ki se v svetovnem merilu uvršča med deset držav z najvišjim samomorilnim količnikom. Rezultati in razprava: Z analizo porazdelitve frekvenc haplotipov smo v genu BDNF pri žrtvah samomora v primerjavi s kontrolnimi osebami pokazali višjo frekvenco haplotipa C-A-T-T-C (rs7124442 (T/C)–rs10767664 (A/T)–rs962369 (T/C)–rs12273363 (T/C)–rs908867 (C/T)). Pri žrtvah samomora je alternativni alel SNP rs7124442 (C) pogosteje zastopan in sicer v specifičnem kontekstu alelov divjega tipa ostalih štirih SNP, zato sklepamo, da bi alternativni alel SNP rs7124442 (C), v haplotipu z aleli divjega tipa SNP rs10767664, rs962369, rs12273363 in rs908867, lahko bil povezan s samomorom. Pri študiju metilacije smo v krvi pri žrtvah samomora, glede na kontrolne osebe, ugotovili nižjo stopnjo metiliranosti v regiji BDNF I2 pred prvim eksonom. V možganskem tkivu med preiskovanima skupinama razlik v stopnji metiliranosti nismo zaznali, smo pa v možganski regiji BA9 pri žrtvah samomora v primerjavi s kontrolnimi osebami ugotovili višjo stopnjo izraženosti izooblike mRNA I gena BDNF. Skupini preiskovancev se torej razlikujeta v metiliranosti regije BDNF I2 pred prvim eksonom v tkivu krvi, vendar stanje metilacije BDNF I2 v krvi ne odraža stanja metilacije v BA9 in hipokampusu. Zaključek: V našem delu smo pokazali, da v genih nevrotrofnega sistema med preiskovanima skupinama obstaja razlika na ravneh SNP, metilacije in izraženosti na ravni mRNA. Pri žrtvah samomora smo, glede na kontrolne osebe, ugotovili višjo frekvenco haplotipa C-A-T-T-C v genu BDNF, v krvi nižjo stopnjo metiliranosti regije BDNF pred prvim eksonom (I2) in višjo stopnjo izraženosti izooblike mRNA I gena BDNF.
D.09 Mentorstvo doktorandom