Senja Pollak je imela vabljeno predavanje na Univerzi v Edinburgu z naslovom "Bisociative knowledge discovery for cross-domain literature mining". Predavanje, v katerem smo predstavili bisociativne metode za odkrivanje znanja iz medicinskih in bioloških besedil, je potekalo 10. decembra 2018 in je bilo organizirano v okviru CMI seminarjev (Seminar Series of Centre For Medical Informatics, University of Edinburgh). Predavanja se je udeležilo okoli 30 poslušalcev, prav tako pa je bilo dostopno zunanjim poslušalcem preko spletnega predvajanja v živo (streaminga).
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 31960615V predstavljeni študiji smo uporabljali modeliranje omrežij, da bi bolje razumeli imunsko signalizacijo v krompirju (Solanum tuberosum). Za to smo najprej zgradili zanesljiv model imunske signalizacije za navadni repnjakovec (Arabidopsis thaliana) in ga razširili z informacijami iz različnih javno dostopnih virov. Nato smo prevedli omrežje predhodnega znanja (20.012 vozlišč in 70.091 povezav) v krompir in ga prekrili z omrežjem iz skupine, ki izhaja iz časovno razčlenjenih podatkov o transkriptomiki za krompir. Uporabili smo različne pristope za modeliranje omrežij, da smo ustvarili specifične hipoteze o mehanizmih imunskega signaliziranja krompirja. Zanimiva ugotovitev je bila identifikacija niza molekularnih dogodkov, ki so osvetlili modulacijo poti etilena v poti salicilne kisline s pomočjo ekspresije genov PR Genes1. Funkcionalne validacije so potrdile to modulacijo in tako podprle potencial našega integrativnega pristopa modeliranja omrežja za razkritje molekularnih mehanizmov v kompleksnih sistemih. Poleg tega lahko ta pristop privede tudi do izboljšanih strategij vzreje krompirja in drugih občutljivih poljščin.
F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj
COBISS.SI-ID: 32031015Prispevek predstavlja platformo za distribuirano računalništvo, razvito z uporabo najnovejših programskih tehnologij in računalniških paradigem, ki omogočajo podatkovno rudarjenje velikih podatkovnih množic. Platforma, imenovana ClowdFlows, je izdelana kot spletna aplikacija v oblaku, njen grafični uporabniški vmesnik pa omogoča izdelavo in izvedbo delotokov za podatkovno rudarjenje. Komponente delotokov so lahko tudi spletne storitve. Izdelani spletni delotoki so lahko zasevni ali javni, kar omogoča uporabnikom, da razvite rešitve, podatke in rezultate delijo na spletu in v znanstvenih objavah. Iz razvojnega stališča je platformo enostavno razširiti, saj podpira distribuiran razvoj z uporabo paketov. Članek se osredotoča na obdelavo velikih množic podatkov tako serijsko kot v realnem času. Analizo velikih množic podatkov omogoča več algoritmov, med drugim nove ansambelske metode, ki uporabljajo paradigmo MapReduce, in z modulom rudarjenja podatkovnih tokov v realnem času, ki uporablja neprekinjeno vzporedno izvajanje delotokov. V delu demonstriramo uporabnost platforme ClowdFlows za obdelavo velikih podatkovnih množic ter njeno skoraj popolnoma linearno pohitritev.
F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj
COBISS.SI-ID: 29851943Virusno inducirano utišanje genov (VIGS) je optimalno orodje za funkcionalno analizo genov v rastlinah, saj se virusni vektor širi po vsej rastlini in povzroča zmanjšano izražanje izbranega gena v celotni rastlini. Krompir (Solanum tuberosum) je ena najpomembnejših prehrambenih rastlin, zato so študije, ki opravljajo funkcionalno analizo njegovih genov, zelo pomembne. Vendar pa večina kultivarjev krompirja, ki se uporabljajo v laboratorijskih eksperimentalnih postavitvah, ni primerna za razpoložljive sisteme VIGS, zato se uporabljajo druge vzorčne rastline iz družine Solanaceae (ponavadi Nicotiana benthamiana). Sorodniki divjega krompirja so lahko boljša izbira za model krompirja, vendar njihov potencial na tem področju še ni v celoti raziskan. Ta članek predstavlja organizacijo VIGS na osnovi tobačnega virusa (Tobacco rattle virus - TRV) v sorodnikih divjega krompirjev za namene funkcionalnih študij interakcij med krompirjem in virusom.
F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj
COBISS.SI-ID: 3877967Članek opisuje razvoj platforme za vizualno programiranje TextFlows, ki podpira gradnjo, izvajanje in izmenjavo delotokov za rudarjenje podatkov. Uporabnost in koristnost platforme TextFlows ilustriramo na številnih praktičnih primerih, ki med drugim vključujejo: kompleksne delovne postopke zajemanja in predprocesiranja dokumentov; razvrščanje dokumentov ob uporabi različnih pristopov lematizacije in označevanja delov besedila; in odkrivanje osamelcev v korpusih dokumentov.
F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj
COBISS.SI-ID: 29549095