Raziskovalni program osnovnih raziskav v fiziki je potekal v tesnem sodelovanju s skupinami na Institutu Jožef Stefan, in je v tej povezavi pokrival nekatera najpomembnejša področja modernih raziskav v fiziki na področjih od fizike osnovnih delcev prek fizike atomov, fizike kondenzirane in mehke snovi do matematične fizike. Ker so potekale raziskave v okviru fakultete, je njihov pomen zlasti z povezavi s kvalitetnim dodiplomskim in podiplomskim izobraževanjem. Solidne osnovne raziskave v fiziki omogočajo kvalitetno izobraževanje mladih strokovnjako, ki so ključnega pomena za uvajanje novih tehnologij v slovensko gospodarstvo in s tem omogočajo njegovo konkurenčnost in preživetje. V okviru raziskav na programu je bilo v obdobju 1999 - 2003 invedenih 35 diplom, 2 magisterija in 21 doktoratov, of tega je bilo 16 doktorandov vključenih kot mladih raziskovalcev na programu.