Interdisciplinarne raziskave v okviru programa so opredelile najbolj kritične ekološke probleme polzaprtih obalnih območij na primeru severnega Jadrana. Opredelili smo kemijsko in biološko sestavo sluzi, kvantificirali količino organske snovi ter prispevali k razjasnitvi nekaterih mehanizmov, ki vodijo do kopičenja sluzastih mas v polzaprtih morskih bazenih. Rezultati imajo širše implikacije za kroženje organske snovi v morju, saj so recentne raziskave pokazale, da je pojav kopičenja makroagregatov prisotno v mnogih ekosistemih zmerno toplega pasu. Razvito je bilo novo orodje - dvojni sistem za lasersko spektrometrijo s termičnimi lečami. Visoko občutljiv laserski detektor povezan s HPLC smo uspešno uporabili za meritve karotenoidov in klorofilov fitoplanktona ter potrdili obstoj nedavno odkritih vzporednih ksantofilskih krogov pri diatomejah. Aparaturo smo lahko uporabili tudi za on-line sledenju procesu celične lize, ki smo jo inducirali z dodatkom strupa poly-APS. Trofični status obalnega morja pod vplivom komunalnih odplak in odplak ribogojnic smo analizirali z uporabo standardnih in novih trofičnih indeksov, ki upoštevajo poleg nutrientov, klorofilne biomase, kisika in prozornosti tudi sestavo fitoplanktonske združbe, opredeljene z analizo kemotaksonomske pigmentne sestave. S postavitvijo umetnih struktur v pelagial ob ribogojnicah smo raziskovali biofiltracijsko učinkovitost združb, ki so se na njih razvile. Spremljali smo sukcesije združb in ovrednotili privzem partikulatne in raztopljene snovi glede na njihovo količinsko in taksonomsko sestavo. Med specifičnimi polutanti smo raziskovali biogeokemijo živega srebra, predvsem metilacijo in demetilacijo. Hitrost reakcij je hitrejša v površinski plasti sedimenta, produkt metilacije MeHg prehaja v vodni stolpec in tam v prehranjevalno verigo. Pri biodiverzitetnih raziskavah smo se osredotočili na študij obrežne ihtiofavne z nedstruktivnimi metodami in njihovih sprememb kot posledici klimatskih in oceanografskih nihanj. Raziskali smo populacijske enote ribona ter moškatne hobotnice v Jadranu z izolacijo in analizo mikrosatelitov. Usposobili smo modificiran numerični model POM za simulacijo cirkulacijskih razmer v severnem Jadranu in razvili model dinamike plimovanja v Jadranskem morju, ki bo modularno vgrajen v prognostični model za Jadransko morje.