Program sintetizira dosedanja in ustvarja nova temeljna jezikoslovna znanja o formalnem in pomenskem nastanku slovenskega izraznega fonda v kontekstu širšega slovanskega in tudi sosednjih nemških, romanskih in madžarskih fondov. Dosežki programa so zato vir jezikoslovnih informacij tudi za posamezna evropska nacionalna primerjalna jezikoslovja (npr. germanistika, romanistika, ungaristika) kot tudi za indoevropeistiko nasploh. V tem obdobju se je v skladu z raziskovalnim načrtom primerjalnojezikoslovno in etimološko obdelovalo predvsem slovensko besedje na vzglasni š-, t-, u-, v-, z- in ž-, tako da je bilo za četrto knjigo temeljnega dela Etimološki slovar slovenskega jezika izdelanih nekaj več kot 1700 geselskih člankov, kar skupaj z gesli izpred leta 1999 zagotavlja, da bo delo, če ne bo ovir formalne narave, izšlo v letu 2005. Dejanski dosežki tega temeljnega dela bodo zato najbolj vidni v odmevih po letu predvidenega izida. Posamezni rezultati tega dela pa so bili že predstavljeni deloma v domačih in tujih strokovnih revijah (Jezikoslovni zapiski, Slovenski jezik/Slovene Linguistic Studies, Slavistična revija, Folia onomastica Croatica), deloma na kongresih doma in po svetu (Brno 1999, Cerkno 2001, Corum 2002, Vukovar 2002, Ljubljana 2003) in uporabljeni v drugi, pregledani in dopolnjeni izdaji Slovenskega etimološkega slovarja (2003). Pomemben rezultat programa je izdaja Zbranih jezikoslovnih spisov I-II (lxxii plus xi plus 1572 str.) akad. Franceta Bezlaja z etimološko, leksikološko, onomastično in lingvogenetsko tematiko, ki na enem mestu prinašajo več kot petdesetletno publicistično dejavnost v svetovnem merilu priznanega strokovnjaka. Prvi pozitivni odmevi na izid dela so bili vidni na 13. mednarodnem slavističnem kongresu leta 2003 v Ljubljani. Med letoma 1999 in 2002 sta dva člana raziskovalnega programa aktivno sodelovala v slovenski skupini raziskovalcev, ki je prispevala slovenski delež pri splošnoslovanskem projektu Slovanska onomastična enciklopedija, katere prvi del z objavama obeh članov je izšel leta 2002 na Poljskem. Revija Slovenski jezik/Slovene Lingustic Studies, ki utečeno izhaja v dvoletnih intervalih, je pomembna pri ohranjanju jezikoslovnega zanimanja za slovenski jezik doma in v tujini. Druga dela v teku, med katerimi naj izpostavim Slovar jezika Janeza Svetokriškega, digitalizacijo Pleteršnikovega slovarja in vzgojo podmladka, dolgoročno zagotavljajo kontinuirano etimološko raziskovanje v Sloveniji in tako tudi stalen dotok novih znanj o našem jeziku tudi izven državnih meja.