Pomembnejši znanstvenimi rezultati programa "Zgradba in delovanje ekosistemov" so: - Visokogorska jezera na karbonatni podlagi - v nasprotju z jezeri na nekarbonatnih podlagah so ta jezera neobčutljiva na zakisovanje, zato pa so povržena eutrofikacijskim procesom. Sodelovanje v evropskih projektih je jasno pokazalo različnost jezer iz Julijskih Alp od ostalih po Evropi. Razlike so v kemizmu vode, odzivu na zunanje vplive in po sestavi flore in favne. Pomembna ugotovitev programa je spoznanje o vplivu potresov na bioprodukcijo jezer ter o depoziciji polutantov v sedimente jezer. Sklop raziskav, ki je bil povezan z naseljevanji neavtohtonih organizmov (rib) v visokogorska jezera, je pokazal močno negativne posledice tovrstnih dejanj. - Spreminjajnje vodnega režima ter njegov vpliv na vodne rastline - zaradi uničevanja mokrišč po svetu in še zlasti v Evropi, postajajo tovrstne raziskave vse bolj aktualne (tudi v sklopu "Ramsarske konvencije o ohranjanju mokrišč"). V preteklih petih letih so potekale na Cerkniškem jezeru. Poleg florističnih raziskav so zlasti pomembni prispevki o vitalnosti korenin navadnega trsta (Phragmites communis) v nezasičeni in zasičeni coni jezerskega dna v povezavi z dostopnostjo hranilnih snovi ter procesi mineralizacije. Meritve vitalnosti korenin s pomočjo metode ETS so ene prvih tovrstnih raziskav v svetu. - Vpliv UV-b sevanja na kopenske in vodne organizme - te raziskave so potekale v sklopu evropskega projekta UV-AQTER. Rezultati raziskav so pokazali, da se rastline pred premočnim UV sevanjem branijo s sintezo UV-b absorbirajočih snovi in tako preprečijo poškodbe tkiva. Kasneje smo delo razširili tudi na druge vodne in kopenske rastline, še zlasti na alge. O slednjem je bilo doslej znanega razmeroma malo, tako da so te raziskave med redkimi prispevki o vplivu UV-b sevanja na alge. - Ekofiziološke raziskave na nekaterih živalskih vrstah - obsegale so potencialno in realizirano oskrbo organizmov s kisikom v normalnih in stresnih razmerah. Razmerje med potencilano in realizirano porabo kisika je merilo prilagodljivosti živali na dane razmere. Raziskave so potekale na vodnih organizmih (vodne bolhe, postranice, bakterije) in še posebej na ribjih ikrah in mladicah. Kombinacija meritev potencialne in realizirane porabe kiska je ena od zelo obetajočih metod za raziskave v ekologiji. - Mala uharica (Asio otus) - raziskave so dale pomembne ugotovitve o odnosu med sovo in njenim plenom v tem predelu Evrope. Velikega pomena je neprekinjena časovna serija podatkov, s katero smo prišli do ugotovitve, da so tudi pri nas spremembe v velikosti populacij malih sesalcev lahko ciklične. Z dolgo časovno serijo podatkov smo ugotovili tudi nekatere splošne zakonitosti odnosa med plenilcem in plenom, predvsem o pomenu nadomestnega plena. Odkrili in opisali smo tudi še neznan model despotizma pri izboru gnezditvenega prostora male uharice, ki ga povzroča plenilski pritisk na sovo. - Taksonomske raziskave na nižjih rakih - raziskave so bile usmerjene predvsem v podzemne habitate, v prvi vrsti v jame, od koder je bilo opisanih nekaj novih vrst živali. Večina jih izhaja iz specifičnega okolja, ki ga v literaturi navajajo kot epikraška cona. Ta je tudi v svetovnem merilu zelo slabo poznan, a zelo zanimiv in pomemben ekosistem.