Sistematične raziskave na biopsijskih in avtopsijskih tkivnih vzorcih bolnikov s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE) so prikazale vse značilnosti imuskih depozitov in potrdile njihovo ključno vlogo v patogenezi. Opozorile so tudi na vpletenost drugih imunskih dejavnikov, zlasti antifosfolipidnih protiteles, kakor tudi neimunskih dejavnikov. V raziskavi ANCA pozitivnega vaskulitisa v ledvici smo prikazali histopatološke razlike povezane s specifičnostjo ANCA za mieloperoksidazo oziroma proteinazo 3, vendar zelo verjetno enotno patogenezo. Raziskave balkanske endemske nefropatije so opozorile na pomen kronične okvare ledvičnega ožilja v patogenezi. Z dokazom DNA adduktov aristolohijske kisline v tkivnih vzorcih so prispevale k razjasnjevanju vzrokov te bolezni, ki bi lahko bila posledica dolgoletne izpostavljenosti majhnim količinam rastlinskih in gljivičnih strupenih snovi v endemičnih okoljih. Naši izsledki so bili objavljeni v mednarodni monografiji o tubulo-intersticijskih in žilnih ledvičnih boleznih, ki velja za osnovno pod okriljem Svetovne zdravstvene organizacije usklajeno vodilo za opredeljevanje teh bolezni. Ugotovitve naše študije bolezni odlaganja monoklonskih imunoglobulinov so prispevale k njihovemu razvrščanju in razumevanju njihovega nastanka. Raziskave trombotične mikroangiopatije, povezane s ciklosporinskim zdravljenjem bolnikov z ledvičnim presadkom, so izpostavile razlike v intenzivnosti glomerulnih in zunajglomerulnih žilnih sprememb ter posebej poudarile pogosto omejeno žariščno prizadetost z ugodno prognozo. V raziskavah hemoragične mrzlice z renalnim sindromom smo ugotovili, da je osnovna tarča hantavirusov endotel drobnega žilja predvsem v zunanji ledvični sredici. Ugotovljeno je bilo, da histopatološko sliko pri hantavirusni infekciji označujejo huda kongestija, akutna okvara endotela, raztrganje drobnih žil in krvavitve. Spremembe bržčas nastanejo zaradi vpliva citokinov, sproščenih iz okuženih celic. Raziskave tumorjev glave in vratu so prispevale k boljšemu poznavanju kancerogeneze (reaktivacija encima telomeraze, spremembe genov in proteinov celičnega ciklusa ter stromalna reakcija v procesu karcinogeneze) ter odkrivanju diagnostičnih in napovednih dejavnikov, ki omogočajo ustrezno zdravljenje predrakavih sprememb in ploščatoceličnega karcinoma glave in vratu. Ljubljanska razvrstitev predrakavih sprememb sluznice grla je v tem času postala mednarodno priznana in uveljavljena. Člani raziskovalne programske skupine smo bili povabljeni, da v novi knjigi Svetovne zdravstvene organizacije "Pathology and Genetics of the Head and Neck Tumours" napišemo poglavja o predrakavih spremembah v žrelu in grlu, o papilomih grla, ploščatoceličnem karcinomu grla in žrela ter o njegovih podtipih. Naše raziskave smo predstavili v obliki vabljenih predavanj na treh Evropskih kongresih za patologijo (1999, 2001, 2003), dveh Interkontinentalnih kongresih za patologijo in številnih drugih mednarodnih in domačih sestankih. Molekularnogenetske raziskave so obsegale raziskave na področju raka in nekaterih pogostejših dednih bolezni ter metodologije za iskanje variacij v bolezenskih genih. Pokazali smo, da je določanje mikrosatelitne nestabilnosti (MSI) v kolorektalnih tumorjih v povezavi z določanjem hipermetilacije v promotorju gena MHL1 učinkovit način za identifikacijo družin z dednim nepolipoznim kolorektalnim rakom. Ugotovili smo, da je supresorska pot, ki je povezana z nizko stopnjo mikrosatelitne nestabilnosti in visoko stopnjo izgube heterozigotnosti, dominantna v kancerogenezi ploščatoceličnega raka glave in vratu. Odkrili smo štiri nove gene (TFE3, TEF4, RGS12, TCF1), ki so visoko nestabilni v kodirajočih mononukleotidnih ponovitvah v kolorektalnih tumorjih z MSI in so zato najverjetneje vključeni v kancerogenezo. Našli smo povezavo med podedovanimi mutacijami v genu za rezistenco na zdravila (MDR1) in kolorektalnim rakom z MSI in limfoidno infiltracijo.