Eden osrednjih ciljev raziskovalnega programa je bil, razjasniti in poglobiti razumevanje nekaterih temeljnih konceptov, modelov in paradigem, na katerih sloni šolska prenova, tako v organizacijskem kot v smislu "notranje prenove" in to na različnih stopnjah šolanja (predšolska stopnja , osnovna šola, gimnazija in srednje strokovno šolstvo) ter v različnih oblikah formalnega in neformalnega izboraževanja odraslih. Ker na tem področju tudi v mednarodnem merilu ne obstajajo enoznačni odgovori in rešitve, ampak se srečujemo s paradigmatskimi in izvedbenimi dilemami, so naše raziskave prispevale h globljemu razumevanju teh dilem s perspektive "dežele v tranziciji", ki pa ima bogato zgodovino in tradicijo v razvoju pedagoških idej in modelov. Nekaj primerov obravnavanih raziskovalnih vprašanj in z njimi povezanih dilem: -Kako uveljaviti enakost možnosti ob vse bolj heterogenih skupinah učencev oz. dijakov, tako z vidika sposobnosti in motivacije kot tudi kulturno-socialnega izvora (raziskave o možnostih in omejitvah raznih oblik notranje in zunanje diferenciacije in individualizacije; interkulturna in multikulturna vzgoja; inkluzija oziroma integracija otrok s posebnimi potrebami). -Vrednostna dimenzija - uveljavljanje vrednot v javni šoli; proučevanje poleg spoznavnega tudi emocionalno socialne vidike vzgojne komunikacije, ob iskanju alternativnih etičnih teorij, ki bi dopolnile danes prevladujočo liberalno etiko pravičnosti z etiko odgovornosti in skrbi). -Razreševanje napetosti med poukom, usmerjenim pretežno v prenos vsebin (znanstvenih disciplin) s poukom, usmerjenim v razvoj učenčevih zmožnosti - spoznavnih, učnih, komunikacijskih in drugih kompetenc, ob spreminjanju pojmovanja znanja od pretežno deklarativnega k procesnemu, kar vodi tudi do potrebe po redefiniciji splošne nasproti poklicni izobrazbi. -Proučitev možnosti, ki jih v tem smislu nudi konstruktivistično pojmovanje učenja kot (aktivne) gradnje znanja, ki se opira na obstoječe znanje in izkušnje, ob tem analiza ovir v uveljavljanju tako spremenjene paradigme v prakso. -Zmanjševanje razkoraka med visokimi kognitivnimi učnimi cilji in empirično izkazano nizko kognitivno ravnijo (neproblemskostjo) gimnazijskega pouka, ob ugotovljeni kratkotrajnosti učnih rezultatov., -Pomen spreminjanja obstoječih učiteljevih subjektivnih teorij o učenju, pouku in lastni vlogi, od pretežno transmisijskega k bolj uravnoteženo tranformacijsko in problemsko usmerjeni učni paradigmi. -Analiza obstoječih modelov izobraževanja učiteljev, razreševanje napetosti med uveljavljenim "akademskim", pretežno v teoretsko obvladovanje disciplin usmerjenim ter bolj v osrednje zmožnosti ali kompetence usmerjenim iozobraževanjem učiteljem; nakazuje se sinteza v izobraževanju učitelja kot razmišljujočega praktika, kar pa terja globlje spremembe tako na konceptualni kot na izvedbeni ravn, zlasti glede spremenjenega odnosa med teorijo in prakso. -Dilema med usmerjenostjo v razvoj notranje motivacije v odnosu do krepitve zunanje učne motivacije, predvsem pod vplivom zunanjega preverjanja, ki ima močne posledice za učence ("high stak testing"); s tem povezana napetost med težnjo po čim večji objektivnosti in potrebo po čim boljši vsebinski in posledični veljavnosti preizkusov. Nekateri naši modeli in rešitve predstavljajo posebnost v mednarodnem merilu in so zato deležni posebnega interesa, kar se kaže tudi v mednarodnih publikacijah in posvetih, na primer uveljavljanje šolske svetovalne službe, nekateri modeli izobraževanja odraslih (študijski krožki, sodelovanje študentov prostovoljcev).