Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

Nanopore visokozmogljivo sekvenciranje mikrobnih genomov za razrešitev epidemioloških in diagnostičnih vprašanj v rastlinski patologiji

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
4.06.05  Biotehnika  Biotehnologija  Rastlinska biotehnologija 
4.03.01  Biotehnika  Rastlinska produkcija in predelava  Kmetijske rastline 

Koda Veda Področje
4.04  Kmetijske vede in veterina  Kmetijska biotehnologija 
4.01  Kmetijske vede in veterina  Kmetijstvo, gozdarstvo in ribištvo 
Ključne besede
Rastlinski virusi, fitoplazme, visoko pretočno sekveniranje, nanopore, viroid
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Upoš. tč.
3.936,03
A''
752,48
A'
2.286,68
A1/2
2.886,51
CI10
13.189
CImax
1.407
h10
54
A1
14,44
A3
15,75
Podatki za zadnjih 5 let (citati za zadnjih 10 let) na dan 18. april 2024; A3 za obdobje 2018-2022
Podatki za razpise ARIS ( 04.04.2019 - Programski razpis, arhiv )
Baza Povezani zapisi Citati Čisti citati Povprečje čistih citatov
WoS  425  15.868  14.184  33,37 
Scopus  451  17.475  15.630  34,66 
Raziskovalci (16)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  50563  dr. Katarina Bačnik  Biotehnologija  Raziskovalec  2020 - 2024  132 
2.  23399  dr. Tomaž Curk  Računalništvo in informatika  Raziskovalec  2020 - 2024  253 
3.  08280  dr. Marina Dermastia  Biologija  Raziskovalec  2020 - 2024  872 
4.  57364  Rok Gomišček  Računalništvo in informatika  Raziskovalec  2022 - 2024 
5.  27827  dr. Jon Gutierrez Aguirre  Biotehnologija  Raziskovalec  2020 - 2024  363 
6.  35424  dr. Tomaž Hočevar  Računalništvo in informatika  Raziskovalec  2020 - 2024  30 
7.  39610  mag. Tina Klepac  Biotehnologija  Raziskovalec  2020 - 2024 
8.  52584  Zala Kogej Zwitter  Biotehnologija  Mladi raziskovalec  2020 - 2024  104 
9.  35384  dr. Denis Kutnjak  Biotehnologija  Raziskovalec  2020 - 2024  288 
10.  50210  Janja Matičič  Biotehnologija  Raziskovalec  2020 - 2021 
11.  23610  dr. Nataša Mehle  Biotehnologija  Raziskovalec  2020 - 2024  542 
12.  38081  dr. Anja Pecman  Biotehnologija  Raziskovalec  2020 - 2024  98 
13.  30090  dr. Nina Prezelj  Biologija  Tehnični sodelavec  2023 - 2024  61 
14.  05229  dr. Maja Ravnikar  Biotehnologija  Vodja  2020 - 2024  1.369 
15.  19626  Rok Štravs  Biotehnologija  Raziskovalec  2020 - 2024  18 
16.  09864  dr. Magda Tušek Žnidarič  Biologija  Tehnični sodelavec  2020 - 2024  414 
Organizacije (3)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  0105  Nacionalni inštitut za biologijo  Ljubljana  5055784  13.251 
2.  0158  BIA podjetje za laboratorijsko in procesno opremo d.o.o. Ljubljana  Ljubljana  5327601  18 
3.  1539  Univerza v Ljubljani, Fakulteta za računalništvo in informatiko  Ljubljana  1627023  16.235 
Povzetek
Visokopretočno sekvenciranje (HTS) je povzročilo revolucijo v mikrobiološkem raziskovanju, saj je to edina generična, netarčna molekularna metoda za odkrivanje neznanih in znanih mikrobov, vključno z porajajočimi se patogeni v človeških, živalskih, rastlinskih in okolijskih vzorcih (kot so voda in zemlja). Ena izmed omejitev, ki preprečuje širšo uporabo trenutno pogosto uporabljanih platform HTS (npr. Illumina), je, da običajno zahtevajo uporabo dragih sekvenatorjev ali nekaj tednov časa, če se vzorci pošljejo zunanjim izvajalcem sekvenciranja. Tehnologija sekvenciranja na osnovi Nanopore (t.i. Oxford Nanopore Technologies) se v zadnjih nekaj letih hitro razvija in kaže velik potencial za ekonomično uporabo HTS v laboratorijih različnih velikosti (zelo majhnih do zelo velikih), tako glede časa kot denarja. Trenutno je to edini pristop HTS, ki kaže potencial za analizo vzorcev zunaj laboratorijev ali v prepostih laboratorijih– on-site. Poleg tega nanopore v nasprotju z večino drugih trenutno najpogosteje uporabljenih platform HTS omogoča sekvenciranje dolgih fragmentov genoma, kot so celotni virusni genomi, in zato ponuja možnost učinkovitejšega razlikovanja med genotipi iste vrste mikrobov, kadar so prisotni, npr. v mešanih okužbah in quazivrstah. V tem projektu bomo raziskal in razvilii sekvenciranje z nanopore tehnologijo kot nadomestilo in/ali dopolnilo metodam sekvenciranja s kratkimi sekvencami (Illumina) za odkrivanje patogenih mikrobov v rastlinah in za reševanje pomembnih epidemioloških vprašanj. Naše predhodne raziskave kažejo, da ima metoda potencial za določanje vseh vrst virusnih genomov, vključno z viroidi. To želimo pokazati z obsežno primerjalno študijo sekvenciranja celotne RNA iz vzorcev okuženih rastlin z uporabo pristopov Illumina in nanopore zaporedja. V nadaljevanju bomo razvili uporabo nanopor sekvenciranje za preučevanje rastlin, okuženih z virusom, npr. paradižnika in ga uporabili za sestavljanje celovitih virusnih genomov v primeru mešanih okužb z več virusnimi genotipi. Raziskave bodo usmerjene tudi v pripravo nanoporne tehnologije za hitro in cenovno dostopno odkrivanje virusov na terenu in v vzorcih vode. Uporabili bomo nanopor sekvenciranje v kombinaciji z Illumino za reševanje epidemioloških težav v patologiji rastlin. Kot primer študije bomo uporabili nedavno odkrite fitoplazme, povezane s Flavescence dorée (FD) v lešnikih (Corylus avellana), identificirane le na podlagi delnega 16S rRNA, secY, map in genetskega lokusa ribosomalnega proteina. Potrebne so nadaljnje študije, da bi raziskali fitoplazme, ki okužujejo lešnike in vinsko trto, s ciljem pridobiti čim več informacij o njihovem genomu, saj ta trenutno ni na voljo in s tem odkriti sorodstvene vezi med obema fitoplazmama. Če bo dokazano, da gre za isto fitoplazmo, bo to korenito spremenila epidemiologijo in ukrepe varstva rastlin pred FD fitoplazmo, ki je karantenski mikrob. Če ne, bomo revidirali metode določanja FD in razvili teste, ki ločujejo karantenske fitoplame, ki povzročajo trsno rumenico od nekarantenskih. Z nadgradnjo rezultatov obeh opisanih delovnih paketov, povezanih z odkrivanjem virusov in epidemiologijo, bomo razvili visoko pretočno sekvenciranje za istočasno odkrivanje različnih vrst mikrobov v enem samem vzorcu. Iz rastlin (npr. vinske trte), okuženih z virusi in fitoplazmi, bomo izolirali in sekvenirali totalno RNA. V projektu bomo uporabili najsodobnejša bioinformacijska orodja in razvili nove algoritme in delotoke za obdelavo in interpretacijo podatkov. Izkušena interdisciplinarna raziskovalna skupina bo naslovila svetovni trend razvoja HTS in posebej tehnologije nanopore za razvoj novih pristopov v epidemiologiji, odkrivanju mikrobov in diagnostiki. To bo rezultiralo v boljšem varstvu rastlin, ki je nujno potrebno pri omejevanju hitrega širjenja patogenih mikrobov zaradi podnebnih sprememb in hitrega transporta rastlin in njihovih proizvodov.
Zgodovina ogledov
Priljubljeno