Loading...
Projekti / Programi vir: ARRS

fDNAaqua – Zbiranje okoljske DNA s pomočjo filtratorskih organizmov: orodje za spremljanje biotske raznovrstnosti vod

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
1.03.00  Naravoslovje  Biologija   

Koda Veda Področje
1.06  Naravoslovne vede  Biologija 
Ključne besede
okoljska DNA (eDNA), okoljska DNA pridobljena s pomočjo nevretenčarjev (iDNA), naravni vzorčevalniki DNA, suspenziofagi, filtratorski organizmi, spremljanje biotske pestrosti, DNA metabarkodiranje, molekularna taksonomija
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Upoš. tč.
4.369,34
A''
412,14
A'
1.895,45
A1/2
2.689,61
CI10
4.616
CImax
197
h10
33
A1
14,85
A3
6,93
Podatki za zadnjih 5 let (citati za zadnjih 10 let) na dan 04. december 2022; A3 za obdobje 2016-2020
Podatki za razpise ARRS ( 04.04.2019 - Programski razpis, arhiv )
Baza Povezani zapisi Citati Čisti citati Povprečje čistih citatov
WoS  277  5.673  4.493  16,22 
Scopus  290  6.111  4.868  16,79 
Raziskovalci (9)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacij
1.  36398  dr. Klemen Čandek  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2022  43 
2.  35367  dr. Teo Delić  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2022  100 
3.  50562  Ana Fortič  Biologija  Mladi raziskovalec  2021 - 2022  34 
4.  32208  dr. Matjaž Gregorič  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2022  325 
5.  19326  dr. Matjaž Kuntner  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2022  479 
6.  27504  dr. Borut Mavrič  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2022  323 
7.  15367  dr. Andreja Ramšak  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2022  316 
8.  33151  dr. David Stanković  Biotehnologija  Vodja projekta/programa  2021 - 2022  108 
9.  33669  dr. Anamarija Žagar  Varstvo okolja  Raziskovalec  2021 - 2022  195 
Organizacije (3)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacij
1.  0105  Nacionalni inštitut za biologijo  Ljubljana  5055784  14.366 
2.  0481  Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta  Ljubljana  1626914  63.774 
3.  0618  Znanstvenoraziskovalni center Slovenske akademije znanosti in umetnosti  Ljubljana   5105498000  58.577 
Povzetek
Analiza genomskih podatkov, ki jih pridobimo s pomočjo okoljske DNA (eDNA) korenito spreminja načine za spremljanje biotske pestrosti ter uvaja nove prakse in politike v varstvo narave. eDNA se je že uveljavila v ekoloških študijah, zlasti za spremljanje redkih in kriptičnih vrst ali vrst, pri katerih so običajne metode neučinkovite, delovno intenzivne ali invazivne. Kljub velikim obetom metode eDNA za popisovanje živalskih združb, pa je njihova vpeljava povezana s tehničnimi omejitvami, ki lahko vodijo k napačni interpretaciji podatkov. V vodi eDNA običajno koncentriramo s filtriranjem. Ta korak je ključnega pomena, saj učinkovitost filtracije določa kakovost in količino eDNA, s katero razpolagamo v nadaljnjih korakih. Ker se eDNA pojavlja na delcih zelo različnih velikosti (0,2 do 180 µm) je izbira in način filtriranja ključnega pomena. Uporaba filtrov z najmanjšim premerom por (0,2 do0,45 µm) v resnici ni najboljša izbira za zbiranje eDNA, saj ta strategija običajno vodi do prezgodnje zamašitve filtrov, česar posledica so manjši volumni vode, ki jih lahko analiziramo. Kako zaobiti te tehnične omejitve, katere alternativne pristope uporabiti za bolj učinkovito zbiranje različno velikih eDNA delcev in kako povečati količino zbrane eDNA? Predlagamo, da v študijah eDNA uporabo umetnih naprav za filtriranje zamenjamo s pogostimi filtratorskimi organizmi, saj so te živali naravno predispozicionirane za filtriranje vode. S projektom fDNAaqua želimo torej za spremljanje biodiverzitete vpeljati filtratorske organizme za zbiranje okoljske DNA (fDNA). V projektu bomo ocenili primernost metode fDNA za preučevanje biotske pestrosti v različnih okoljih, vključno s sladkovodnimi, morskimi in podzemnimi vodami. Načrtujemo serijo skrbno načrtovanih eksperimentov, ki jih bomo izvajali in silico, in vitro ter in vivo. Ti eksperimenti nam bodo pomagali doseči naslednje cilje: a) izbrati najprimernejše filtratorske organizme za zbiranje fDNA v različnih vodnih okoljih; b) oceniti prostorsko-časovno dinamiko fDNA in oceniti občutljivost metode; c) ovrednotiti metodo fDNA za tarčno specifično sledenje vrst s testom qPCR; in d) ovrednotiti metodo fDNA za hkratno spremljanje mnogih vrst z DNA metabarkodiranjem. V Delovnem sklopu 1 bomo izbrali najprimernejše sladkovodne in morske filtratorske organizme za zbiranje fDNA ter izbrali najustreznejše protokole za ekstrakcijo le-tega. V Delovnem sklopu 2 bomo, da bi ugotovili kako dobro fDNA odraža taksonomsko sestavo recentne združbe, preučevali prostorsko-časovno dinamiko fDNA in ocenili občutljivost te metode (LOD, LOQ, delež lažno negativnih vzorcev). Poglobljeno znanje o fDNA bomo uporabili v pilotnih raziskavah, ki jih bomo opravili v Delovnih sklopih 3 in 4. Tu bomo preizkusili učinkovitost metode fDNA tako za tarčno specifično spremljanje ene vrste oz. organizma kot tudi za hkratno spremljanje celotne združbe v različnih vodnih okoljih - v stoječih, tekočih in podzemeljskih vodah ter v morju. Metoda fDNA, ki jo razvijamo v sklopu projekta fDNAaqua, ima ogromen potencial za spremljanje biotske pestrosti v vodah. Če se metoda s filtratorskimi organizmi izkaže za enako ali bolj učinkovito od metode s filtriranjem eDNA, bo to bistveno pospešilo in olajšalo postopke spremljanja biotske pestrosti z okoljsko (e/f)DNA, naravno prisotne filtratorske organizme pa bomo lahko uporabljali kot sledilce lokalne biotske pestrosti.
Zgodovina ogledov
Priljubljeno