Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

fDNAaqua – Zbiranje okoljske DNA s pomočjo filtratorskih organizmov: orodje za spremljanje biotske raznovrstnosti vod

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
1.03.00  Naravoslovje  Biologija   

Koda Veda Področje
1.06  Naravoslovne vede  Biologija 
Ključne besede
okoljska DNA (eDNA), okoljska DNA pridobljena s pomočjo nevretenčarjev (iDNA), naravni vzorčevalniki DNA, suspenziofagi, filtratorski organizmi, spremljanje biotske pestrosti, DNA metabarkodiranje, molekularna taksonomija
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Upoš. tč.
4.421,46
A''
404,39
A'
1.997,55
A1/2
2.768,75
CI10
6.348
CImax
192
h10
38
A1
15,23
A3
4,78
Podatki za zadnjih 5 let (citati za zadnjih 10 let) na dan 19. maj 2024; A3 za obdobje 2018-2022
Podatki za razpise ARIS ( 04.04.2019 - Programski razpis, arhiv )
Baza Povezani zapisi Citati Čisti citati Povprečje čistih citatov
WoS  354  7.812  6.298  17,79 
Scopus  381  8.595  6.930  18,19 
Raziskovalci (10)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  36398  dr. Klemen Čandek  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2024  48 
2.  35367  dr. Teo Delić  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2024  131 
3.  50562  dr. Ana Fortič  Biologija  Mladi raziskovalec  2021 - 2022  51 
4.  32208  dr. Matjaž Gregorič  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2024  354 
5.  19326  dr. Matjaž Kuntner  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2024  500 
6.  27504  dr. Borut Mavrič  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2024  356 
7.  15367  dr. Andreja Ramšak  Biologija  Raziskovalec  2021 - 2024  326 
8.  15129  dr. Tatjana Simčič  Biologija  Raziskovalec  2023 - 2024  167 
9.  33151  dr. David Stanković  Biotehnologija  Vodja  2021 - 2024  119 
10.  33669  dr. Anamarija Žagar  Varstvo okolja  Raziskovalec  2021 - 2024  218 
Organizacije (3)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  0105  Nacionalni inštitut za biologijo  Ljubljana  5055784  13.274 
2.  0481  Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta  Ljubljana  1626914  66.832 
3.  0618  Znanstvenoraziskovalni center Slovenske akademije znanosti in umetnosti  Ljubljana  5105498000  63.146 
Povzetek
Analiza genomskih podatkov, ki jih pridobimo s pomočjo okoljske DNA (eDNA) korenito spreminja načine za spremljanje biotske pestrosti ter uvaja nove prakse in politike v varstvo narave. eDNA se je že uveljavila v ekoloških študijah, zlasti za spremljanje redkih in kriptičnih vrst ali vrst, pri katerih so običajne metode neučinkovite, delovno intenzivne ali invazivne. Kljub velikim obetom metode eDNA za popisovanje živalskih združb, pa je njihova vpeljava povezana s tehničnimi omejitvami, ki lahko vodijo k napačni interpretaciji podatkov. V vodi eDNA običajno koncentriramo s filtriranjem. Ta korak je ključnega pomena, saj učinkovitost filtracije določa kakovost in količino eDNA, s katero razpolagamo v nadaljnjih korakih. Ker se eDNA pojavlja na delcih zelo različnih velikosti (0,2 do 180 µm) je izbira in način filtriranja ključnega pomena. Uporaba filtrov z najmanjšim premerom por (0,2 do0,45 µm) v resnici ni najboljša izbira za zbiranje eDNA, saj ta strategija običajno vodi do prezgodnje zamašitve filtrov, česar posledica so manjši volumni vode, ki jih lahko analiziramo. Kako zaobiti te tehnične omejitve, katere alternativne pristope uporabiti za bolj učinkovito zbiranje različno velikih eDNA delcev in kako povečati količino zbrane eDNA? Predlagamo, da v študijah eDNA uporabo umetnih naprav za filtriranje zamenjamo s pogostimi filtratorskimi organizmi, saj so te živali naravno predispozicionirane za filtriranje vode. S projektom fDNAaqua želimo torej za spremljanje biodiverzitete vpeljati filtratorske organizme za zbiranje okoljske DNA (fDNA). V projektu bomo ocenili primernost metode fDNA za preučevanje biotske pestrosti v različnih okoljih, vključno s sladkovodnimi, morskimi in podzemnimi vodami. Načrtujemo serijo skrbno načrtovanih eksperimentov, ki jih bomo izvajali in silico, in vitro ter in vivo. Ti eksperimenti nam bodo pomagali doseči naslednje cilje: a) izbrati najprimernejše filtratorske organizme za zbiranje fDNA v različnih vodnih okoljih; b) oceniti prostorsko-časovno dinamiko fDNA in oceniti občutljivost metode; c) ovrednotiti metodo fDNA za tarčno specifično sledenje vrst s testom qPCR; in d) ovrednotiti metodo fDNA za hkratno spremljanje mnogih vrst z DNA metabarkodiranjem. V Delovnem sklopu 1 bomo izbrali najprimernejše sladkovodne in morske filtratorske organizme za zbiranje fDNA ter izbrali najustreznejše protokole za ekstrakcijo le-tega. V Delovnem sklopu 2 bomo, da bi ugotovili kako dobro fDNA odraža taksonomsko sestavo recentne združbe, preučevali prostorsko-časovno dinamiko fDNA in ocenili občutljivost te metode (LOD, LOQ, delež lažno negativnih vzorcev). Poglobljeno znanje o fDNA bomo uporabili v pilotnih raziskavah, ki jih bomo opravili v Delovnih sklopih 3 in 4. Tu bomo preizkusili učinkovitost metode fDNA tako za tarčno specifično spremljanje ene vrste oz. organizma kot tudi za hkratno spremljanje celotne združbe v različnih vodnih okoljih - v stoječih, tekočih in podzemeljskih vodah ter v morju. Metoda fDNA, ki jo razvijamo v sklopu projekta fDNAaqua, ima ogromen potencial za spremljanje biotske pestrosti v vodah. Če se metoda s filtratorskimi organizmi izkaže za enako ali bolj učinkovito od metode s filtriranjem eDNA, bo to bistveno pospešilo in olajšalo postopke spremljanja biotske pestrosti z okoljsko (e/f)DNA, naravno prisotne filtratorske organizme pa bomo lahko uporabljali kot sledilce lokalne biotske pestrosti.
Zgodovina ogledov
Priljubljeno