Projekti / Programi
Proteomika kot orodje za spremljanje biosinteznih procesov
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 4.06.00 |
Biotehnika |
Biotehnologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| T490 |
Tehnološke vede |
Biotehnologija |
proteomika, 2-D elektroforeza, CIM monolitni nosilci, post-translacijske modifikacije, fosforilacija, glikozilacija
Raziskovalci (10)
Organizacije (3)
Povzetek
Proteomika postaja pomembna znanstvena disciplina. Ima namreč številne prednosti, ki jih s preučevanjem tako genoma kot tudi transkriptoma ni mogoče zaznati. Preučuje proteine, ki so nosilci funkcij vsake žive celice. V projektu se bomo osredotočili na uvedbo proteomike s pomočjo 2-D elektroforeze kot ene najbolj uporabnih metod v proteomiki za separacijo proteinov. Cilj bo sprva postaviti in optimizirati 2-D elektroforezo za študij izražanja skupnih proteinov na izbranih modelnih organizmih. Vključili bomo modelne organizme (živalska celična linija, bakterija Streptomyces rimosus, krompir Solanum tuberosum), ki so že predmet raziskav raziskovalnih skupin, vključenih v projekt. Za vsak izbran modelni organizem bomo optimizirali ključne točke posameznih korakov 2-D elektroforeze, kot so priprava vzorca, izbira primernega pH gradienta, ustrezne zamreženosti gela in način barvanja. 2-D elektroforeza ima tudi sposobnost detekcije post-translacijskih modifikacij, ki jih ni moč napovedati na osnovi sekvenc genoma. Poznavanje le-teh je pomembno za boljši vpogled razumevanja dogajanja biosinteznih procesov. Tako bomo izvedli optimizacijo procedure za detekcijo fosforilacije in glikozilacije. V nadaljevanju projekta bomo na osnovi izvedbenih primerov preverili uporabnost proteomike kot orodja za spremljanje biosinteznih procesov v celici na primeru sinteze homolognih in heterolognih proteinov. Pripravili bomo tudi gradivo oz. zbirko protokolov, kjer bodo opisani eksperimentalno določeni optimalni postopki za posamezne modelne organizme z vsemi morebitnimi težavami, ki bo koristilo kot priročnik za nadaljne delo. Z optimizacijo korakov bo tako prihranjenega ogromno časa in denarja, kar bo vodilo do kakovostnih 2-D gelov in s tem hitre in učinkovite identifikacije novih proteinskih označevalcev.
