Projekti / Programi
Proteomska identifikacija izvenceličnih substratov cisteinskih proteaz
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 1.05.00 |
Naravoslovje |
Biokemija in molekularna biologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| P004 |
Naravoslovno-matematične vede |
Biokemija, presnova |
proteomika, proteoliza, katepsin, rak, substrat, invazija, imunohistokemija
Raziskovalci (4)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
23573 |
dr. Dejan Caglič |
Biokemija in molekularna biologija |
Raziskovalec |
2008 - 2011 |
53 |
| 2. |
18801 |
dr. Marko Fonović |
Biokemija in molekularna biologija |
Vodja |
2008 - 2011 |
187 |
| 3. |
07561 |
dr. Boris Turk |
Biokemija in molekularna biologija |
Raziskovalec |
2008 - 2011 |
1.037 |
| 4. |
21619 |
dr. Olga Vasiljeva |
Onkologija |
Raziskovalec |
2008 - 2011 |
183 |
Organizacije (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Razisk. organizacija |
Kraj |
Matična številka |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
0106 |
Institut "Jožef Stefan" |
Ljubljana |
5051606000 |
90.706 |
Povzetek
Proteaze imajo pomembno vlogo pri urejanju signalnih poti na celični površini in pri preurejanju izvenceličnega matriksa. Proteine na celični površini lahko aktivirajo, inaktivirajo ali pa kako drugače vplivajo na njihovo delovanje. Cisteinski katepsini so skupina papainu sorodnih cisteinskih proteaz, ki se večinoma nahajajo v lizosomih. Pri številnih rakastih obolenjih pa se prenesejo na zunanji del celične membrane in v zunajcelični prostor. Tam cepijo membranske proteine in izvencelični matriks, s čimer pripomorejo k napredovanju tumorja. Mikrookolje tumorja poleg tumorskih celic sestavljajo tudi normalne epitelijske celice in imunske celice, vse prisotne celice pa izločajo proteaze in njihove substrate, ki omogočijo napredovanje rakastega tkiva. Danes je znanih le malo izvenceličnih proteinskih substratov katepsinov, ker še ni bilo narejene obsežnejše proteomske analize. V okviru našega dela nameravamo uporabiti masno spektrometrijo za identifikacijo membranskih proteinov, ki jih cepijo katepsini. Fiziološki pomen odkritih cepitev bomo preverili tudi na celičnih in živalskih modelih. Identifikacija katepsinskih substratov v kompleksnih bioloških vzorcih bo odgovorila na številna vprašanja povezana s fiziološko vlogo katepsinov, predvsem pa z njihovo vlogo pri razvoju rakastih obolenj.
Pomen za razvoj znanosti
Katepsini imajo pomembno vlogo pri procesu razvoja raka. Znano je, da pospešujejo invazijo, proliferacijo, apoptozo in angiogenezo, vendar pa njihovo delovanje na molekularnem nivoju še ni popolnoma razjasnjeno. Opravljena raziskava predstavlja prvo identifikacijo izvenceličnih membranskih substratov cisteinskih katepsinov z uporabo proteomike. Identifikacija novih substratov in njihova validacija v celičnih in živalskih modelih bo omogočila boljše razumevanje fiziološke vloge katepsinov, še posebej pa njihove vloge pri razvoju rakastih obolenj. Pridobljeni rezultati so nam odprli izjemne možnosti za nadaljne mednarodno kompetitivne raziskave na prodročju kancerogeneze. Rezultati tega projekta bodo v oporo tudi drugim raziskavam na našem odseku, v prihodnosti pa bi lahko prispevali tudi k razvoju novih pristopov zdravljenja raka.
Proteomika je postala nepogrešljivo orodje v modernih biomedicinskih raziskavah in brez tega znanja bi slovenska znanost zaostala za razvitim svetom. V okviru opravljenega raziskovalnega dela smo pridobili številne izkušnje na področju proteomske analize in uvedli metodologije, katerih do sedaj v Sloveniji še ni bilo. S pridobljenim znanjem bomo prispevali k boljši uveljavitvi proteomike v slovenskem raziskovalnem prostoru, kar bo izboljšalo tudi kvaliteto biomedicinskih raziskav v Sloveniji.
Pomen za razvoj Slovenije
Kot prvi proteomski laboratorij v državi naše znanje in storitve delimo tudi z drugimi slovenskimi raziskovalnimi institucijami in gospodarskimi družbami. Proteomika ni pomembna le za osnovne biomedicinske raziskave, temveč je postala tudi nepogrešljiv del moderne facmacavtske industrije. Izdelava rekombinantnih zdravil zahteva natančno poznavanje primarne strukture in posttranslacijskih modifikacij proteina, to pa je mogoče doseči le z proteomsko analizo. Razvoj metodologij protoemske analize povezan z opravljenim projektom je razširil obseg naših analitskih storitev, okrepil pa je tudi naše sodelovanje s farmacevtsko in biotehnološko industrijo. S proteomiko naš odsek sodeluje z industrijo tudi preko centra odličnosti CIPKEBIP in centra kompetentnosti Brin.
Prepričani smo, da bodo naši raziskovalni rezultati imeli velik vpliv na področju raziskav raka ter, da bodo promovirali slovensko znanost na številnih mednarodnih kongresih in preko objav v visoko rangiranih znanstvenih revijah. Okrepili smo tudi naše sodelovanje z nekaterimi elitnimi svetovnimi raziskovalnimi institucijami. Te povezave nam bodo omogočile nadaljno sodelovanje pri vodilnih mednarodnih raziskovalnih projektih, preko tega pa bo Slovenija še naprej ostala v stiku z vrhunsko svetovno znanostjo.
Najpomembnejši znanstveni rezultati
Letno poročilo
2008,
2009,
zaključno poročilo,
celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati
Letno poročilo
2008,
2009,
zaključno poročilo,
celotno poročilo na dLib.si
